戰國時期，各個忍者族群僅僅受雇于人，沒有固定的組織、國家。rg當時的忍者為了存活，甚至連姓氏都不能隨便透露。忍者和平民的平均壽命只有三十歲左右，導致平均壽命大副下降的重要原因之一是：連幼的孩童也要上戰場，而大量的孩子就這么輕易地死在了戰場上。
當時，最為強大的兩個族群——森之千手一族和團扇宇智波一族，歷史的淵源賦予了兩大種族無法擺脫的宿命，兩大族群無休止地交戰著。長久的戰爭，使兩大族群疲憊不堪。作為兩大家族的成員，宇智波一族族長之子——宇智波斑同千手一族族長之子——千手柱間就這樣因緣巧合的相遇了。殘酷的戰爭，給世界，也給這兩個宿命的家族帶來了巨大的創傷，斑有四個兄弟戰死，柱間的兩個兄弟也因戰爭夭折。
……
一次偶然的相遇，兩個并未透露出自己姓氏的少年，兩個對戰爭同樣厭惡但卻不得不站在對立面的年輕忍者，通過一次簡單的對話，開始了兩人糾葛的交集。當時的兩人，擁有著同樣的理想，但對于理想卻有著不同的理解，二人經常站在河的對岸，交換著自己的想法，千手柱間提出用簽署協議和設立同盟的方法來結束戰爭，宇智波斑認為和平需要堅持自己的意志和足夠的力量，否則一切都行不通，于是整日和柱間修煉和談論關于未來的話題。
兩人通過打水漂、爬山、對練、嬉戲的方式逐漸建立起了深厚的友誼，二人的羈絆隨著時間的流逝不斷加深，兩個孩子甚至談論著將來建立村子的話題。
但這一情況終究被雙方的父親發現，千手柱間接到從斑身上獲取宇智波一族情報的任務，對應的，宇智波斑也接到相同的任務，兩人都不愿意執行這樣的任務，在會面時各自在石頭刻上字，隔著河互打水漂暗示對方撤離。但埋伏著的雙方父親、兄弟（千手一方是父輩千手佛間和弟弟千手扉間，而宇智波一方是父輩宇智波田島和弟弟宇智波泉奈）都不肯罷手，在幾乎同一時間向對手發起了進攻。
……
斑與柱間不得不走向對立面，斑也不得不斬斷和柱間的羈絆，雙眼開啟了單勾玉寫輪眼，兩個曾經在一起討論著未來的人，就此走上了完對立的方向。從那以后，兩人日復一日年復一年不停地在戰斗，不知不覺間，二人都成為各自族群的首領，每次交手后兩人的實力都幾乎不相伯仲。
后來在一次戰斗中，千手扉間使用“飛雷神斬”重傷了宇智波泉奈，導致宇智波泉奈傷重不治。臨死前，泉奈將自己的雙眼獻給了哥哥，讓斑繼承自己的力量守護宇智波，而斑也因此意外地開啟了永恒萬花筒寫輪眼。
戰爭的天平漸漸地傾向于千手一族，形勢慢慢變得對宇智波一族不利，來多的族人選擇了屈服，但是身為族長的斑還是堅持抵抗到底。為了守護對弟弟的承諾，宇智波斑決定拼死一搏，單槍匹馬對千手柱間發起了挑戰。經過一天一夜的漫長爭斗，斑第一次倒下了，柱間提出兩大族群就此停手，共同建立忍者村以換取和平的想法，但斑要求柱間必須選擇自殺或者殺死其弟扉間，才能相信他們。情誼深重的柱間毅然選擇自殺，并告誡其弟扉間要以維護和平為大任，斑被柱間的誠意打動，阻止了柱間自盡，兩大族群就此罷斗，曾經戰斗了無數次的千手和宇智波終于首次結成了同盟。
……
經過討論和規劃，兩大族群終于簽訂了協議，一起創立了木葉忍者村，隸屬于火之國。千手一族和宇智波一族聯手形成的忍族聯合體系受到了世人的高度評價，各國的忍者族群紛紛效仿這種一國一村的模式，組建了各自的忍者組織。隨著忍村的建立，戰爭也逐漸平息，忍界一度恢復了和平，斑和柱間終于完成了曾經的夢想。
木葉忍者村建立后，千手柱間因受到廣泛的支持，而擔任了木葉忍者村的第一代火影，一切似乎都在朝著美好的方向發展著。
宇智波斑在南賀神社密室里，用永恒萬花筒寫輪眼的瞳力解讀出宇智波石碑上六道仙人留下的箴言，其內容令斑為之震驚，也為日后發生的一切埋下了伏筆……
長久的戰爭，使宇智波族人對戰爭產生了厭惡，對力量產生了畏懼，因理念的不同，崇尚力量的斑并沒有被木葉的人所認同，甚至不被自己守護的宇智波族人信任和支持。正因如此，斑與千手柱間的隔閡開始日益加深。
斑預測千手柱間死后，其弟千手扉間定會繼承火影大位，而宇智波一族也遲早是兔死狗烹的下場。雖然千手柱間對宇智波斑百般挽留，決定讓宇智波斑做第二代火影，但是斑看出：除了柱間，沒有人能和他坦誠相待。斑堅持離開木葉，尋找自己想要的“真正的和平”。
……
而后斑就好像徹底消失了一樣，沒有人再聽到過他的消息。但是，突然有一天，斑回來了，并且像是想要摧毀曾經的夢想一樣向木葉發起了襲擊，為了保護村子，千手柱間毅然出戰。斑利用寫輪眼的強大瞳力操縱著尾獸中最為強大的九尾與千手柱間抗衡，而千手柱間則以仙人模式下的木遁忍術與之應戰。
這場驚天動地的戰斗后來被刻印在世人的記憶中，夜以繼日的戰斗改變了戰場的地形。最后柱間終于將斑擊敗，并手刃了曾經的友人，暫時地守護了木葉的和平，這個大峽谷在后來都被世人稱為終結之谷。
終結之戰后，宇智波斑并不是世人所想的那樣死去，而是存活了下來。他在死前將瞳術“伊邪那岐”封印入自己的右眼，由于萬花筒寫輪眼的特性，這一瞳術在經過了若干時間之后自動啟動，改寫了斑被柱間所殺的現實，斑借此獲得了重生。
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