和其他音忍不同，佐助對大蛇丸既不恐懼也不尊重。rg他沒佩戴音忍的護額，身上唯一的標記是一族紋章。與新第七班見面后，佐助毫不留情地攻擊了鳴人和櫻。
在兩年半時間里，佐助的能力產生了飛躍。他使用草薙劍作為武器，并對雷遁忍術進行了各種新開發。由于大蛇丸的影響和自身的努力，佐助完掌握了控制咒印的力量，瞳力也變得深不可測，甚至可以通過寫輪眼與鳴人體內的九尾對話。
九尾妖狐對佐助的出現感到很吃驚，他佐助的查克拉簡直和以前的宇智波斑一模一樣，佐助對九尾所的事情不感興趣，并開始壓制九尾的查克拉。九尾退卻，威脅佐助不要殺死鳴人，否則會后悔。在擊倒了所有人后，佐助準備使用絕招將眾人一舉殲滅，這時大蛇丸和藥師兜出現，兜勸佐助留下第七班，這樣可以削弱“曉”的力量，便于他對鼬的復仇，佐助勉強同意，接著三人便消失了。
……
佐助出現在無數個被他打倒的忍者中間，他身上干干凈凈，一點血也沒被濺到，而且那些忍者們都沒被給予致命一擊，大蛇丸覺得即使是被稱為天才的他在當年也沒如此實力。這時候的佐助覺得自己已經沒什么可從大蛇丸那里學到的了，就在大蛇丸躺床上養病的時候突然對他發起攻擊，而早有準備的大蛇丸則現出真身──“白鱗大蛇”，欲奪取佐助的身體。
白鱗大蛇被佐助斬殺后，大蛇丸利用揮發的血液將佐助的意識轉移到自己轉生的異空間，準備奪取佐助的身體。但佐助的成長超出了大蛇丸的預計，在寫輪眼強大的瞳力下，大蛇丸遭到了和當年面對鼬時相同的慘敗，他的異空間完被佐助吞噬了。
在擺脫大蛇丸控制后，佐助釋放了被大蛇丸關押的水月。接著兩人來到南秘所，服了具有特殊能力且對佐助抱有愛慕之情的香燐入伙，并釋放了所有的囚徒。之后佐助一行人來到北秘所，準備釋放咒印力量的源頭──重吾。重吾擁有雙重性格，平時很和善，但當咒印爆發時就抑制不住殺人的沖動。佐助利用實力震懾住了處于殺人沖動中的重吾，作為君麻呂生前的好友，重吾為了了解君麻呂不惜犧牲生命來換取的佐助究竟是個什么樣的人而決定加入。佐助的四人隊正式組成，取名為“蛇”，目的是要殺死鼬，整個世界都將因“蛇”的出現而發生變化。
……
木葉收到情報，得知大蛇丸被佐助所殺，便開始進行尋找佐助的任務。佐助在搜索鼬的時候遭遇了“曉”的迪達拉和“面具男”。迪達拉一因曾敗于同樣是宇智波一族的鼬手下，二因佐助殺死了該由自己殺死的大蛇丸，而對佐助十分不滿，主動挑起戰斗。經過一番苦戰后，二人兩敗俱傷，最終徹底被激怒的迪達拉自爆身亡。
“蛇”來到“曉”的根據地，佐助再次遇上鼬，鼬指示佐助前往一族的故地來個了斷。戰斗伊始，佐助與鼬兩人一邊交談一邊進行了幻術上的攻防戰。佐助從鼬口中得知一條驚人的信息──“一族原首領、木葉創立者之一的斑仍然活著，而且就是斑跟鼬一起消滅了族”。佐助又被告知，斑是族中第一個開啟萬花筒寫輪眼的人，還曾以這雙眼睛馴服了九尾。佐助之前已閱讀過關于一族的石碑，了解到了萬花筒寫輪眼終有一天會失明的事實。鼬告訴佐助，已是萬花筒寫輪眼擁有者的人，能從自己兄弟那兒取來同樣的眼后創造出帶有獨特力量的新眼睛“永恒萬花筒寫輪眼”，而這就是他當年故意留下佐助性命的原因，佐助在聽完鼬的敘述后正式開戰。
……
兩兄弟不斷使出絕招攻擊對手，佐助的實力早已今非昔比，在交戰過程中，先后破解了鼬最強的精神攻擊“月讀’與最強的物理攻擊“天照”，但也因此耗費了大量的查克拉。
最終，佐助決心用自己一手準備的終極絕招來決勝負……原來佐助先前的豪龍火之術射向天空的目的并不是攻擊鼬，而是用來制造出積雨云，進而產生雷電，并將自然界巨大的雷電之力通過手中雷電引導向鼬。這招“麒麟”一擊將整個據點都擊得粉碎，佐助亦以為鼬已身亡，但意想不到的是鼬在麒麟劈下的瞬間開啟須佐能乎防御住了佐助的攻擊。就在這時，來被佐助奪去力量、壓制在其體內的大蛇丸，竟趁佐助力量虛耗之際企圖侵占其身體，使出自己最大最強的術“八歧之術”變化出八歧大蛇。
但，歧大蛇的八個頭顱被須佐之男先后斬下，而大蛇丸人也被須佐能乎的“十拳劍”刺中而封禁在葫蘆里，佐助的咒印也隨著大蛇丸被封印而從此消失。
此時佐助與鼬都已到了極限，佐助連寫輪眼都使不出來了，鼬的雙眼已經幾近失明，而且不斷吐血，須佐能乎也差點消失。面對鼬強大的“須佐能乎”，佐助唯有不斷以草薙劍和引爆符進行攻擊，但都被鼬的須佐能乎所持的“八咫鏡”彈開。鼬步步迫近，佐助則節節后退。最后，鼬微笑著在佐助的額頭前輕輕點了一下，道：“原諒我，佐助，這是最后一次了。”接著就此倒下。天空漸漸變暗，陣雨迷蒙，天仿佛在哭泣一般，而天照之火仍在不滅地燃燒著。當佐助看見旁邊的鼬再也不動后，他明白鼬已經死亡，凄涼地笑了一下后倒在了鼬的旁邊，兄弟二人并列躺在地上，仿佛永遠隔絕的存在。
……
“面具男”找到并救起已經暈倒的佐助，他對佐助宣稱自己就是“斑”，同時告訴了他家族與木葉曾經的恩怨，以及鼬的真實身份。原來，鼬是木葉的雙重間諜，當年一族意圖謀反，為了防止戰爭的爆發鼬才選擇親手滅掉家族。
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