此時，輝夜開始發起攻擊，二人聯手抗敵。rg黑絕對二人訴了輝夜的過去，承認自己挑唆因陀羅對抗阿修羅、篡改羽衣留給一族石碑內容等行為，而這一切都是為復活輝夜。
……
輝夜強大的實力前所未見，但兩人的實力也有點超出了輝夜的預計。黑絕提議實行各個擊破，于是輝夜單獨將佐助轉移至沙漠世界。佐助使出渾身解數也無法離開異空間，而此時櫻和帶土合力開啟了空間通道呼喚佐助，佐助在最后時刻使用“天手力”瞬間與遠處空間互換位置，成功離開沙漠與鳴人重新匯合。
看到二人再度聯手，輝夜也開始擔心起來，于是她發動了超重力空間，使出絕招“共殺灰骨”打算結束戰斗。帶土為保護二人而犧牲，但也為佐助的瞳力恢復爭取了寶貴的時間，同時激發了鳴人的斗志，并且還在自己死后將查克拉附著于卡卡西身上，使其短時間內擁有萬花筒的能力。最終第七班在卡卡西的指揮下，進行了最后一次完美的配合，封印了輝夜。
大戰結束，但佐助并未就此和鳴人一起解除無限月讀，而是揚言要將現任五影處以極刑，接著使用幻術和地爆天星封印了九大尾獸。鳴人決定出面制止佐助，兩人前往終末之谷展開宿命的最終決戰。佐助否認了鳴人追求和平的方式，認為要真正實現和平，應獨自背負著世界的仇恨，使忍界有一個公敵，才能讓人們團結起來。而鳴人是他現存唯一的羈絆。只有親手殺死鳴人，才能完成他的這一目標。
經過一天一夜的激烈鏖戰，二人均失去了半只手臂，而且都身受重傷不支倒地。面對如此堅持制止他的鳴人，佐助表示自己對于鳴人的做法感到疑惑不解，自己也想自我了結來贖罪，鳴人則告訴佐助自己早已將他視為朋友，所以無論如何都會分擔他的痛苦，阻止他身陷泥沼。佐助繼而回憶起迄今為止和鳴人邂逅的點點滴滴，最后笑著承認鳴人才是這場對決里真正的贏家。
……
之后櫻和卡卡西抵達終末之谷，為重傷倒地的二人療傷。佐助首次坦然接受內心感情，為先前所鑄下的錯誤向櫻致歉，并且和鳴人一起解開了無限月讀，救出了深陷幻術中的世人。
返回村里休養直至康復后，佐助告知卡卡西和櫻他即將再度啟程，遠行他方看一看曾經因為自己被仇恨蒙蔽了雙眼而錯過的人和事。佐助婉拒了櫻希望與之同行的請求，并答應自己會再度歸來。才離村沒多久，鳴人出現在佐助的面前，交還當初被自己用螺旋丸劃過的木葉護額。佐助收下護額，承諾履行忍者的職責，兩人就此告別。
多年以后，佐助與櫻成為夫妻，兩人育有一女——宇智波佐良娜。成年后的佐助，是不佩戴護額的獨立忍者，但是在五大村中有著較高的地位。為了進一步調查輝夜之謎，佐助長期在外，自女兒懂事后便沒回過家，這引起了女兒的不滿。
某天，佐良娜決定去見見自己的父親，于是跟在第七代火影——漩渦鳴人身后離開了村子，最后在峠塔見到了佐助。經過一系列的誤會、開導和諒解后，佐良娜的心終于再次與父母連在了一起。在和家人短暫相聚后，佐助帶上承載著家人之愛的便當再次出發，佐良娜則下決心要當上火影。
……
在輝夜的異空間執行任務的佐助，發現新的敵人大筒木桃式正在逼近，于是來到鳴人處商討對策。此時，鳴人長子博人聽聞佐助是“鳴人唯一的對手”，為了知曉父親的弱點而請求佐助收自己為徒。深明朋友狀況的佐助在提出了“先學會螺旋丸”的條件后，約定成為博人的師父。
博人因在中忍考試中作弊而被削除下忍資格，忍者護額也被鳴人沒收。這時桃式來襲，鳴人為保護村子而被抓。同樣曾被削除了下忍資格的佐助，在博人的身上看見了鳴人的身影，于是將自己少時被鳴人用螺旋丸劃上叛忍象征的護額贈給博人。接著，佐助帶著博人和四影進入異空間解救鳴人。最終在佐助與鳴人的引導下，博人成功消滅了桃式。從此博人決定要成為像佐助一樣暗中守護村子的人，協助選擇成為火影的佐良娜。
身為佐助的老婆，春野櫻在一定程度上對佐助有著很大的幫助。
春野櫻，新一代醫療忍者，五代目火影綱手的弟子，與漩渦鳴人、宇智波佐助隸屬于旗木卡卡西領導的第七班。
原個性柔弱任性，在木葉忍者學校以忍術理論知識見長。在佐助離開木葉村后，拜第五代火影綱手為師，學成優秀的體術怪力和醫療忍術。第四次忍界大戰中作為忍者聯軍第三部隊以及醫療后勤部隊的一員。
具有良好的查克拉控制能力與清晰的腦力，擅長體術怪力與醫療忍術以及解除幻術（擁有幻術天賦，早期設定是幻術型忍者）。經過自己艱苦絕的努力奮斗，最終成長為一個貫徹自己座右銘“勇氣”的優秀忍者。
忍界大戰結束若干年后，長大成人的櫻已經成為木葉高層干部，并與佐助結婚，兩人育有一女——宇智波佐良娜。
櫻的家族徽是白圈，白色代表的是純凈，不受污染。
意思就是“不經歷時間的磨練，是沒有辦法把圓畫圓的。只有經過了時間的磨練，處世待物才能變的更加好，也就是時間磨練一切。”
春野櫻與漩渦鳴人及宇智波佐助同屬下忍中的第七組。迷戀佐助，性格剛強、也有柔弱的一面。另外，特別的是在她精神國度內，有另外一個自己，而且性格跟現實的自己出入更大，隱藏其更暴力、更可怕的一面，對著漩渦鳴人與佐助更長呈現，火影忍者疾風傳后，櫻的雙重性格逐漸隱去。但不管如何，她對朋友始終是真誠對待，有需要時更連自己的生命都可以付出。
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