因為在多次推遲考試時間后，宇智波佐助仍未趕來赴考，所以一度想取消其資格，但因“風影”勸他多等一回而打消念頭。rg后宇智波佐助與我愛羅進行對戰期間，我愛羅忽然在這個時候人性失。而音隱及砂隱村此時亦開始對木葉隱村發動攻擊。“風影”和他的部下把三代目火影捉到桔梗城樓之上，風影亦露出他的真面目，原來就是自己的學生——大蛇丸。大蛇丸的部下“音忍四人眾”更在城樓上結出“四紫炎陣”，把大蛇丸及三代目火影圍起來，作為他們對戰的地方，而結界所生之火焰令木葉暗部無法進入。三代目知道要逃出此陣不是一件容易的事。大蛇丸在對戰前曾一度流下淚來，三代目認為殺害老師的他還是會傷心，大蛇丸則聲稱只是打呵欠才流淚，令在場的卡卡西、阿凱和暗部傻眼，隨后向三代目火影發出挑戰（有別于其手下藥師兜在第二場中忍考試向第七班強調出其不意的偷襲才是忍者的作法）
……
戰斗一開始，三代目使用“忍術·瓦片手里劍”攻擊大蛇丸，但輕易被大蛇丸躲過，對方還以顏色、以“潛影蛇手”襲擊他;不過這只是他的“土替身”。三代目之后以“土遁·土流大河”、“土遁·土龍彈”及“火遁·火龍彈”襲擊大蛇丸，但大蛇丸不是泛泛之輩，雖然不敢再輕視三代目，但亦揚言自己不過這么簡單被解決。大蛇丸要求三代目認真決戰來個了斷，三代目亦“應邀”脫去火影制服，顯露其忍者戰裝。不過，就在三代目使用“手里劍影分術”之時，大蛇丸終于使用穢土轉生，把千手柱間及千手扉間召喚出來;更一度欲把四代目也召喚出來，但四代目曾使用尸鬼封盡故靈魂已由死神保管無法召喚。面對自己的兩名老師，三代目也知情況艱難，指責大蛇丸竟然還愚弄死去的兩名火影，要他們死去后還需戰斗。
大蛇丸在兩名火影頭上插入符咒后，他們會回復**，但已失去任何意志，只是任大蛇丸操控的傀儡而已。初代及二代目首先奔往攻擊三代目，被三代目擊開、及再以“火遁·火龍炎彈”攻擊他們。面對火的攻勢，擅長水遁的二代目在沒有水的情況下，仍能施展“水遁·水陣壁”阻擋，再反過來以“水遁·水沖波”做成巨浪準備淹蓋三代目。三代目隨即利用“土遁·土流壁”筑成巨巖阻擋洪水;但就在從巖石返歸城樓上之際，先后被初代拳打腳踢及被二代目拉進水里，在掙脫下才逃回土壁之上。二代目繼續向土壁上的三代目攻擊，射出水柱擊潰土壁，三代目再度落在城樓之上。此時初代不甘示弱，展現其“血繼限界·木遁”，使出“木遁·樹海降臨”之術，在城樓上長出樹木牢牢抓住三代目。三代目無法解開樹枝的纏繞，于是以“通靈”召喚出戰友“猿猴王”猿魔，并令其化為“金鋼如意棒”斬斷纏繞著的樹枝。
……
得到友魔“猿猴王”猿魔的協助，三代目使用其化成的“金鋼如意棒”作為武器，跟大蛇丸從口中拿出的“草薙之劍·空之太刀”對戰，一度難分高下。但隨即初代及二代目紛紛來犯，他沒法同時對戰三人，只好在初代及二代肢體上留下引爆符，就即被大蛇丸踢飛。大蛇丸一度走近被擊于城樓面上的三代目，稱對其表示失望，三代目亦一度因為想起童年的大蛇丸而流淚起來。但不久三代目即重拾戰意，以敏捷身手攻擊大蛇丸，猿魔亦從如意棒中把手伸出、并欲勒死大蛇丸。大蛇丸即時化為泥濘以逃出猿魔的掐殺，并向三代目展示自己臉皮底下的第二真面目--就是利用“不死轉生”、而成功侵占**的年輕女忍者面孔。大蛇丸表示這只是他第二次轉生的容器，而下一個目標就是擁有寫輪眼的宇智波佐助。
三代目后引爆初代及二代目身上的引爆符，以順利阻止兩者的攻擊，然而他們“穢土轉生”的**可立即修補過來。修復身軀后的兩名火影，即對徒兒繼續攻擊。初代使用木遁術欲再抓擊三代目，但幸虧猿魔化成“金鋼牢壁”及時保護他。初代亦使用“黑夜行”，使三代目處于黑暗環境當中，并受其攻擊。三代目無可奈何下，決定分出兩個影分身，再由兩個分身份別對初代及二代目施行禁術尸鬼封盡。初代及二代目被封印時，對傷害三代目之事表示遺憾;而在他們消失后，三代目卻驚覺原來是兩名音忍─薩克·鐙及琴·錘被當作犧牲品、以施行“穢土轉生”這種禁術。這對一向視生命為至貴的三代目來，實在不可原諒，更決心要把這個叛徒殺掉。
……
他召來金鋼如意棒，把大蛇丸手中的草薙劍打飛，并在接近大蛇丸的情況下再次施行尸鬼封盡;而大蛇丸使出“潛影蛇手”欲纏著三代目，但卻纏著了其通靈獸猿魔。他對大蛇丸稱此術不單施術者靈魂會被死神吞噬而死亡，被施術者也要永遠活在死神體內受盡折磨。大蛇丸看見死神心也慌了，召回被擊飛的草薙劍從后偷襲三代目。猿魔見狀想握住飛往三代目的劍，但因身體被蛇纏絆著，當它拿到時已有一半刺穿三代目的身軀。雙方一度對峙不下，大蛇丸不斷用劍貫穿三代目的身軀，而三代目亦不斷嘗試不大蛇丸的靈體從身軀扯出來。最后因為三代目自知力量不夠，已無能力把大蛇丸整個靈體抽出，故決定只透過死神把大蛇丸雙手廢去，使其永遠不能結印以使用忍術。他深信木葉“火之意志”一定會繼承下去，所以倒下時仍帶著微笑、及再次看到童年的大蛇丸，接著便一睡不起。他的召喚獸猿魔因為失去召喚者亦瞬間消失了，大蛇丸也因失去戰斗能力、在音忍四人眾保護下離去。
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