及后鳴人在自身的查克拉被寧次的點穴術封鎖時，以精神力量召喚出九尾妖狐的強大查克拉，結果反敗為勝，把寧次重擊于地上。

    ……

    賽事完結后，雛田的父親日向日足私下尋找寧次，告訴他有關日向日差之死的真相，其后更給寧次看了其父的絕筆。寧次這才恍然大悟，知道父親并不是被宗家迫死，而是自愿當犧牲者以保衛日向一族。從此他明白人的生命可自由主宰，而不是受操控的。他把鳴人看成是將他從黑暗之中救出來的人，決意要變得比鳴人更強，和鳴人的關系也大有改變。

    佐助營救篇中，他是最后一名加入的組成員。他想留下照顧剛手術完畢的李洛克，但李暗示他應該跟隨組把佐助帶回來，寧次亦明白他的用意。在五人隊中，他被鹿丸安排在對伍的最后方，利用白眼對四周進行偵察。當被次郎坊的土遁結界圍困時，以白眼觀察出對方在這個結界里注入查克拉，故土墻被攻擊后會自動恢復，而且對方能透過結界吸取寧次等人的查克拉。但同時他亦從牙的通牙術攻擊中，觀察出結界里某些地點的查克拉比較弱，在丁次配合下，眾人破土墻而出。

    ……

    寧次之后的對手為五音忍中最具分析力、好戰的八足蜘蛛鬼童丸。鬼童丸以蜘蛛束縛術捆著鹿丸、蜘蛛巢開術捕捉鳴人分身及寧次，而牙亦被蜘蛛絲所纏后更用蜘蛛黏金術所成的武器當作飛鏢，擲向鳴人的分身，但當中并沒有真身在內，還差點兒被真正的鳴人從后暗算。與此同時，寧次觀察出鬼童丸所制的蜘蛛絲為查克拉所制，故以柔拳術釋放查克拉并切斷蜘蛛絲，救出了隊各人。他自愿留下拖延鬼童丸，讓鳴人、鹿丸及牙繼續追趕音忍及佐助。

    鬼童丸從口中不斷吐出蜘蛛捕捉寧次，及以黏金術化成的武器對寧次施以攻擊。他以為寧次只能以手中的查克拉切斷蜘蛛絲。殊不知寧次也能從身上各穴道釋放出查克拉，瞬間便把蜘蛛絲徹底切斷。寧次以柔拳法?八卦六十四掌對鬼童丸施以連擊，把鬼童丸打落樹下。不過，鬼童丸也有從身上各處釋放查克拉的能力，而且他的查克拉更能在接觸空氣時化成金屬鐙甲，故寧次的柔拳術對其無效。寧次亦深明此點。[8]

    鬼童丸從戰斗中了解寧次是擅于近戰的對手，故選擇以遠距離對寧次進行暗殺。他先以假的引爆符欺騙寧次，并射出許多黏金做成的苦無攻擊寧次，但遭到寧次的八卦掌·回天完防御，藏匿處更被寧次以白眼看破。

    ……

    鬼童丸明白他遇上了一個熟練型的對手，故不得不進入咒印狀態1。鬼童丸再以通靈之術召喚出巨大蜘蛛，并從蜘蛛體內、釋放出許多連接著查克拉蜘蛛絲的蜘蛛。他的目的就是以蜘蛛絲纏著寧次的回天術，使其轉動減慢，再放出苦無施以暗殺。雖然寧次最終防御了蜘蛛及苦無，但知道回天術的弱點已被看破，也不能再使用。鬼童丸為了進一步看破寧次白眼的弱點，便放出更多的苦無及蜘蛛施以襲擊;寧次先后以柔拳·八卦六十四掌及一百二十八掌防御苦無及蜘蛛，但卻有一支苦無從他的膊頭穿過，使其受傷。鬼童丸立即分析出寧次雖可防御5米半徑內的遠距離攻擊，及有36度視野，但事實上在其背部胸骨第二節有一處盲點，是其白眼所不能觀察到的。鬼童丸即對這個盲點不斷施以苦無攻擊;及后當寧次以柔拳把下墮的大蜘蛛給打碎后，鬼童丸又乘機放出密集性的苦無攻擊，使寧次重傷倒地。

    ……

    正當鬼童丸以為對方已死時，寧次再度站起來，使鬼童丸決定以咒印狀態對戰寧次，并在額頭上開出第三眼。鬼童丸從口中以查克拉鑄成戰弓，并準備以1%準確度的遠箭對寧次的盲點施以突襲。幸而寧次早已在其四周釋放了大量的查克拉，使箭的方向稍為偏離于致命點15厘米距離;但始終因為該箭曾是對準其盲點，寧次無法察覺，故最終仍穿其肩而過。鬼童丸又再射一箭，雖再次被寧次躲過，但事前寧次同樣是感應不到此箭。

    寧次面對比自己強的敵人，認為已無法再避開鬼童丸的攻擊，但他想起了鳴人，想起了鳴人那種不屈不撓的精神。寧次決定硬接鬼童丸第三枝遠箭（準確度為1%），從箭所連接的查克拉蜘蛛絲注入具攻擊性的查克拉，間接性地以柔拳術對鬼童丸的內臟進行破壞。后更使出新悟絕招·八門崩擊對負傷行動中的鬼童丸施以突擊，鬼童丸瞬即重傷倒地。鬼童丸對其不死表示震驚，寧次就指出因為他是被眾人所認定、信賴的‘天才’，所以更不能輸給任何人，并決心要改變所謂的‘宿命’。寧次亦深信鳴人既然能把他從黑暗帶出來，自然有能力拯救在黑暗中徘徊的佐助。鬼童丸死去后，寧次終于虛耗所有體力、身負重傷倒在地上。

    ……

    一片羽毛徐徐飄下，寧次也在寧靜中‘休息……后幸得上忍靜音及一眾醫療忍者的深切治療，才從死亡邊緣拯救回來。

    得日向日足的訓練下，增修了日向宗家絕技，此時已是上忍。

    寧次的面相明顯較第一部清秀，留了一把長發，而且已改穿類似日和服的衣服，和佐助的裝扮極為相似。第三班作為第七班的任務支援而前往砂忍者村，而在進入砂隱村內前就遇上了干柿鬼鮫（實為象轉分身），并與其對戰。但寧次三人均被鬼鮫所施的水牢術困著，只剩凱老師一人孤身作戰，同伴天天更感呼吸困難。后寧次以白眼看破水牢術的薄弱位置，使用柔拳打破水牢、擊敗水分身，并救了天天。阿凱亦以朝孔雀擊敗鬼鮫，四人驚訝原來這鬼鮫只是一名替身。

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