舊日本的統治者是德川幕府，其統治中心在江戶城，“王政復古”以后，仍以天皇為名義上的領袖，而以薩、長、土、肥等西南藩閥為核心的新政府在京都成立，隨即新政府揮師東征，慶應四年三月進入江戶，可以說新舊兩大勢力的斗爭至此已經大局底定，戰爭應該可以結束了。
但是日本并不是一個中央集權制國家，幕府將軍在關東還有一大批小弟呢！東部的諸侯們可以容忍新政府的產生，卻不能容忍新政府大權都掌握在西南藩閥手中，他們要求有自己的一席之地。如果那些倒幕派志士真的為國為民，毫無私心的話，這一問題本是很好解決的�？上e說給他們這些外人安排地方，新政府的內部都擠的夠嗆。薩、長之間矛盾重重，大久保利通、西鄉隆盛一直想要把實權都抓在薩藩志士手中，著力排擠和打壓長藩志士，而長藩的大村益次郎數次指揮戰斗，都以薩摩兵為先導，表面上是“好鋼要用在刀刃上”，實際卻是想用薩摩人的性命為長州執政鋪平道路。新政府一成立，自己人就開始爭權奪利了，怎么還可能容許外人來分一杯羹呢？
“我們忠誠尊王，不惜拋頭灑血，你們東國各藩一直當幕府的走狗，現在卻想搖身一變成為新政府的一員，世上哪有這種惠而不費的美事？”看透了東邊心思，西南藩閥們全都在心里罵娘。
慶應四年五月，仙臺藩主伊達慶邦、米澤藩主上杉齊憲向新政府奧羽鎮撫總督九條道孝提出，希望寬大處理會津藩。會津乃是幕府的親藩，藩祖�？普臼堑麓ㄐ阒业牡谒膫�兒子，過繼給譜代�？普猓^承�？频拿缱郑？剖舷缺环庠谛艥飧哌h，繼而移封出羽山形，最后換到富庶的陸奧會津，并且恢復了本家松平的苗字。會津藩主松平容保，是佐幕的急先鋒，尊攘志士無不對其恨之切齒，非要除之而后快。
其實仙臺、米澤這些外樣大名，與松平容保的關系也一般，根本沒有為松平氏出頭的理由。他們不過是想藉此來觀察新政府的態度，看看新政府將會怎樣處理東北各藩而已。結果九條道孝悍然拒絕了兩家的請求，于是以會津松平氏、出羽莊內酒井氏兩藩為首，于六月二十二日成立了“奧羽同盟”，共同抗拒新政府軍的北上。其后北越后長岡、新發田等藩也陸續加入，是為“奧羽越列藩同盟”，總共大小三十一家諸侯。北越后的長岡藩，加入聯盟的時間很晚，但是表現非常搶眼，因為他們冤枉�。�
掃蕩了江戶周邊的絆腳石之后，大村益次郎便開始橫掃關東，結果新政府軍在北陸地區卻陷入了苦戰。當年的四月二十七日，新政府軍北陸方面軍占領了越后中西部的小千谷，傳令附近諸侯迅速表明態度，是支持新政府，還是支持“朝敵”德川氏。
消息傳到七萬石的幕府譜代長岡牧野藩，家老河井繼之助召集群臣商議對策，部分家臣傾向于新政府，部分傾向于舊幕府，互相攻訐不休。最終河井繼之助敲定了“武裝中立”的方針，并且親自前往小千谷去和新政府軍談判。
河井繼之助希望新政府軍考慮長岡藩內輿論無法統一的矛盾處境，暫且繞過長岡藩東進，然而這個要求卻被新政府軍軍監巖村精一郎一口回絕了。繼之助勸說道：“德川氏已經表示恭順，江戶城也打開了城門，時至今日，戰爭已經毫無必要了。如果開戰，只能導致生靈涂炭和國家疲弱，西方列強趁虛而入。貴軍暫且繞路而行，以待本藩內部繼續討論對策，又有何不可？”
繼之助所言很有道理，然而從新政府軍的角度來看問題，是不能在長岡藩向背不明的情況下輕率東進的，那樣等于在自己背后埋下了一顆*。最終談判破裂，惱羞成怒的河井繼之助回到長岡，立刻秣兵厲馬，準備和新政府軍惡戰一場。
不過長岡一個區區七萬石的小地方，雖然經過河井繼之助多年經營，兵強馬壯，也終究是無法與新政府大軍相抗衡的。于是繼之助就加入了以北陸和東北地區舊幕府親藩、譜代為主體所組成的“奧、羽、越列藩同盟”，求取援兵，共同拒敵。
同盟軍北陸地區的主將就是河井繼之助，而新政府軍的實際指揮者是北陸道鎮撫總督府參謀、長州重臣山縣狂介。雙方于五月十日首先在信濃川邊交上了火，第一回合，因為尾張藩兵的臨陣退縮，新政府軍吃了個大敗仗，隨即山縣狂介率領長州軍于十一日展開全面反攻，占領朝日山制高點，扭轉了敗局。十三日凌晨，同盟軍對朝日山發動猛烈攻擊，新政府軍不敵敗退。十九日，山縣狂介率軍繞道奇襲并且攻占了長岡城，給同盟軍造成了心理上的沉重打擊。
到了六月份，奧、羽、越各地同盟諸侯的援軍紛紛開到前線，而解決了上野“彰義隊”問題的新政府東海方面部隊也陸續向北增援，雙方實力同時壯大，新的激戰一觸即發。七月二十七日，河井繼之助利用對附近地理非常熟悉的優勢，派兵奇襲長岡，奪回了藩城。然而正當他想要乘勝追擊，徹底擊潰新政府軍的時候，卻發現戰斗力聞名天下的薩摩軍大舉來援，并且已經逼降了長岡西面的新發田溝口藩。
在與薩摩軍的惡戰中，河井繼之助腿部中彈，被迫退離戰場。失去了主將的同盟軍就此分崩離析，各藩逐一被新政府軍或攻破，或逼降，二十九日，新政府軍第二次攻占長岡城，宣布了“北越戰爭”的終結。
山縣狂介第一次奇襲并且占領了長岡城的時候，河井繼之助曾向新發田等藩求救，然而新發田藩主溝口直正在出陣當日卻遭到領內數百農民的阻攔。這些農民以大莊屋（地主）小川五兵衛為首，手持木棒和竹槍，攔在城門前高呼道：“不能和官軍為敵，否則定將滅亡！”溝口直正無奈，只得退入城中，隨即就與山縣狂介暗通款曲，投降了新政府軍。
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