深悉中國傳統“天下觀”的日本，在明治維新后全面西化。這種身份在清廷面前于是乎就成了巨大的優勢：他們了解西方的近代外交理念的同時，又深悉清廷傳統“外交觀”的種種漏洞，及其與西方近代外交理念的種種沖突之處。如何利用這種優勢在清廷身上獲利，成了明治政府維新之后工作的重中之重。征韓論與奪取琉球，之所以在明治維新之后甚囂塵上，便是日本人深知大清在這方面的漏洞。
在清廷，“置之化外，未便窮治”，是“天下觀體系”下的政治詞匯。日本人并非不知，但現實需要，他們故意將之放置到了近代“世界觀體系”下理解，于是就成了：清廷承認臺灣東部番地無主。
此次交涉影響范圍不大，但也引發了朝廷之外的一些言論。這些言論，又恰恰是日本所需要的。譬如副島種臣來訪半月之后，受北滿州影響提前問世的《申報》，便刊載了署名為“嶺南蓮塘生”的一篇稿件，基本上可以代表當時大多數中下層士大夫們的普遍看法。“嶺南蓮塘生”說：“蓋臺灣一帶，雖系中華之地，而臺灣府屬界，居海島邊境。至于生番，則又深居內地；雖統稱臺灣，實非臺灣府屬可管也。且生番蠻類，未曉人性，不入王化，非我朝百姓；與中土何礙焉！”
其中的“不入王化”、“非我朝百姓”等言辭，正合日本人之心。但在“嶺南蓮塘生”的本意，卻并不涉及國家疆域問題，所指均屬文化層面。兩套彼此交叉、互相矛盾的“世界認知體系”及其衍生出來的不同的外交游戲規則，被日本政府輕易地操縱于股掌之間，而清廷舉國朝野竟毫無察覺。
有了內外的一致鋪墊，日本政府緊急通過了《臺灣蕃地處分要略》，并不顧北海道的戰火剛剛熄滅，加急組織了侵臺軍，名曰：“臺灣生番探險隊”。《要略》的重點便為副島種臣使團所取得的“外交成果”：“臺灣土番部落,為清國政府政權所不及之地。其證據具見清國自來所刊行的書籍之中,而當前任參議副島種臣使清之際清廷官吏所作答語,尤其顯然,故視之為無主之地,具備充分理由。是以報復殺害我藩屬琉球人民之罪,為日本帝國之義務,而征番之公理,亦可于此中獲得主要根據。”
日本出兵臺灣在即，臺灣道在給閩浙總督的文件里卻將此事的權重放置在“剿辦彰化廖匪”一事之后，并稱：“牡丹社系屬番界，彼如自往剿辦，在我勢難禁止。”雖然擔心日本人勝利后會盤踞番社不走，但給出的處置建議仍是消極的“一切惟以鎮靜處之”。這自然正是日本人所希望的清廷的反應，臺灣地方官絲毫沒有意識到此事關乎中國在臺灣東部番地的領土主權。
一切似乎都超乎想象的順利，但是當日軍討“番”統領西鄉從道將出兵臺灣的照會直送閩浙總督李鶴年處時，卻出乎意料地遭到了李鶴年的強硬反擊。此后李鶴年更是多次照會西鄉從道，其中名言：“本部堂查臺灣全地，久隸我國版圖。雖其土著有生熟番之別，然同為食毛踐土已二百余年。……查萬國公法云：凡疆內植物、動物、居民，無論生斯土者、自外來者，按理皆當歸地方律法管轄。……據此各條，則臺灣為中國疆土，生番定歸中國隸屬，當以中國律法管轄，不得任聽別國越俎代謀。茲日本國中將照會，以臺灣生番戕殺遭風難民，奉命率兵深入番地，殛其兇首，以示懲戒。在生番迭逞悍暴，殺害無辜，即按以中國之法律，亦所必誅，惟是臺灣全地素屬中國，日本國政府并未與總理衙門商允作何辦理，逕行命將統兵前赴，既與萬國公法違背，又與先時所換和約內第一、第二兩條不合。”
李鶴年態度的突然強硬，是因為西方幾個看熱鬧的出聲了。最先是英國駐華大使威妥瑪致函總理衙門，告知清廷日本出兵臺灣一事，并在信中詢問“生番居住之地，是否隸入中國版圖”。稍后，英、法兩國使節以及總稅務司赫德也先后前往總理衙門，詢問臺灣生番所居之地是否中國領土。尤其重要的是，英國通過駐華使節，將來自英國駐日大使阿禮國獲知的信息告知中國：“內稱據東洋意見，臺灣島自某處迪南，皆不隸中國版圖之內”。
威妥瑪強調，清廷對臺灣番地主權等認定，與英國針對此事的外交態度密切相關。如果中國認為番地不屬于中國版圖，則英國政府對英國民眾協助日本出兵臺灣不做任何限制。如果清廷認定臺灣屬于中國版圖，則英國政府將明令禁止英國民眾參與日軍出兵臺灣一事。法、美各國所持意見，與英國大致相似。
正是因為有了這樣的變化，清廷正是明發上諭，聲明：“生番地方，本系中國轄境，豈容日本窺伺。”并派沈葆楨帶率領輪船軍隊，以巡閱為名，前往臺灣生番一帶察看，“不動聲色，相機籌辦”。李鶴年的強硬照會，與稍后的上諭精神完全一致。英、法、美諸國也均照會清廷，表示對日本的行為不予支持。
但李鶴年顯然仍對領土主權為何物不甚了然，其稍后的一道奏章又回到了“天下觀”里“番地不屬界內”的老調：“惟念邊釁易開不易弭，番地腹地，究有區分，如果倭兵擾入臺灣腹地，自當督飭鎮道鼓勵兵團，合力堵剿。若僅以戕殺琉球難民為名，與生番復仇，惟當按約理論，不遽聲罪致討，以免釁開自我。”
這種“番地”、“腹地”的區分，難免又被日本曲解成“番地無主”。故而，總理衙門再次發布上諭，嚴厲強調：“番地雖居荒服，究隸中國版圖，其戕害日本難民，當聽中國持平辦理，日本何得遽爾興兵，侵軼入境。若謂該國僅與生番尋仇，未擾腹地，遂聽其蠻觸相爭，必為外國所輕視，更生覬覦。釁端固不可開，體制更不可失。該督惟當按約理論，阻令回兵，以敦和好，不得以番地異于腹地，聽其肆意妄為也。 ”“天下觀”里的“番地”、“腹地”概念必須服從于“世界觀”下的領土主權，這是清廷對臺灣是中國領土的最清晰表述。
兩邊聲明走了一波，西鄉從道還是帶著他的探險隊出發了，不可釁自我開的清軍還是選擇了克制，居然讓西鄉從道在瑯嶠登了陸。已經完成了軍事改革的日軍，打一群只是勇武的生番，自然是皇軍武運長久，牡丹社酋長阿實祿父子等一開戰便戰死沙場，讓日本人報了琉球難民之仇。然后日軍便開始了臭不要臉模式，以龜山為中心建立都督府，準備賴在臺灣不走了。
清政府得知日軍侵犯臺灣消息后，立即向日本政府提出質問，并派福建船政大臣沉葆楨率軍直赴臺灣。沈葆楨等到達臺灣后，一面與日軍交涉，一面積極備戰，不過遲遲沒有開火。日軍由于不服臺灣水土，士兵病死較多，日本政府也知道不能立即軍事占領臺灣，不得不轉而尋求外交手段解決問題。
六月初夏生番出草，十月初九兩邊就又在北京談上了。日本派大久保利通為全權大臣，到北京與總理衙門談判。大久保利通此行帶了不少國際法專家，準備用國際法與中國辯論臺灣“番地”的主權問題。談判長達四十多天，中日共舉行了五次會談，均是討論“番地”主權問題。大久保利通頻繁援引《萬國公法》，總理衙門諸大臣盡管在“番地”主權問題上寸步不讓，但對《萬國公法》，卻自始至終采取回避態度。恭親王給大久保利通的照會中說：“本王大臣未能詳悉泰西公法全書精義，不敢據以問難。”文祥也在問答中說道：“至大久保所說《萬國公法》，并無中國在內，不能以此責備中國。”
清廷以軟（談判）硬（備戰）兩手迫使日軍撤離臺灣，保全了臺灣領土主權，但仍是事件中的大輸家——日本內務卿大久保利通曾歡呼此事的了結：“嗚呼！此誠為古今所罕有，終生所無的大業！” 因為清廷與日本簽訂了結此事的《北京專條》里有這樣兩條不是人話的記載：其一、“茲以臺灣生番曾將日本國屬民等妄為加害, 日本國本意為該番是問, 遂遣兵往彼, 向該生番等潔責。”——這等同于承認了之前被臺灣番民殺害的琉球民眾屬于日本，為日本吞并琉球留下了口實。其二、“日本國此次所辦，原為保民義舉起見，中國不指以為不是。”——清廷只求日本撤兵，余概不問，是非之顛倒莫此為甚。而且日本人也像果興阿一樣，利用不得不的撤兵，訛詐了大清足足五十萬兩白銀。
“諸位，可以開始談判了嗎？”合約剛剛簽過字，大久保利通正滿心歡喜的準備回去慶祝的時候，一個懶洋洋的聲音從大堂門口傳了過來。
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