在研究所的研究期間，大蛇丸算是真正見識(shí)了索斯在這些稀奇古怪的忍術(shù)上的造詣，封印之書他也研究過了，但對(duì)于各種忍術(shù)的理解，查克拉的運(yùn)用，他甚至有些地方和索斯有著相當(dāng)大的差距，這讓他感到震驚不已，同時(shí)既提高了警惕，也暗自覺得自己的選擇沒有錯(cuò)，果然如同自來也的那樣，索斯就是忍術(shù)上的天才。
每當(dāng)研發(fā)出新的術(shù)，或者是禁術(shù)的新使用方法，他們幾乎不用尋找實(shí)驗(yàn)體，索斯一個(gè)人就能搞定所有的問題，他幾乎所有的術(shù)都是一學(xué)就會(huì)，大蛇丸為了實(shí)驗(yàn)這些甚至講一些自己的獨(dú)門忍術(shù)教給了索斯，包括潛影蛇手之類的術(shù)，而他也很快就學(xué)會(huì)了。
總體來，兩人的相處還算融洽，索斯并不是那種善惡觀念特別強(qiáng)的人，他是從野蠻人社會(huì)走出來的，自然不會(huì)擁有所謂的明確的正邪觀念，這一切在他眼里都不過是可以相互轉(zhuǎn)化的事物罷了，所謂的善惡都會(huì)因?yàn)榍閯?shì)，角色的變化而轉(zhuǎn)化，只有中間的那部分才是永恒的，索斯確信自己現(xiàn)在就處于中立狀態(tài)，而大蛇丸也覺得索斯和其他人似乎有些不一樣，這是個(gè)我行我素的家伙，有點(diǎn)兒像自來也，但他的心底絕對(duì)沒有自來也那么善良，這是大蛇丸的感觸，這也恰好符合他的預(yù)期，畢竟不管是出于什么目的，偷盜封印之書的人，怎么想都不可能是良善之輩，就是這樣性格的兩個(gè)人，合作起來還算是頗為順利，無論是穢土轉(zhuǎn)生的研究，還是對(duì)于血繼限界的開發(fā)都取得了一定的成效，只是還需要更多的時(shí)間而已，在人手上也很不足，他們畢竟只是人，兩個(gè)人能顧及到的方面還是少的，整個(gè)研究所如果能夠擁有足夠的人手，那么研究的效率將不可同日而語，但目前為止暫時(shí)是不可能了，他們不可能讓別人知道他們?cè)谘芯拷g(shù)，但日后還是有機(jī)會(huì)的，如果大蛇丸成了火影，那么限制就會(huì)少很多，到時(shí)候成立一個(gè)什么秘密的科研機(jī)構(gòu)還是不在話下的，索斯也能看出來大蛇丸有著這樣的期待，他也不破，只是靜靜等待著，在他看來應(yīng)該快了。
就這樣又過了一年，木葉村的樣子沒什么變化，但整個(gè)的面貌已經(jīng)煥然一新，人們仿佛都從戰(zhàn)爭的創(chuàng)傷中走了出來，走在大街上的時(shí)候，能夠看到的是人們的笑臉，和一些陌生的旅人，雖然作為忍者村依然戒備十足，但已經(jīng)不如戰(zhàn)時(shí)那樣嚴(yán)格管控了，這個(gè)村子正在一點(diǎn)點(diǎn)恢復(fù)起來，就如同索斯預(yù)想的那樣，沒有什么傷痛是時(shí)間抹不平的，所有的一切最終都將會(huì)被時(shí)間的洪流沖刷干凈，或許只有這一點(diǎn)是永恒不變的。
但終究還是發(fā)生了出乎索斯意料之外的事情，三代火影退位震驚了整個(gè)木葉村以及周邊的各大忍村和大名，但是接任的人并不是大家以為的赫赫威名的三忍之一大蛇丸，也不是其他兩個(gè)綱手或自來也，相反，而是自來也的弟子，被稱為金色閃光的波風(fēng)水門，他接任火影的時(shí)候，還不滿三十歲。
索斯能夠非常明顯的感受到大蛇丸的變化，如果從前的他還只是表面上陰暗內(nèi)心涉足并不深切的話，當(dāng)知道消息后，再次見到大蛇丸的索斯徹底感到有些事情已經(jīng)不一樣了，現(xiàn)在的大蛇丸，給人的感覺就如同一條真正的毒蛇，潛伏在暗處，嘶嘶吐信，觀察著你，隨時(shí)等待毫不猶豫地出擊一樣，被他看著的時(shí)候，那感覺真的非常不舒服，索斯自然明白是怎么一回事，大蛇丸的話也變得更少了，而且更多的時(shí)候總是用一種陰測(cè)測(cè)的腔調(diào)話，索斯對(duì)此沒有什么意見，他是無所謂，只要研究繼續(xù)就好了，只不過大蛇丸如果當(dāng)不上火影的話，那么他們這個(gè)研究所多半是沒辦法擴(kuò)大了，甚至還要提心吊膽地心不知道什么時(shí)候，就被別人給發(fā)現(xiàn)了，那樣的話，他們兩個(gè)就都完蛋了。
好在波風(fēng)水門剛剛接任火影，他的勢(shì)力還沒有建立，各方面的事務(wù)都需要他去處理，自來也也回到了忍村之中，索斯并不知道具體內(nèi)情如何，他只知道自來也似乎找大蛇丸單獨(dú)談過話了，他或許以為自己已經(jīng)成功服了大蛇丸，接受波風(fēng)水門shang/ei的事實(shí)，但每天在研究所里和大蛇丸呆在一起的索斯清楚，現(xiàn)在誰都沒法勸大蛇丸了，從第一天起，他就墮入一個(gè)索斯都不明白的深淵之中了，誰都無法涉足，只有他自己能夠清楚自己在干什么，但也許這就是大蛇丸的天性吧，索斯隱隱覺得，大蛇丸和他是一樣的，也許現(xiàn)在還有些不透徹，但遲早，遲早他會(huì)明白，他非善非惡，只是絕對(duì)中立的存在罷了。
研究所開始逐漸出現(xiàn)新鮮面孔，許多孩子出現(xiàn)在研究所里，大蛇丸常常會(huì)一出去就是很長時(shí)間，然后帶回來自己孩子，索斯自然不會(huì)天天來照看這些自己都不知道從哪冒出來的孩子們，他們就互相自己照顧對(duì)方，索斯并沒有問大蛇丸為什么帶孩子回來，他依稀記得大蛇丸最后是創(chuàng)立了一個(gè)新的忍者村來著，如果記得沒錯(cuò)的話，自己并沒有影響到歷史的改變，大蛇丸依舊沒有當(dāng)上火影，那不定這些孩子就是未來建立忍者村的那批。
他是很分得清楚的，大蛇丸是大蛇丸，自己是自己，研究所是研究所，雖然在研究所和大蛇丸一起合作研究，但也不代表自己就完倒向大蛇丸，他只是想在木葉安安穩(wěn)穩(wěn)地生活而已，所以絕不多問其他事情，以后大蛇丸如果真的有離開的念頭，自己也能夠脫身。
而讓索斯感到興奮的是，他們研究的新忍術(shù)已經(jīng)逐漸有了雛形，和八門遁甲很相似，也是開發(fā)人體潛能的，大蛇丸將其命名為咒印，只不過還很初步，并沒有完完成，而且索斯總覺得大蛇丸似乎有什么事情在瞞著自己，自從波風(fēng)水門當(dāng)選四代以后，這種感覺就開始變得揮之不去了。
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