秦王府諸將領(lǐng)還準(zhǔn)備將李建成和李元吉的一百多名親信部誅殺，并將他們的家產(chǎn)沒(méi)收官府，程知節(jié)勸解李世民：“罪孽都是兩個(gè)元兇所犯，而他們已經(jīng)伏誅了，倘若還要牽連他們的黨羽，恐怕要天下大亂啊！”
于是李世民讓諸將領(lǐng)停止了追殺。rg當(dāng)天，李淵頒布詔書(shū)赦天下，叛逆的罪名只加給李建成和李元吉二人，對(duì)其余的黨羽，一概不加追究。
接著李世民將李建成的兒子安陸王李承道、河?xùn)|王李承德、武安王李承訓(xùn)、汝南王李承明、鉅鹿王李承義，李元吉的兒子梁郡王李承業(yè)、漁陽(yáng)王李承鸞、普安王李承獎(jiǎng)、江夏王李承裕、義陽(yáng)王李承度等幼兒都被殘忍殺害，還在宗室的名冊(cè)上刪除他們的名字。
原東宮和齊王府的女眷則部沒(méi)入宮中，后來(lái)成為李世民的后宮組成部分，其中較著名的是原來(lái)李元吉的妻子楊氏，李元吉死后被李世民納為妾，但沒(méi)有正式封號(hào)，宮中呼為“巢剌王妃”，是長(zhǎng)孫皇后去世以后唯一一個(gè)生下子女的嬪妃。
7月5日，李淵立秦王李世民為皇太子，又頒布詔書(shū)：“從今天起，軍隊(duì)和國(guó)家的各項(xiàng)事務(wù)，無(wú)論大，部委托太子處理和決定，然后再報(bào)告給朕。”
同一天馮立和謝叔方都自動(dòng)出來(lái)負(fù)罪。薛萬(wàn)徹躲起來(lái)以后，李世民多次讓人明示他，于是他也出來(lái)了。李世民感慨地：“這些人都能夠忠于自己所事奉的人，是義士啊！”便赦免了他們。
7月1日，李淵政變功臣宇文士及為太子詹事，長(zhǎng)孫無(wú)忌與杜如晦為左庶子，高士廉與房玄齡為右庶子，尉遲恭為左衛(wèi)率，劉弘基為右衛(wèi)率，秦王府舊臣虞世南為中舍人，褚亮為舍人，姚思廉為太子洗馬，論及政變的功勞，以長(zhǎng)孫無(wú)忌和尉遲恭為第一，分別賜絹一萬(wàn)匹。
李淵還特別嘉獎(jiǎng)尉遲恭，慰勞他：“愛(ài)卿對(duì)于國(guó)家來(lái)有安定社稷的功勞。”于是把齊王國(guó)司的金銀布帛器物部賞賜給了尉遲恭。
7月31日，以秦王府護(hù)軍劉弘基為左衛(wèi)大將軍，又以侯君集為右武衛(wèi)大將軍，尉遲恭為右武候大將軍。
8月3日，以高士廉為侍中（相當(dāng)于宰相），房玄齡為中書(shū)令（亦相當(dāng)于宰相），蕭瑀為左仆射（亦相當(dāng)于宰相），長(zhǎng)孫無(wú)忌為吏部尚書(shū)，杜如晦為兵部尚書(shū)。
8月4日，以宇文士及為中書(shū)令，封德彝為右仆射（亦相當(dāng)于宰相）；又以前天策府兵曹參軍杜淹為御史大夫，前任中書(shū)舍人顏師古、劉林甫為中書(shū)侍郎，左衛(wèi)副率公孫武達(dá)為左衛(wèi)將軍，左虞候劉師立為驍衛(wèi)將軍，副護(hù)軍薛萬(wàn)徹為右領(lǐng)軍將軍，右內(nèi)副率張公謹(jǐn)為右武候?qū)④姡冶O(jiān)門(mén)率長(zhǎng)孫安業(yè)為右監(jiān)門(mén)將軍，右內(nèi)副率李客師為領(lǐng)左右軍將軍。至此，李世民集團(tuán)成員和支持李世民的官員控制了國(guó)家的要害部門(mén)和職位，完掌握了**政大權(quán)
太子李建成和齊王李元吉的余黨流散逃亡到民間，雖然朝廷連續(xù)頒布赦免令，他們?nèi)匀桓械絻?nèi)心不安，圖謀僥幸獲利的人爭(zhēng)相告發(fā)捕捉他們，以此邀功請(qǐng)賞。諫議大夫王圭將這種情況告訴了太子世民。
8月7日，李世民頒布太子令：“六月四日玄武門(mén)之變以前與東宮和齊王府有牽連的人、六月十七日以前與李瑗謀反有牽連的人，一概不允許相互告發(fā)，對(duì)違反規(guī)定的人以誣告罪論處。”
朝廷派遣諫議大夫王圭安撫崤山以東地區(qū)，允許他見(jiàn)機(jī)行事。王圭來(lái)到磁州的時(shí)候，遇到州縣枷送前任太子千牛李志安、齊王護(hù)軍李思行前往京城。
王圭：“我奉命出使的時(shí)候，對(duì)原來(lái)的東宮與齊王府的屬官已經(jīng)一概赦免，不予追究。現(xiàn)在又押送李思行等人，那么誰(shuí)會(huì)不對(duì)赦令產(chǎn)生懷疑呢！雖然朝廷為此派遣了特使，又有誰(shuí)會(huì)相信他呢！
我不能夠因顧慮自身遭受嫌疑，便不為國(guó)家考慮。何況我既然被視為國(guó)中才能出眾的人士而受到禮遇，怎敢不以國(guó)中才能出眾人士的色來(lái)報(bào)答太子呢！”于是，他將李志安等人一律釋放。太子李世民得知此事后甚為高興。
7月14日，李淵將親筆詔書(shū)賜給裴寂等人：“朕應(yīng)當(dāng)加上太上皇的尊號(hào)。”表達(dá)了自己要退位和內(nèi)禪的想法。
7月7日，李淵撤銷(xiāo)了太子李世民兼任的天策上將府邸，為李世民登基做準(zhǔn)備。
8月3日，李淵頒布制書(shū)，將皇帝位傳給太子李世民，自為太上皇，仍居于大內(nèi)皇宮正殿——太極殿。李世民堅(jiān)決推辭，高祖不許。
高祖頒布傳位制書(shū)的第二天，即武德五年八月初九，太子李世民在東宮顯德殿即皇帝位，是為唐太宗，并大赦天下，從此開(kāi)始了他輝煌的皇帝生涯，在即位第二年正月初一改元貞觀。
1月6日李世民下達(dá)詔書(shū)，追封已故太子皇兄李建成為息王，謚號(hào)為隱，是為息隱王；皇弟齊王李元吉為海陵郡王，謚號(hào)為剌，是為海陵剌王，以皇家喪禮重新安葬。
安葬那一天，李世民在宜秋門(mén)大哭一場(chǎng)，顯得十分哀痛。諫議大夫王圭上表請(qǐng)求陪送李建成和李元吉靈車(chē)到安葬地。李世民答應(yīng)了他的請(qǐng)求，并命令原東宮和齊王府的幕僚屬官都去送葬。
“參見(jiàn)陛下！”程知節(jié)帶著段志玄和秦瓊等人對(duì)著剛剛下朝，有些疲憊，又有些興奮地李世民躬身施禮。
“五哥，你太客氣了。”李世民上前將他們扶住，道：“今日我才明白五哥為什么不做這個(gè)皇帝，朝堂上吵得亂哄哄的，真是累人。”
程知節(jié)心中暗暗腹誹，不過(guò)心中卻沒(méi)有表現(xiàn)出來(lái)道：“陛下英明神武，這些事情讓我來(lái)做才是真的災(zāi)難，陛下卻是信手拈來(lái)，不費(fèi)吹灰之力。”
李世民哈哈笑道：“五哥，你也跟那些大臣們一樣，跟我生分了。”
程知節(jié)道：“陛下，現(xiàn)在長(zhǎng)安已經(jīng)平定，中原百?gòu)U待興。我的任務(wù)也就完成了。也到了我兌現(xiàn)我承諾的時(shí)候。不過(guò)我的山東有些特殊，有一些政策與其他政策有些不同。我希望陛下能隨我到山東各地去看一看，切實(shí)了解一下山東的情況，咱們?cè)贈(zèng)Q定怎么和平統(tǒng)一。”
李世民然其言道：“五哥所言正是老成持國(guó)之策，好！咱們就這么辦！等過(guò)一段時(shí)間政局穩(wěn)定了，我就和五哥出去走一走。”
程知節(jié)再次俯首稱(chēng)謝，李世民趕緊把他扶了起來(lái)道：“五哥，太客氣了，這樣，我賜你見(jiàn)君不拜的權(quán)利。”
程知節(jié)連忙道：“臣惶恐！請(qǐng)陛下收回成命，千萬(wàn)不要壞了規(guī)矩。”李世民搖頭道：“好吧！現(xiàn)在咱們沒(méi)有上朝，五哥還是隨便一點(diǎn)吧！”
程知節(jié)還沒(méi)有話，突然外面鐘鼓齊鳴，有一個(gè)聲音大喊道：“報(bào)！邊關(guān)急報(bào)！”
李世民一愣眼中射出兩道寒光，和程知節(jié)了一聲：“失陪！”然后急匆匆的又來(lái)到了金鑾殿。
時(shí)間不長(zhǎng)文武百官聽(tīng)到鐘鼓聲，就急匆匆來(lái)了；有一位軍士滿面塵土，他跪伏在地上從懷中拿出一封書(shū)信道：“報(bào)！啟稟萬(wàn)歲；突厥頡利可汗突發(fā)萬(wàn)大軍犯我邊境，他們偷襲涇州，涇州失守，郡守張德政殉國(guó)，突厥大軍已經(jīng)直奔高陵。”
“轟！”朝堂上一下子就亂套了，眾位大臣猶如蒼蠅一般嗡嗡嗡的亂作一團(tuán)。
李世民冷哼一聲，“啪！”的拍了一下子龍書(shū)案；眾人這才停止慌亂，恢復(fù)了正常。
“頡利欺人太甚！竟然敢趁朕剛剛登基，來(lái)犯我邊疆，是可能孰不可忍！我意御駕親征，絕不與頡利善罷甘休。”
眾文物一聽(tīng)都嚇了一跳，蕭禹和封德蠡趕緊勸道：“陛下，我大唐剛剛穩(wěn)定，實(shí)在不易在起刀兵。突厥所求著，不過(guò)婦女與財(cái)務(wù)。我們可以許他些財(cái)務(wù)，換的頡利退兵。請(qǐng)陛下三思。”
尉遲敬德等武將卻大叫道：“頡利乘人之危，實(shí)為不仁；我們順天興兵反擊，定得天庇佑一舉消滅敵人。請(qǐng)陛下下令，我等愿為先鋒斬殺頡利。”
李世民喝了一聲：“好！我意已決，這一次一定要與頡利決戰(zhàn)到底。尉遲敬德，我認(rèn)命你為先鋒帶領(lǐng)5軍馬先行，朕隨后帶大隊(duì)就到。”
尉遲敬德大喜道：“得令！”著行了一禮，躬身出了大殿；李世民宣布散朝，讓眾將下去集合人馬，他也回宮去做準(zhǔn)備。
長(zhǎng)孫無(wú)垢親自為夫君整理征袍，程知節(jié)道：“陛下這次去前敵，你準(zhǔn)備怎么辦？”
李世民長(zhǎng)嘆了一口氣道：“五哥，我也想一下子就消滅頡利的百萬(wàn)大軍，可是這是不可能的。姿態(tài)是一定要做的，要讓頡利看到我們的決心；寧可打一仗，也要讓他再也不敢輕易犯我邊境。
我想最終還得和談，我可以舍棄一些財(cái)物，換取短暫的和平。這些年我會(huì)厲兵秣馬，總有一天要報(bào)仇雪恨。”
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