戰(zhàn)斗中被燒毀了十多艘漕船，它們的殘骸沉入了河底，夜襲時(shí)劉良佐派出船只堵塞了南北的航道，也必須把沉船打撈出來，船隊(duì)才能繼續(xù)前行。
河面上浮尸數(shù)千，河底里到處都是掉落的刀槍武器以及各種物質(zhì)。浮尸需要打撈上來掩埋，刀槍物質(zhì)撈起還能使用。
整個(gè)戰(zhàn)斗中，受傷的士兵一千多，輕傷的需要包扎救治，重傷不能繼續(xù)行軍作戰(zhàn)的則派人送回淮安養(yǎng)傷。
最麻煩的是俘虜?shù)奶幚恚蝗f五千余的俘虜，這個(gè)人數(shù)太過龐大。
第一步要做的就是淘汰老弱病殘，這些不能打仗的一律發(fā)放二兩銀子放其還鄉(xiāng)，無家可歸者可到淮安，有官府負(fù)責(zé)安置。
高杰軍中士兵都是從陜北一路逃亡過來，老弱病殘大都死在行軍途中，活下來的都是強(qiáng)壯年。不過劉良佐軍中就有些良莠不齊，為了擴(kuò)充軍隊(duì)，攜裹了很多百姓從軍。最后，刷下去的老弱約有一千多，這些人都發(fā)放了一筆安家銀子讓其還鄉(xiāng)。
然后，陳越再次下令，所有不愿繼續(xù)從軍的降軍也可以領(lǐng)取二兩銀子還鄉(xiāng)，當(dāng)下里又走了一批，剩下的卻依然有一萬二千多。
因?yàn)閷τ诖蠖鄶?shù)士兵來，他們已經(jīng)習(xí)慣了當(dāng)兵吃餉從軍打仗，讓他們放下武器反倒不知道干什么。而且對于很多人來，他們之所以當(dāng)兵基本上是活不下去，即使回到家鄉(xiāng)也無法謀生。特別是高杰的屬下，他們的家鄉(xiāng)遠(yuǎn)在數(shù)千里外，根本是無家可歸。
當(dāng)然，也有愿意領(lǐng)銀子回鄉(xiāng)者，比如李本深和高進(jìn)庫。
路振飛答應(yīng)高杰不會株連，所以李本深和高進(jìn)庫并沒有因?yàn)槭歉呓艿挠H信而受到牽連。不過這兩人自知無法在平南軍混下去，便帶著高杰的妻子刑氏和幼子離開了。陳越也沒有為難他們，給了一筆銀子放行，當(dāng)然只是他們本人離開，不允許他們帶走武器和軍隊(duì)。
對這些降軍的使用，陳越很是為難，最省事的辦法當(dāng)然是還讓原來的軍官領(lǐng)兵，一切都如以前，這些降軍不需要怎么訓(xùn)練就可以拉上戰(zhàn)場。可那樣自己也就喪失了對軍隊(duì)的控制力，而這些軍隊(duì)不定什么時(shí)候還會再次背叛自己。就像投降李自成的明朝軍隊(duì)，當(dāng)李自成敗了之后，又紛紛投降了滿清，就是因?yàn)槔钭猿筛緵]有對這些軍隊(duì)進(jìn)行改編。
所以，必須對這些降軍進(jìn)行整編，然后才能使用，當(dāng)然這很麻煩，也需要時(shí)間。
明末的軍隊(duì)，從來都是兵為將有，士兵幾乎是將領(lǐng)的私產(chǎn)。為了打破這種模式，為了割裂降軍中軍官和以前的家丁親衛(wèi)的聯(lián)系，陳越下令，所有總旗以上的軍官都跟從大軍攻打南京，當(dāng)然，這些軍官不許帶任何親衛(wèi)。
這批軍官人數(shù)有四百余人，陳越把他們和六百平南軍步兵編制成一個(gè)營，號稱教導(dǎo)營，由陳越自己親自擔(dān)任統(tǒng)領(lǐng)，調(diào)陳平為副將。
不管是降軍中的副將還是參將游擊，入了教導(dǎo)營都從兵做起，學(xué)習(xí)平南軍的軍制以及軍規(guī)戒律。
陳越告訴他們，平南軍和其他明軍不同，想要在平南軍任職，就必須先適應(yīng)平南軍的各種條例。陳越許諾他們，等他們適應(yīng)了平南軍之后，依然會在新整編的軍隊(duì)中任職，至于官的大要看他們的能力，以及是否立下戰(zhàn)功，當(dāng)然他們從前的官職也會被參考。
當(dāng)然，不肯從兵做起也行，也可以離開軍隊(duì)，拿著銀子走人。對懷有野心很難駕馭的人，陳越不愿遷就他們。
出乎陳越意料的是，大多數(shù)軍官都選擇留了下來，哪怕現(xiàn)在只是當(dāng)個(gè)兵。這讓陳越很是不解。
其實(shí)也沒什么不能理解的，因?yàn)閷@些軍官來，拿錢離開后他們將會一無所有，失去了軍隊(duì)想活下去都難。而留在軍中，好歹還有重新當(dāng)官希望，而且這希望非常之大，因?yàn)檎庍^后的降軍肯定需要大量的軍官，而以陳越被崇禎信任的程度和崛起的勢頭，以后的軍隊(duì)肯定會越來越多，跟著陳越，他們的前途還是很光明。
不過再想像以前那樣把軍隊(duì)看作自己的私產(chǎn)，侵吞軍餉欺壓士卒的事情就不能再想。
離開則一無所有，留下來還有希望，這選擇不難做。
把降軍中所有軍官掌控在手里，接下來就可以放心大膽的整編降軍了。陳越下令，從降軍中挑出兩千面相老實(shí)者編入軍隊(duì)，補(bǔ)充各部損失。把步兵又恢復(fù)了左右兩營，分別由李奕金鑫任指揮，其中李奕營基本是原來的西山軍老營，共一千五百人，以保證戰(zhàn)斗力。金鑫營則有五百老兵一千降兵。
剩下的一千降兵一半補(bǔ)充入?yún)翁┑乃疇I，在運(yùn)河里的戰(zhàn)斗中，他的水營損失很大，兩千士兵損失將近一半。另一半降兵則補(bǔ)入了金聲桓的團(tuán)練營，現(xiàn)在團(tuán)練營的規(guī)模達(dá)到了一千五百余人。
剩下的降兵還有一萬，命令楊正平為新編軍總兵，帶領(lǐng)五百平南軍老兵負(fù)責(zé)對這些降兵進(jìn)行編制訓(xùn)練。等訓(xùn)練數(shù)月改造好后，會對這些降軍重新編制，那時(shí)也是平南軍急劇擴(kuò)張之時(shí)。
楊正平帶著一萬降軍去了淮安，在那里進(jìn)行整訓(xùn)，這些未經(jīng)整編的降軍，陳越不愿也不敢?guī)麄冎苯由蠎?zhàn)場，索性打發(fā)回淮安。崇禎下旨，命令淮安知府徐庸全力配合楊正平，一應(yīng)軍餉糧草暫時(shí)由淮安府撥付。
淮安是重鎮(zhèn)大邑，又是鹽糧集散之地，其富庶不下?lián)P州，養(yǎng)一萬軍隊(duì)?wèi)?yīng)該沒有問題。為了整編的順利進(jìn)行，陳越又私下里交給楊正平二十萬兩銀子，只這些銀子就夠軍隊(duì)半年所用。西山軍歷年的積攢，一路經(jīng)海上陸運(yùn)的辛苦，好不容易帶到南方的五十多萬兩銀子，現(xiàn)在終于派上了用場。
現(xiàn)在，軍中的兵力有兩營步兵三千人，一營騎兵一千二百，金聲桓的團(tuán)練營和呂泰的水營各一千五，再加上由副將王燮帶領(lǐng)的淮揚(yáng)巡撫的標(biāo)營一千五百余人，以及陳平帶領(lǐng)的教導(dǎo)營，總兵力九千多人不到一萬，這就是用來攻打黃得功，奪取南京的全部兵力。
盡管兵力遠(yuǎn)少于敵人，可是一場勝利之后，全軍士氣高漲，根本沒有把前面的敵人放在眼中。
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