受傷的左副帥劉復亨被送到了船上醫治。元軍統帥忻都召集其余將領討論明天的軍事行動。經過一天的戰斗，元軍對日本武士的勇猛戰斗，頗有懼意，而且對一隊隊參戰的武士部隊難以估計其準確數字，以為數倍于元軍。同時元軍雖然占領了灘頭陣地，但死傷不少，兵疲矢盡，并且統帥受傷，這些對久經戰陣的元軍統帥忻都產生了影響，從而不能準確地判斷出戰爭雙方的形勢。高麗軍將領金方慶比較冷靜，他看到當時的戰爭形勢對元軍比較有利，只要堅持苦戰，便能攻克大宰府，保住陣地以待援軍。所以，他建議：“我軍雖少，但已入敵境，人自為戰，即孟明焚舟、淮陰背水計也。”
忻都猶豫不決，由于擔心日軍夜襲，他打算命全軍回到船上，這時精于水戰的部將張禧“見山影浮波，疑暗礁在海口，會青髯見于水上，海水作硫磺氣”，判斷近日可能有暴風雨大室，建議全軍上岸，在岸上扎營避雨，海灣中的戰船則分散駐泊，“各艦相距百步下錨，以免大風至時相互碰撞損壞”，忻都采納了張禧的建議，下令全部陸軍以最快速度登岸，選擇險要可避風雨之地扎營固守，海灣中的戰船較小者駛入河口避風，較大者則各自相距百步下錨，以免碰撞。
午夜時，臺風暴雨果然大至，由于事先做了準備，元軍避免了臺風襲擊時各艦船互相碰撞，所以損失極小，僅有大小戰船二十二艘毀沉，方臺風漸停之時，暴雨又降，海上漆黑一片，落海的兵將無法相救，故而溺死者約一千余人，受傷的左副帥劉復亨也在死難者之列。
臺風暴雨的來襲沒有給元軍造成太大的損失，但卻堅定了忻都和元軍眾將的作戰決心。忻都慶幸自己聽了張禧的建議，沒有上船，因而躲過一劫，他認為這是天意要助他成就征服日本的大功，是以第二天即二十二日一早便率軍出發，前往進攻大宰府水城進攻日軍。
此時日軍已在大宰府水城列陣，由于昨夜暴雨打濕了火藥，元軍火炮暫時不能發射，是以元軍這一次沒有使用火器，而是先以弓弩猛射日軍，然后以騎兵向日軍發動沖擊，步兵跟進，日軍兵少勢弱，根本無法抵擋元軍如同潮水般的進攻，全軍五千余人盡為元軍所屠滅，大宰府水城為元軍攻占。
在進攻大宰府的同時，忻都還派出一只小型艦隊，前往長門海域，以牽制長門的守軍，使其不敢救援大宰府。元軍進攻長門的消息，震驚了鐮倉幕府和京都。民心不穩，輿論驚慌，以致市中無米，民有饑色。謠言一個接著一個地傳來：“元軍占領九州、元軍已從東海、北海入侵等等”。朝廷的公卿大臣尤為恐慌，在朝議中甚至有人主張迅速將朝廷遷往關東，招募武士浪人守衛京都等。后宇多天皇親臨神宮祈禱七晝夜，龜山上皇在清水神社祈禱，又派人去伊勢神宮祝詞：愿以身代國難。各王公大臣紛紛向寺、社獻幣、寫經、誦經。
北九州鎮西守護所得知元軍進攻后，在鎮西奉行少貳藤原經資率領下的守護部隊立即前往救援。日軍總指揮為藤原經資，大友賴泰作副手，在他們領導下，有藤原經資領導的“三前二島”的御家人武士部隊、大友的豐后武士部隊、筑后守護北條宗政、肥后守護安達成宗的、以及島津久經所率領的薩摩、大隅、日向三地的守護武士部隊。參加第一線的戰斗人員大約有四萬余人，連藤原經資的父親、八十四歲的入道覺惠都披甲上陣。此外，四國和中國地方部分御家人和武士，參加了九州的戰爭，宇都宮貞綱率領約六萬中國地方的武士部隊，作為后備軍在必要時將前往筑前支援。
為了挽回軍心士氣，夜幕降臨時，熟習近海作戰的松浦黨御家人草野次郎經永，率少數部下分乘小舟偷襲元軍，縱火焚燒元軍戰船，乘元軍慌亂之際斬首二十一級。這一果敢行動引誘了其他武士效法，偷襲元軍徹夜不斷。元軍為預防偷襲，將大船調于外圍，日軍船小難以正面沖擊。偷襲者至，元軍以火炮強弩猛射，日本武士的小船非碎即穿，損失逐漸增加。日軍統帥藤原經資見狀下令，若無命令不準進行偷襲。
元軍在大宰府經過短暫休整后，繼續發動進攻，由于一連多日皆是晴天，打濕的火藥得以曬干，元軍的火炮又開始發威，每遇日軍前攻，便先以火炮轟擊，再以弓弩齊射，然后騎兵沖陣，日軍根本無法抵擋，不過月余，九州全境便為元軍攻占
九州失陷的消息震驚了日本全國，而忻都也為日軍的強悍震動，在占領九州之后，他沒有馬上進攻四國和中國地方，而是派出了使者前往京都，曉諭日本統治者，要求其投降。但執權北條時宗不由分說，將元使斬首于鐮倉龍口。消息傳來，忻都等人百思不得其解。忻都憤怒之余，也打消了不戰迫降日本的念頭，專心的準備再次發動進攻，一舉滅掉日本。
忻都等人對日本缺乏了解，并不知道，自古以來，決定日本與大陸外交走向的一直是朝權貴族，但是這一次，冒著激發戰爭的危險而堅持強硬政策的卻是鐮倉幕府年輕的執權北條時宗。蒙古國書送達日本的時期，鐮倉幕府憑借承久之亂的勝利掃肅了國內的朝權勢力，然后通過對三浦之亂的鎮壓消滅了幕府內部反對得宗的勢力，建立起了以北條氏為中心的執權政治。北條時宗就任執權的時候，北條氏的專權達到了頂點，年輕的執權自信而專斷，不肯在異國的威脅面前低頭，更何況這種威脅的發端源自于當時日本人眼中的野蠻民族蒙古人那里。
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