地方政務動靜不大，軍務上卻是作了大手筆的調整！
第一件事情，就是全面裁撤衛所官兵，凡是在衛所軍籍者，全部解除軍籍，挑選其中精壯進入各鎮，由朝廷補充軍餉，成為募兵；年老體弱者，賜予田地成為農民，免除五年稅賦；即日起，各省衛所將領分批召回兵部考核，考核合格者，另行委用，分散至各軍鎮之中任職，考核不合格者，免去本兼個職，不得再次錄用，裁汰出局。
各省防務交由指揮使與總兵共同管轄，云、貴、閩、粵、桂、贛各部署一鎮兵力于要沖，寧靖地方；四川、湖廣、浙江、陜西各兩鎮兵力，南直隸兩鎮兵力，應天府四鎮兵力，除開南京三鎮之外，在籌建一鎮，組建京軍，一共二十鎮兵力，二十位總兵官，一鎮兵力省份，都指揮使由總兵兼任；兩鎮兵力以上省份者，設立總督，統領一省軍務，每鎮兵力核定員額一萬八千人，南京四鎮作為京軍，每鎮配置兩千火槍軍，組建火槍步騎營，如果再算上中原的五鎮天威軍，總兵力，也要接近五十萬兵力了，其余的多一個不要！
除了陸地的二十五鎮之外，設立大明皇家海軍福建水師、江浙水師兩鎮水師，福建水師總兵鄭芝龍、江浙水師總兵鄭浩天。徐一帆以兵部左侍郎總督天威軍，負責河南軍務，統籌中原所有戰事，秦牧風任京軍總督，負責江淮軍務；李定國總督陜西軍務，率兵北上，防御山西的清軍南下；黃得功總督湖廣軍務，負責防范四川的張獻忠，以免張獻忠再次殺出四川；
在軍務上，朱杰自然是行家里手，一言而決，即便是孫傳庭都不會過多置喙，孫傳庭甘拜下風，自愧不如的，皇上制定方略，自己照著執行就是，絕對不會出現任何岔子！
部署好軍務，緊接著，朱杰再次擲出了大手筆——成立皇家科學院，負責全國勘探、天文、立法、從事各種器械、軍械的研究事務；宋應星成為科學院第一任院長。
單單是成立皇家科學院，倒是還不至于引起一片嘩然，要命的是，朱杰為皇家科學院送上的大禮——第一件事情就是封宋應星為文運候，自宋應星起，之后每一屆皇家科學院院長全部得文運候侯爵，永不更易；凡是入選皇家科學院的學者，一律賜子爵爵位，有突出貢獻者，甚至可以晉升為男爵、甚至伯爵！
消息一出，整個朝野都沸騰了，就是一些泥瓦匠，木匠，就可以得爵位？擦了，還有沒有天理？還有沒有天理？非但是軍方將領，即便是文臣們也大都不滿，極為不滿，眾多朝臣為國操勞數十年，可都從來沒有得過爵位啊，大明朝向來晉升易，得爵男，有非軍功不得封爵的律例，即便是劉伯溫那么大的功勞，也不過得了一個誠意伯而已，太難了！
但是，朱杰毫不為其所動，一句話，所有皇家科學院的學者，必須授予爵位，當然了，想要進入皇家科學院，那可是有著絕對嚴厲的要求的，必須經過三位皇家科學院的學者聯名舉薦，交由皇家學院審議，考核，方才可以進入，同時還要在科學院中試用一年，考核通過，方才能夠留在皇家科學院，而且，皇家科學院每年只有十個漢人名額，五個番邦名額，這可是真正的殊榮，要知道整個大明朝，即便是尚書，都有十多位呢！
朱杰非但授予這些人爵位，皇家學院設立皇家恪物獎賞規制，第一等賜金牌，賞銀萬兩；第二等賜銀牌，賞銀五千兩；第三等賜銅牌，賞銀三千兩，未來哪一個人能夠研究出足夠的成果，皇家絕不吝惜賞賜，除了這個每年評議的獎賞制度外，還對有所發明創造、研究成果的人進行表彰，只要其成果在皇家科學院通過審核，那就可以領取一定的獎勵，最高者，獎賞高達一千兩紋銀！
剛剛設立了規制，朱杰就將第一等恪物金牌賜給了宋應星，表彰宋應星寫出的《天空開物》這不皇皇巨著，第二等恪物銀牌賜給了茅元儀，表彰茅元儀寫出的《軍備圖說》；第三等恪物銅牌賜給了畢懋康，表彰其研制出了大明第一桿燧發火槍，實打實的賞賜啊，皇上御賜，還有大筆的賞銀，都超過了他們一年，甚至三年的俸祿！
連孫傳庭都有些紅眼睛了，這個皇上要玩哪樣？這大明朝，著作等身的大學者，數不勝數，江南更是人才輩出，但是沒有這些碩學大儒什么事情，獎賞都給了這些研究旁門左道的人！這叫什么事？難道現在孔孟門生不值錢了，孔孟之道什么時候變得這么不值錢了？
“皇上，臣以為此事不妥啊，大大的不妥啊！”
孫傳庭白日在朝堂上，不便于公開駁斥皇上，畢竟是新皇剛剛登基，必須要維護他的權威才行，不得不等到深夜，方才入宮求見，向著朱杰再次提出了反對意見。
“你倒是說說，有什么不妥？”
朱杰笑道。
孫傳庭沉聲道：“皇上，從古至今，孔孟之道就是內圣外王的國家根基，不容動搖，朝堂之上，所有官員幾乎都是圣人門生，如今您將恪物之學捧起老高，卻將儒教貶低的一文不名，勢必會引起朝中官員非議的，官員心中有所不滿，無心政事甚至尸位其上，對于朝政有百害而無一利啊……”
朱杰站起身來，常常的嘆了一口氣，方才答道：“孫大人，您只知其一，不知其二啊，如今這個時代，已經不是遠古先秦或者漢唐的時代了，這個時代，將會是一個巨變的時代，大明的長治久安甚至未來數百年甚至千年國祚不斷，就要全部靠這些人了，儒教可以保證我大明道德昌盛，卻無法保證我泱泱中華兵甲之利，儒教可以保證我大明知書明理，卻無法保證我泱泱中華掌握天地運行之至禮，儒教不可廢，然則，這恪物之學，卻也不能偏廢，知道為什么朕將畢懋康與宋應星超擢進入內閣嗎？因為他們兩個人乃是個中翹楚，爭衡未來的世界，靠的是火槍、火炮，不是這些刀槍劍戟，世道要變了……”
(本章完)
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