黑衣組織的劇情大略介紹：第04卷至第06卷
第04卷：
動(dòng)畫第19集來自黑衣組織的女子大學(xué)教授事件，本書是第04卷第068章開始。
琴酒的話，石峰保全并不全信，而組織做出的事情明顯是針對(duì)美好心情財(cái)團(tuán)。
作為回禮，山崎決定夜探基地，不過那里已經(jīng)人去樓空，而在回來的路上，遇上了一個(gè)小女孩，一個(gè)人走在路上。
那其實(shí)就是雪莉，組織打算把她運(yùn)走，拿她當(dāng)小白鼠，她吃下了apt4869，結(jié)果變小了，逃了出來。
山崎請(qǐng)她上車，她就上了車，然后說是阿笠博士家親戚的孩子，她在調(diào)查工藤新一時(shí)，曾經(jīng)向石峰保全買過阿笠博士的資料，所以在山崎面前說起來，沒有破綻。
山崎視她為逃家的問題兒童，沒有多管就把她送到阿笠博士家。
阿笠博士收養(yǎng)了灰原，她成為帝丹小學(xué)的學(xué)生。
灰原把一個(gè)用于家居清潔的化學(xué)藥劑專利交給阿笠博士授權(quán)給美好心情財(cái)團(tuán)第一實(shí)驗(yàn)室（宮本美子為了保護(hù)阿笠博士，讓他加入的，不過只是掛名），年收入至少過億日元，但仍然不夠用（灰原的奢侈品也花費(fèi)巨大）。
灰原借用對(duì)面淺井家的地下實(shí)驗(yàn)室，幫助淺井香打工做基因克隆方面的實(shí)驗(yàn)（淺井香知道柯南是工藤新一，知道灰原與柯南一樣，但不知道灰原是雪莉。）
柯南與灰原相遇，假的錢事件后，調(diào)查灰原給她姐姐的軟盤，但沒有發(fā)現(xiàn)，因?yàn)槭亲C據(jù)，警方對(duì)軟盤進(jìn)行了檢查，而軟盤里的電腦病毒就此進(jìn)入了警視廳的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)潛伏下來。
灰原也想明白了，原來是她害死了她姐姐，也害了她自己，是她錯(cuò)把裝有數(shù)據(jù)的軟盤交給宮野明美，令組織確認(rèn)雪莉背叛，所以不再憐惜她的才華，對(duì)她和她姐姐痛下殺手。
動(dòng)畫第163-164集月亮、星星與太陽的秘密，本書是第04卷第07章開始。
犯人奧田倫明無罪，因?yàn)樗募馘X已經(jīng)退出流通很久了，他對(duì)米國有仇恨，后來被貝爾摩德利用成為殺人棋子，殺了整隊(duì)的調(diào)查局人員。
第05卷
動(dòng)畫第176-178集與黑衣組織的再會(huì)，本書是第05卷第0751章開始。
皮斯可事件，灰原被抓，喝酒變大后爬上天臺(tái)，琴酒賞了灰原四顆子彈，在四肢的關(guān)節(jié)處，柯南救下灰原，通過竊聽眼鏡聽到琴酒殺死皮斯可，但沒有聽完。
由于貝爾摩德化裝成了皮斯可，所以柯南也不知道誰死了。
皮斯可會(huì)死，一是因?yàn)閸u國經(jīng)濟(jì)巨變，手中產(chǎn)業(yè)虧損，他本人能力不足，但又占著位置不放，二是訓(xùn)練營，也就是沼淵己一郎，正在組織的追殺下，破壞組織地下網(wǎng)絡(luò)，而這樣的人居然是廢物，說明皮斯可連識(shí)人的本事都沒了，手中系統(tǒng)僵化無能，已經(jīng)沒有了價(jià)值，該消失了。
后來，貝爾摩德裝扮的皮斯可，把他的生意轉(zhuǎn)出去，然后全家乘游艇出海去澳洲，在暴風(fēng)雨中遇上海難，全家死光。
皮斯可控制的是汽車租賃業(yè)務(wù)，琴酒的愛車就是通過他的公司進(jìn)行各種年檢保險(xiǎn)等，否則琴酒的車子根本開不上路，一上路就被交通警察盯死了。
而至此，琴酒等人慢慢開始響應(yīng)貝爾摩德的建議，化妝出行，使用普通不顯眼的車子。
動(dòng)畫第188-193集危命的復(fù)活，本書第05卷第0770章開始。
柯南變工藤，山崎幫他善后，為了工藤的安全，本來想把工藤圈禁起來，但他又變小了，也就放棄了。
劇場(chǎng)4瞳孔中的暗殺者，本書是第05卷第0787章開始。
本來只是相對(duì)簡單的事件，貝爾摩德利用賣給犯人風(fēng)戶京介的武器做文章設(shè)了個(gè)大局，牽涉出了海上保安廳丟失武器，利用人事調(diào)動(dòng)下了盤大棋，埋下棋子的同時(shí)，重新建立起了一個(gè)進(jìn)出口的犯罪網(wǎng)絡(luò)。
（這一點(diǎn)是宮本美子和山崎的猜測(cè)，并沒有證實(shí)，因?yàn)闊o法證實(shí)，也不知道是誰，到底有沒有人布局。）
動(dòng)畫第09集龍神山墜崖事件，本書第05卷第083章開始。
由于組織沒了自營碼頭，不能運(yùn)輸臟車，所以把贓車藏在山中，于是有了這個(gè)事件，由于是外圍，所以柯南沒有收獲。
柯南并不知道這與組織有關(guān)，不止是這個(gè)，很多事件都不知道，他的對(duì)手就是他要找的。
第06卷
a動(dòng)畫第19集被召集的名偵探！工藤新一vs怪盜基德，本書第06卷第0847章開始。
傳說中的boss烏丸家事件，雖然經(jīng)作者證實(shí)了，不過本人認(rèn)為橫浜雨中樓事件中的那個(gè)年輕偵探才是。
動(dòng)畫第6-7集格斗游戲的陷阱，本書第06卷第0867章開始。
因?yàn)槊篮眯那樨?cái)團(tuán)壯大，沒有任務(wù)的茱蒂變成帝丹老師，接近山崎和美黛子。
動(dòng)畫第30-31集神秘的乘客，本書第06卷第0871章開始。
貝爾摩德并沒有變成新出明智，也沒有暴露身份，而大明星莎隆和她女兒都在活躍著，跟貝爾摩德有沒有關(guān)系，仍然是一個(gè)迷團(tuán)，從證據(jù)上并沒有關(guān)系。
貝爾摩德在玩，逗調(diào)查局玩，順便布?xì)⒕帧?br />
動(dòng)畫第040-041集新干線護(hù)送事件，本書第06卷第0891章開始。
犯人背后的藥物販子與黑衣組織有關(guān)，利用車輛夾帶違禁藥物。
劇場(chǎng)5通往天國的倒計(jì)時(shí)，本書第06卷第0915章開始，至第0933章。
（本卷開始有游戲，如果給帶來不便，很抱歉，只能說以后盡量湊整章。）
貝爾摩德收了原佳明，而炸毀大廈的目的是掩藏常盤主機(jī)數(shù)據(jù)，他們用來入侵美好心情財(cái)團(tuán)主機(jī)，以及制造繭游戲的辛德拉集團(tuán)主機(jī)。
本書中辛德拉集團(tuán)很強(qiáng)大，它擁有虛擬現(xiàn)實(shí)這種黑科技，可以想象出它是多么重要了。
動(dòng)畫第58-59集來自芝加哥的男子，本書第06卷第0988章開始。
詹姆斯過來了，順便保護(hù)朋友馬戲團(tuán)老板，本書中犯人想殺了詹姆斯裝作送去就醫(yī)，詹姆斯放倒了他們。
就是這些。
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