正當馬場信房被上杉軍討死的那一刻，千曲川南岸戰(zhàn)場局勢的平衡已經(jīng)開始向上杉軍傾斜，武田家中重要的猛將、譜代家老級重臣馬場信房戰(zhàn)死，再加上武田軍猝然受襲，整個戰(zhàn)線一下子便崩潰了。隨著不少有力武將的戰(zhàn)死，武田軍在上杉軍三面猛攻下不斷的后退，就連信濃先方眾中的有力武將相木昌朝、雨宮家次等人也在新發(fā)田重家、穴澤俊光、板屋光胤、多比羅友定等將發(fā)起突擊中先后被上杉軍討死。
尤其是馬場信房的首級被本莊繁長麾下武士高高掛起的一刻，武田軍上上下下，皆是駭然，瞬間失去了戰(zhàn)意。
武田軍敗了！這是千曲川兩岸的上杉軍與武田軍上上下下不約而同所達成的共識。
高坂昌信得知己方軍勢正在不斷敗退后勃然大怒，他親自抄刀上陣指揮作戰(zhàn)以求挽回敗局，但是從海野眾、伊那眾等有力國人眾開始，武田軍崩潰的勢頭已經(jīng)根本無法阻止。眼見戰(zhàn)局根本無法挽回，高坂昌信不得不向率麾下與力眾和甘利昌忠等將擔任殿軍掩護武田敗軍后撤，以圖東山再起。
與此同時，朝定在稍微分析戰(zhàn)況后，覺得繼續(xù)追擊武田敗軍的話很可能會腹背受敵被切斷退路，故而決定放棄對武田敗軍的追擊，立刻將擔任武田軍殿軍的高坂昌信等部殲滅后便前往八幡原與上杉軍的本隊進行合流。
隨后，高坂昌信等人所率的兩千余斷后軍勢便在三萬余上杉軍入潮水般的攻勢下轉瞬之間全滅，高坂昌信、高坂昌澄、小山田虎滿、小畠虎盛、板垣信安、草間綱俊、保科昌俊、甘利昌忠、原與總左衛(wèi)門等人先后死于亂軍之中。武田信玄派往妻女山的這支偏師最終僅有秋山信友、小山田昌辰、小幡昌盛等百余人成功突圍撤入筑摩郡內。
在海野眾的上尾房友（神尾房友）、海野幸光（幸義子，業(yè)吉）、真田綱吉（幸隆兄）、海野幸忠（三河守幸貞子）、海野信盛（平八郎）等人的奮戰(zhàn)下，真田幸隆總算能夠率十余人返回砥石城。但是經(jīng)此一役，海野眾全軍覆沒，上尾房友、海野幸光、真田綱吉、海野幸忠、海野信盛等人為了真田幸隆不被上杉軍討取，主動報出自己的名號后朝著上杉軍發(fā)起了自殺式攻擊。真田幸隆好不容易返回奧信濃后組建的家臣團在此戰(zhàn)中受到了致命打擊，真田信綱、真田昌輝、矢澤賴綱（真田幸隆之弟）、鐮原重澄（鐮原幸重之子）、河原隆正（真田幸隆妹夫）、河原宮內助（河原隆正嫡子）、久屋三河守、久屋左馬允等一門親族、譜代家臣甚至自己的兩個兒子皆殞命千曲川南岸。
真田幸隆看著空蕩蕩的大廣間后只覺得自己胸口一悶，瞬間從口中吐出大量鮮血，同時他的雙眼還在直冒金星，耳朵也在嗡嗡直響。隨即河原綱家（河原隆正三男）、木村土佐守（真田信綱家臣）等人紛紛上前扶住真田幸隆。然而，真田幸隆就算輸光了家底仍然打算在砥石城內負隅頑抗，他已經(jīng)把身家性命都賭在了武田家的身上，如今早就沒有了退路，若是選擇投降上杉家，那么在甲斐的真田信尹等子女將會死于非命，而且他眼下并不甘心就這樣投降。真田幸隆有著一名信州武士的尊嚴和一名智將的榮耀，他就算站著死也不愿茍且偷生，隨后他便激勵城內僅剩的百余人做好籠城死守的準備，決定與砥石城共存亡。
另一方面，由于莊田定賢、長井為實、巖井信能等將因過于深入武田領的腹地，遭到市川等長、彌津信忠（武田信虎女婿，武田信玄義兄弟）等信濃先方眾的反擊而敗走，莊田定賢為掩護長井為實、巖井信能等將后撤而戰(zhàn)死。
內藤昌月、山縣昌滿、望月信賴等將在面對數(shù)倍于己的上杉軍無力突圍，只好抱著敗戰(zhàn)的必死覺悟下，率今福有清、淺利信種、曾根七郎兵衛(wèi)、土屋昌次等將，在上杉軍側翼突襲宇佐美定滿、大熊朝秀、長尾景連、長尾景親等上杉主力部隊。
內藤昌月、山縣昌滿、望月信賴隨后在槍林彈雨之下展開突擊，隨后武田軍竟然一路接連擊潰大熊朝秀、長尾景連、長尾景親等部，在不顧上杉軍猛烈鐵炮、弓矢的集火下長驅直入到上杉軍后備，壓逼謙信本陣與謙信麾下旗本眾展開死斗。望月信賴與回防上杉軍本陣的小島貞興、松本景繁等將展開激戰(zhàn)，混戰(zhàn)之中，望月信賴被小島貞興所討死，武田軍的攻勢隨即受創(chuàng)并且開始混亂，上杉軍趁勢展開反擊。苦戰(zhàn)代價之下，上杉軍先后擊潰了內藤昌月、山縣昌滿、望月信賴等部，在武田軍敗走后，八幡原上堆滿了山縣、內藤、望月等部退敗的武田軍尸體。
同時，上杉軍的山浦國清開始進行擄獲的武田軍旗幟、差物的識別。在鐵炮、弓矢的援護下太田資正部、小山朝幸部、甘糟景持部與一條信龍等部拼命纏斗。
內藤昌月與山縣昌滿二人在得知武田信玄已經(jīng)率本隊部分軍勢安全撤出八幡原后便率二十余名騎馬武士返回戰(zhàn)場突入正在追擊的上杉軍中。內藤昌月用長槍挑落四、五名上杉軍的騎馬武士后，卻被上杉軍的太田資正麾下鐵炮足輕所擊斃。而山縣昌滿則是在突圍無望，部眾傷亡殆盡后于廣瀨渡切腹自盡。
由于得不到足夠增援還在奮戰(zhàn)的武田軍各部最終一敗涂地，而武田信玄在離開八幡原戰(zhàn)場后，為了逃避四處襲擊武田軍的平賀眾等野武士、盜賊，武田信玄不得不拋棄了軍旗、金印等所有貴重物品，這些最后都被山浦國清所擄獲。扣除傷亡、失蹤、逃亡，平安回到甲斐的武田軍僅有五千軍勢。
經(jīng)此一役，武田家在信濃、甲斐兩國的軍事力量被完全摧毀。戰(zhàn)死的家臣中既有武田信繁、武田信廉、武田信友、一條信龍、松尾信是、河洼信實等至親，譜代眾中也有馬場信房、高坂昌信、金丸虎義、三枝虎吉、石原守玄、小山田虎滿、小畠虎盛、原昌胤、內藤昌月、山縣昌滿、淺利信種、今福有清、笠井肥后守等人戰(zhàn)死。一門眾中的望月信賴（武田信繁長子）、諸角虎定、櫻井信忠、巖手信盛、巖手信景、今井信昌等重臣先后被討死。對于武田家來說這是一場不折不扣的全面潰敗，武田家不僅僅是元氣大傷、傷筋動骨，而是武功盡廢再無復起的機會。
武田軍在八幡原戰(zhàn)場上一共被討死一萬人，來不及逃竄被俘虜?shù)倪_到五千人，實際逃出生天的只有武田信玄所率的本隊五千軍勢，如駿河眾的富士信忠、小原鎮(zhèn)實、庵原忠胤、庵原光教、由比忠光、由比正信、西山光英、西山光親、三浦員久、三浦義鏡、孕石元泰、大塚兵右衛(wèi)門等他國眾和穴山信君見戰(zhàn)局不利后早早的腳底抹油脫離了戰(zhàn)場。而在千曲川南岸的戰(zhàn)場上，武田軍被俘兩千余，討死達五千余，僅有小山田信茂等郡內眾見戰(zhàn)局不利后便脫離戰(zhàn)場完好無損的退回甲斐。兩邊的大戰(zhàn)中一共六萬五千武田軍，逃出的包括他國眾、小山田信茂、穴山信君、武田信玄本隊等一共兩萬不到，其他的不是被俘、失蹤就是被討死，經(jīng)過首實檢統(tǒng)計后一共討死一萬五千余武田軍。
然而，此次戰(zhàn)役，上杉軍也不是毫無損失的，和武田軍同樣付出了慘重的代價。前前后后上杉軍共計投入了七萬八千軍勢，其中戰(zhàn)死者達七千余，負傷者上萬。其中，朝定麾下家臣小山朝幸部戰(zhàn)死一千兩百余人，幾乎全滅，位列損失榜第一。另外，堅守千曲川北岸的左右武衛(wèi)軍也戰(zhàn)死兩千余，若不是為了阻擊武田軍偏師不讓其突破千曲川與武田軍本隊合流，也就不會迅速損失才組建不久的左右武衛(wèi)軍中的四分之一。不過，有失必有得。朝定用損失兩千余軍勢的代價，成功換取討死馬場信房、高坂昌信、小山田虎滿、小畠虎盛、板垣信安、保科昌俊、甘利昌忠、真田信綱、真田昌輝、相木昌朝等武田家眾多重臣以及對海野眾、信濃先方眾等進行毀滅打擊的輝煌戰(zhàn)績，總體看來也算得上是利市三倍了。而上杉家也損失了一些家臣：夏戶城城主志馱義時（直江景綱與力）、赤倉城城主大川忠秀（揚北眾）、莊田定賢（御馬廻年寄分之眾、旗本眾）、彌津治部少輔（北信侍）、巖倉寺城城主野呂彌左衛(wèi)門（能登眾）、大倉崎館館主（大倉崎館位于千曲川西岸的斷崖附近）竹內源內（北信侍）、井上肥后守（北信侍，奧信濃井上一族）、尼飾城城主東條信廣（北信侍）、割岳城城主柴津為信（北信侍）、高梨玄俊（高梨政賴四弟，北信侍）、小山高朝（關東小山氏原家督、當主，小山朝幸麾下筆頭家老）、小山秀綱（小山高朝之子，原關東小山氏少主）等。
隨后，朝定與謙信在八幡原上舉行了勝利儀式，慶祝上杉軍將武田家徹底逐出奧信濃。之后，謙信在進入西條城后還給在此戰(zhàn)中表現(xiàn)出色的武將頒發(fā)了極其特殊的“血染感狀”，共有藤原朝定、柿崎景家、色部勝長、宇佐美定滿、齋藤朝信、黑川清實、本田長定（旗本眾）、松本景繁（松本忠繁、旗本眾）、荒川長實（旗本眾）、小島貞興（旗本眾）等十人獲得。其中，這十份感狀中皆有謙信發(fā)自肺腑之言：‘汝的奮戰(zhàn)，政虎一生切不敢忘記’。
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