根據開平城外的祭奠藍玉的鬧劇以及到處傳揚的順口溜，可以看出這次大戰有藍黨余孽的影子。一時間，錦衣衛紛紛出動，繼續捉拿藍黨余孽，集中在兩個方向：一個是上次抓捕中意外死亡而沒有明正典刑的人；一部分是本定為藍黨，因為種種原因而放過的人。一時間，人心惶惶，甚至重傷回京養病的瞿能都受到了詢問，最后在朱允炆的干預下不了了之，大同的陳瑄、大寧的王弼也不例外，不過被燕王、周王給保了下來。
最終錦衣衛將目標鎖定為藍玉府上的教書先生王行，這個王行當時并沒有引起太多的注意，因為藍玉什么都沒有交代，府上其他人也不知道王行在其中所發揮的作用。而在城外王行的老家發現了一具燒焦的尸體，王家人眾口一詞說是王行，錦衣衛信以為真，沒有繼續追查。
但錦衣衛認真起來，效率還是很高的，最后找出了王行的出逃路線，錦衣衛迅速鎖定了西逃路線上當時的關卡守將，最后朱元璋下旨，所有的關卡守將都被斬首，當時寧夏的主將宋晟、何福等人都受到了罰俸處分。
王行的案子以這種方式落下帷幕，朱元璋雖不甘心，但也無可奈何。只是折騰了這么一下之后，朱元璋的身體徹底垮了，大部分時間都在養病，朝政都交給朱允炆處理。
洪武二十九年，十一月初三，朱允炆的長子出世，朱元璋非常高興，賜名朱文奎。在這之后，朱元璋身體好了幾天，可不久就急劇惡化。
自從朱元璋生病以來，朱允炆每天處理完朝政，都會去乾清宮去匯報一遍，晚上就宿在乾清宮，照顧朱元璋的起居，每天都是等朱元璋睡去了，自己才睡。每當看到消瘦蒼老的朱元璋時，朱允炆就非常難受，他覺得是自己害了皇爺爺。本來洪武的最后幾年是非常平靜的，蒙古人根本不敢南下，所以自己才想建設綏遠城，搶一個先手，可是現在綏遠城建成了，徐輝祖也已經奉調回京，由宋晟、平安負責綏遠城的防御。但其代價也是巨大的，十萬大軍在漠北戰敗，七萬余將士埋骨大漠。時至今日，北方的軍隊補充、訓練才剛剛完備，不會再出現上次瓦剌南下，守軍不敢應戰的現象。這一切都是不該發生的事情，卻因為自己發生了。如今皇爺爺病重，不知道什么時候才能好起來。
這天晚上，朱允炆看著熟睡的朱元璋，不由得眼眶含淚，低聲飲泣。過了一會兒，朱元璋醒了過來，看到朱允炆在哭泣，略想了一下就明白了原因，輕輕咳嗽了一聲。
朱允炆被驚醒，連忙上去服侍：“皇爺爺，對不起，允炆把你吵醒了�！�
“沒關系，允炆，你最近也累壞了�！敝煸皬姄沃饋�，朱允炆趕緊墊好枕頭，將朱元璋扶起來靠著，然后低頭不語。
朱元璋看著自己的孫子，笑了笑，道：“允炆，你哭什么��？”
“我，我，”朱允炆覺得有些害羞，過了好一會兒才道：“皇爺爺，允炆對不起你，如果不是允炆要建綏遠城，也不會發生這么多事情，更累的皇爺爺病成這個樣子，允炆真是不孝�！�
朱元璋嘆了口氣，招呼道：“允炆，你過來，爺爺和你說幾句心里話。”
“嗯，”朱允炆把凳子搬的近了一些，身子前傾。
“允炆，爺爺今年六十九歲了，在帝王中算高壽了，再說你奶奶當初說過，天壽有數，這都和你沒關系，你不要想太多�！�
“可是，如果孫兒不修建綏遠城，就不會兵敗漠北，蒙古人也不會那么猖狂，皇爺爺也不會受這么大的打擊，我，，，”朱允炆有些糯糯的道。
“哈哈哈，”朱元璋忽然笑了起來：“允炆，你很孝順，但爺爺一生征戰，雖然這次損失最大，但是相對于大明的基業來說，并不算什么，沒有幾年就會恢復過來。”
“其實，爺爺很高興，這次建綏遠城雖然代價很大，但是卻是值得的。帝王做事首重傳承，如果你沒有建綏遠城的勇氣，那么爺爺也不會做，因為做了，你守不住也是枉然；但是你既然想做，那么爺爺就會幫你，其實這次也不算完全的失敗，只要你能記住此次戰役的教訓，將士的犧牲也算值了，因為爺爺可能幫不了你多久了�！�
“不，爺爺會長命百歲的�！甭牭铰牭街煸昂艿ǖ恼務撋�，朱允炆有些害怕，趕緊插話。
朱元璋卻搖了搖頭，笑道：“允炆，今天正好有時間，爺爺有些事情要和你說一下，你一定要記住�！�
“嗯�！�
“允炆，你施政過于寬厚，這不是好事情。君王寬厚，臣子就會玩忽職守，最終釀成大禍，那時候你不得不處置他，這就會失去寬厚之名，讓其他的臣子有兔死狐悲之慮；如果你不處置他，那么國家就離滅亡不遠了。自古以來，朝代因為嚴苛而亡的很少，大多都是以寬仁而亡，開國之君能把握好寬、嚴的尺度，后世之君往往把握不好這個尺度，一味寬仁，群臣失去敬畏，喪軍失城都沒有懲罰，這樣怎么可能不亡？比如漢末宦官當政，只要賄賂就可以免罪，怎能不亡？所以曹孟德執法嚴苛；金國衛王永濟不處置丟失大同的胡沙虎，最后反而被胡沙虎所弒；元末軍閥亂政，毫無法度可言，爺爺才有崛起的機會，爺爺執法嚴苛，這也是為了去除元末之弊�！�
“常說愛民如子，君父君父，其實君王就和父親一樣，臣民就如同不懂事的孩子，你現在剛有了孩子，還沒有真實的感覺，以后你會明白。你如果對孩子好，他就會忘乎所以，最后你不得不發脾氣，懲罰他，孩子呢，卻覺得很委屈，覺得你喜怒無常，還不如您一開始就告訴孩子這個不能做，那個可以做，如果做錯了會怎樣懲罰他。臣子也是如此，也許你認為臣子都是飽學之士，不會忘乎所以，其實不然，爺爺起兵以來四十多年了，也做了接近三十年的皇帝，大臣都是這樣子的，不論是名儒、大儒，還是目不識丁的武將，都是如此，更不用說那些一輩子在村里種地的農民了。”
“《左傳》中子產論政中說的很精到：‘唯有德者能以寬服民，其次莫如猛。夫火烈，民望而畏之，故鮮死焉。水懦弱，民狎而玩之，則多死焉。故寬難�！羧盏闹T葛亮、曹孟德、周世宗柴榮莫不如是，宋趙光義無能，以寬仁待臣下，國弱地削，最終為元所滅，你一定要仔細揣摩子產對于猛、寬的描述，在實際施政中仔細體會。”
“君王是要讓臣民敬畏的，所以偶爾的喜怒無常是必要的，前朝帝王這種事例很多，你可以自己研讀一下，當然你的那些臣子是不會幫你研究這些的，得靠你自己。”
“嗯，孫兒記住了�！敝煸蕿上肫鹆嗽瓉頃r空中的李景隆，損失百萬大軍，自己也沒有懲罰他，他沒有感恩，反而開了金川門，成了朱棣的臣子，這難道不是寬仁有害的鐵證嗎？
“還有，最近爺爺身體不佳，想了許多事情，燕王不可不慮，爺爺活著，他不敢反；同樣，你只要不出錯、不逼他，他也不敢反。爺爺記得當初問過你的處置，你當時答應的是‘以德懷之，以禮制之。如不可，則削其封地，又不可，則廢置其人，又甚則舉兵伐之。’這很好，你只要有這個耐心，那就沒什么可以憂慮的了�！�
“嗯，孫兒明白。”
朱元璋斟酌了好一會兒，才道：“允炆，今天爺爺就和你把話說透吧，朕本來是打算將馮勝、傅友德、王弼全部處死的，但是時勢所逼，傅友德戰死，也算死得其所，朕也給了他死后哀榮。朕知道傅友德曾經找你照顧他的兒子傅讓，其實他多慮了，朕還是能容得下這個傅讓的。朕曾經想過最完美的結局，那就是傅友德、王弼戰死塞外，但大軍安全歸來，那時候朕會賜死馮勝，一了百了�！�
“可是朕失算了，傅友德戰死，軍心不穩，再加上那個王行編的兒歌，朕不得不考慮對軍心的影響，如今朕的身體恐怕再也好不起來了，只能交給你處理了�！�
“允炆，”朱元璋神色凝重的看著朱允炆道：“你一定要記得，不要賦予馮勝兵權，這個人做事情沒有遠見，喜歡肆意妄為，偏偏善于用兵，朕也是不得已才用他，而且朕也能夠駕馭它。而你則差得遠，如果他有了兵權，搞不好就會蠻干，釀成大禍；待你繼位之后，你派人告訴王弼，只要他表現良好，你會恢復他的世襲爵位，這樣就可以穩住他�！�
“至于郭英、耿炳文是可以信任的，如果有大事，可以任用他們�！�
“至于瞿能、陳瑄、耿璇等人，還不夠老辣，需要磨練。”
“文臣方面，齊泰、黃子澄、方孝孺是可以信任的，他們對你不會有二心，你要重用他們，其他的朝臣能力上還是可以的，這些你都不用擔心�！�
“至于那個河南布政使茹常，你要小心，其實朕本來想殺了他，你堅持留著朕也只好由著你了，平時茹常不敢有什么心思，但是如果有大事，那么就要小心他。”
“嗯，孫兒記住了�！敝煸蕿梢灰挥浽谛睦�，他意識到朱元璋是在交代遺言，心里萬分悲痛，卻不敢表現出來。
那天晚上，朱元璋和朱允炆聊了許多，還包括東北的開發、女真人的招撫，綏遠的防守、屯田、出擊等，以及如何分化對付瓦剌的策略等，一直聊到丑時三刻，朱元璋實在支撐不住了，才昏昏睡去。
次日上午，朱允炆正在接見官員，處理政事，乾清宮卻派人傳旨，令朱允炆、齊泰、黃子澄、方孝孺、徐輝祖、李景隆、常升以及其他六部尚書到乾清宮面圣。
等朱允炆趕到時，朱元璋已經油盡燈枯，指了指眾臣，讓他們向朱允炆行三拜九叩之禮。待眾人參拜之后，令長福宣讀詔書：“朕膺天命三十有一年，憂危積心，日勤不怠，務有益于民。奈起自寒微，無古人之博知，好善惡惡，不及遠矣。今得萬物自然之理，其奚哀念之有。皇太孫允炆仁明孝友，天下歸心，宜登大位。內外文武臣僚同心輔政，以安吾民。喪祭儀物，毋用金玉。孝陵山川因其故，毋改作。天下臣民，哭臨三日，皆釋服，毋妨嫁娶。諸王臨國中，毋至京師。諸不在令中者，推此令從事�！�
在長福宣旨時，一代梟雄朱元璋慢慢的閉上了眼睛，他已經做了所有能做的，剩下的也管不了了......
群臣跪拜之時，卻聽到長福一聲悲戚：“皇上，皇上......”
朱允炆如遭雷擊，撲上去，跪在朱元璋床前，抓著他的手，看著他的臉龐，不由得放聲痛哭......
須臾，京師戒嚴，大街小巷布滿軍士，各個城門嚴格把守。朝廷派出大小信使，通知親王以及州城府縣皇帝駕崩的消息。天下百姓俱著素服，京師官員和命婦到思善門外哭靈，天下官員在居所哭靈三日，并不許喝酒吃肉......
洪武皇帝逝世，天下百姓同悲，官員悲痛之余，卻不由自主的感慨：一個時代過去了。
是啊，一個時代過去了，無論他的敵人還是他的臣子，都必須承認，朱洪武是一個強者，是漢人的英雄，他結束了漢人為四等臣民的時代，恢復了華夏衣冠。數十年間，與民休息，輕徭薄賦，興修水利，大規模移民實邊，緊抓教育，恢復科舉，屢次出征漠北，摧毀了黃金家族，雖然晚年由于一些原因，慘敗于漠北，但無損于其威名。
歷史雖然改變了許多，但是還是沿著其固有的慣性前行......
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