大明使團(tuán)在馬尼拉足足修整了二十天，等到全員身體和精神狀態(tài)基本恢復(fù)后，方以智、鄭芝鳳方才與張文耀等人告別，拔錨起航后向大明返航而去。
崇禎十四年十一月初九日，船隊(duì)在北海艦隊(duì)派出的幾艘戰(zhàn)艦的護(hù)衛(wèi)下抵達(dá)天津衛(wèi)碼頭，在離開大明五年后終于回到了故土。
踏上碼頭的那一刻，自恃心志堅(jiān)定的方以智也不禁雙眼濕潤，而隨后下船的使團(tuán)成員中，有的人則是放聲大哭，但更多人則是歡呼和雀躍著，表達(dá)著對回到故鄉(xiāng)的那種激動(dòng)的心情。
十天之后，回到京師的方以智和鄭芝鳳奉詔入宮覲見，陪同他們一起入宮的還有溫體仁、孫傳庭、陳奇瑜以及禮部尚書鄒維璉、鴻臚寺卿李進(jìn)番等相關(guān)人員。
雖然朱由檢已明令廢除了叩首禮，但首次覲見天顏的方以智和鄭芝鳳，依舊是堅(jiān)持著行了三跪九拜的大禮。
尤其是方以智，以一介白身直接被擢為禮部侍郎銜出使歐洲，這種天大的恩遇可以說是自古罕見，尤其是在他自知名氣并不大的情形下，驟然有此榮耀加身，這種等同于再造的知遇之恩，是他無論如何都會(huì)感激涕零的。
“方卿、鄭卿且起！
卿二人在明知前路吉兇未卜，甚至隨時(shí)極有可能葬身魚腹之危時(shí)，依舊毅然奉命橫跨數(shù)萬里之大洋，率團(tuán)出訪極西之歐洲諸國，其心性之堅(jiān)毅、勇于任事之擔(dān)當(dāng)，用心辦差之能力，實(shí)為天下官員之楷模！
朕對二位卿家于此行之諸多表現(xiàn)極為滿意！
還望二位卿家今后戒驕戒躁，始終保持此優(yōu)良作風(fēng)，將此風(fēng)格貫穿始終，在本職中充分發(fā)揚(yáng)光大，為建設(shè)一個(gè)嶄新之大明做出更多貢獻(xiàn)！
二位卿家對歐洲之行有何看法，現(xiàn)下可以大致講說一番。
方卿，你便代表鄭卿講一講吧！”
朱由檢打量著方以智這位后世傳頌的名人，心里頭不禁暗嘆：“果然是盛名之下無虛士！”
對于此次歐洲之行的所見所聞，方以智都做了詳細(xì)的筆錄，對歐洲各國的風(fēng)土人情及所看到的國情大政都有描述，并在其間添加了自己的思考和評論，可謂是十分用心之至。
這本多達(dá)十幾萬字的游記體的著作，朱由檢已經(jīng)在數(shù)日內(nèi)瀏覽完畢，并且對現(xiàn)在歐洲各國的概況有了一個(gè)大致的了解和認(rèn)識(shí)，這本筆記可以說是相當(dāng)珍貴的資料，對于大明制訂相關(guān)政策有著很好的借鑒作用。
這種極其認(rèn)真敬業(yè)的態(tài)度，也是大明官場所需要的。
“微臣等愧不敢當(dāng)！
若非圣君在位，臣與鄭鳴山此生怕是絕無機(jī)會(huì)能有如此見識(shí)。
臣等只愿此行所獲能有助于我皇明日后之發(fā)展。
他山之石可以攻玉。
此次歐洲之行，臣等認(rèn)識(shí)到天下是如此之大，有諸多國家在某些方面之建設(shè)中，還是有許多值得借鑒的地方。
比如歐洲幾個(gè)強(qiáng)國所建立之大學(xué)，其為人師者所教授之知識(shí)，俱是以日常實(shí)用為主，許多工具若是于我皇明大力推廣，對于我國國力之提升還是有相當(dāng)之裨益。
若非圣上如此開明睿智，臣等也是一直以為，我煌煌大明，乃是全方位領(lǐng)先于天下，并且不管多少年月，也會(huì)始終保持此等優(yōu)勢。
但臣等在游歷諸國之后，心里似有所感，要是照此境況發(fā)展下去，歐洲一些國家，諸如法國、普魯士國等，很可能在不遠(yuǎn)之將來，在國力上超越我國。
臣觀歐洲諸國行事，皆以強(qiáng)者為尊，舉國上下皆以物質(zhì)財(cái)富為尊：無論你是如何獲取財(cái)富，眾人都是只講結(jié)果，不計(jì)較過程。
此等行舉，實(shí)與強(qiáng)盜無異，與我華夏之國千百年來倡導(dǎo)仁義禮智信截然不同！
臣觀此后亦是心生隱憂。
若有朝一日，歐洲些許國家國力強(qiáng)盛，說不得便會(huì)覬覦我國之財(cái)富，若其憑強(qiáng)橫之武力來犯我，最終結(jié)局如何實(shí)是難以預(yù)料！”
感受到朱由檢對自己既欣賞又親切的態(tài)度后，方以智心頭的一絲拘謹(jǐn)與忐忑瞬間消失的無影無蹤，于是他接著朱由檢的話題，洋洋灑灑發(fā)表了長篇大論，昭仁殿中端坐的溫體仁等人有的在凝神靜思，有的則是流露出不以為然的神情。
“大善！”
方以智講完之后，朱由檢不禁拍手贊道。
如果說徐光啟是大明睜眼看世界的第一人，那在這位名臣離世之后，經(jīng)過此次歐洲之行的鍛煉，方以智將會(huì)成為當(dāng)世當(dāng)之無愧的大明對外第一人。
朱由檢獲悉，方以智為了能夠更好地與歐洲各國政要交流和接觸，在這近五年的時(shí)間里，已經(jīng)學(xué)會(huì)了法語與葡萄牙語，在平時(shí)能夠較為熟練地用法語與笛卡爾交流，這種語言上的溝通也促使兩人的關(guān)系得到迅速提升。
工欲善其事必先利其器。
方以智這種態(tài)度值得予以特別的夸贊。
“方卿上述言論甚合朕意！
方卿能于諸多細(xì)節(jié)中察端倪、識(shí)趨勢，如此思想遠(yuǎn)超諸多世人！
卿以為，接下來我大明該采用何種舉措加以應(yīng)對？”
在稍微夸贊幾句后，朱由檢提出了自己的問題。
他現(xiàn)在非常期待方以智提出的解決方案能與自己高度契合，那樣的話，自己的計(jì)劃就會(huì)增添更強(qiáng)的主動(dòng)力。
“啟奏圣上，臣以為，我皇明若想不被趕超，那就當(dāng)學(xué)其重視實(shí)用人才之培養(yǎng)方法。
臣建議設(shè)立專門學(xué)堂直至大學(xué)，從幼童少年中發(fā)掘并培育人才，教授其數(shù)學(xué)等相關(guān)知識(shí)，多多與歐洲相關(guān)方面進(jìn)行合作交流，并將其定為長期之策，不因一時(shí)之成敗而止步不前。
長此以往，我皇明焉有不強(qiáng)之理！”
方以智從容施禮后給出了自己的答案。
“甚好！
卿可愿意擔(dān)此重任？”
方以智的回答讓朱由檢非常滿意，這與他創(chuàng)立皇家理工學(xué)院的思路完全一致。
“若能遂君王之志，臣愿用畢生投入于此！”
方以智躬身慨然道。
“好！
方卿可能不知，朕已創(chuàng)立皇家理工學(xué)院，其目的與卿別無二致！
既是卿愿意為國育才，那學(xué)院祭酒之位便是卿的！”
方以智、鄭芝鳳陛見數(shù)日之后，圣旨發(fā)出。
方以智以禮部尚書銜出任皇家理工學(xué)院祭酒。
鴻臚寺卿李進(jìn)番調(diào)任禮部左侍郎一職，其職位由鄭芝鳳以禮部侍郎銜接任。
與此同時(shí)，鴻臚寺升格為正三品衙門，署衙所需人才以及職官升擢，由吏部及鴻臚寺堂官議定。
出訪歐洲使團(tuán)成員中病歿者入英烈祠祭祀，有親屬者領(lǐng)燒埋銀五百兩；使團(tuán)官吏均升兩級，擔(dān)任使團(tuán)護(hù)衛(wèi)的錦衣校尉同例。
選派留學(xué)的孤兒都進(jìn)入理工學(xué)院繼續(xù)學(xué)習(xí)，照顧他們的護(hù)從全部轉(zhuǎn)為學(xué)院吏員，俸祿照其他衙門人員例發(fā)放。
方以智、鄭芝鳳的正妻均獲五品宜人封贈(zèng)，其余人等每人賞銀一百兩。
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