雖然多了兩天的訓練，不過依舊是趕鴨子上架，都沒有學會走兩步怎么和使徒戰斗？碇真嗣現在四肢冰涼，篩子一樣抖動。
碇真嗣以切身經驗地告訴大家買高科技商品的時候一定要熟讀明書，了解每個按鍵的操作，才能成竹在胸，不然會像少年這樣云里霧里不知所云。
劇烈的心理負擔讓少年變得緊張不已。
而時不待人，使徒也不會墨跡，幾個時恢復了體力，繼續朝市中心移動。這一次是一路暢通，當使徒沿著河道來到了山中腹地，看到那三面環山的大都市的時候，親切地送上了一發爆炸。十字架在第三新東京市上空優雅升起。
已經感覺到了，亞當在地下的樣子。
使徒一根筋地要挖洞，于是更多的爆炸。
一時間城市上空都成為了墓地，到處都豎著火光沖天的十字架。
終于來了，神經元的戰斗要開始了。
“真嗣君，要上了。”美里告知初號機里的少年駕駛員做好準備。
當初號機來到地表的時候，使徒在幾條街對面，兩者相望只是在人群中多看了一眼。于是使徒熱情地送來懷抱，而初號機顯然并不是那么隨便的克隆體。碇真嗣慌張地拉動操縱桿，腦子里想得不是走，而是逃。
神經元的作戰CIC擔心地看著初號機的數據，人類的靈魂和EVA靈魂的同步，以人類靈魂主導讓EVA運動起來，這是一個非常精密的過程。
同步率低了，EVA動不起來；同步率高了，駕駛員很有可能和EVA同化。
目前來除了少年的思想不太穩定之外，所有數據都還行，直到初號機換不擇路絆倒在天橋上，撲街。
訓練和實際操作還是不同的，訓練場沒有這么多雜物。而第三新東京市里面是亂七八糟的障礙物，稍不心會礙手礙腳。
轟！城市都在因為初號機的跌倒而搖晃。
使徒抓住機會已經沖到了初號機的面前，抬手要對初號機進行零距離的蹂躪。
“不要過來！”少年慘叫著，能地抬起手想要擋住敵人。
使徒一把抓住初號機的手，將它給折斷。
碇真嗣似乎不相信此時自己腦子里突如其來的疼痛，所以呆呆地看著自己完好無損的手臂。他似乎在懷疑自己的手臂是好是壞？腦里的痛覺告訴他手是斷了，可是自己的眼睛告訴他手是好的。
這是同步，連初號機的痛覺也能直接傳到駕駛員身上。
“啊啊啊——”終于在短暫的脫線之后，大腦里的疼痛攪拌著痛覺神經讓少年慘叫了起來，LCL液體在少年肺部進進出出，冒出劇烈氣泡，液體好像變成了雪碧。
“斷開痛覺同步。”美里擔心地看著少年：“真嗣君，你沒有受傷，振作起來。”
痛雖然沒有了，可是痛覺的殘留卻如此清晰。碇真嗣真的害怕，他不明白為什么自己非要駕駛EVA，又為什么要和使徒戰斗？這些到底都是為什么？
轟！使徒一手抓住了初號機的腦袋將EVA提起來，然后手肘的打樁機關連通手心，開始對初號機的眼睛進行攻擊。
一次兩次，不疼，可是眼球被重擊的那種感覺如此清晰，少年瞪大眼睛已經完沒有了分寸。這樣的戰斗對他來還是太強人所難了。
眼球被戳破的一瞬間，少年明顯感覺到有異物刺入了他的腦子，一瞬間世界安靜了，他感覺自己已經死了。
初號機超大出血量，鮮血幫周圍的樓房都重新刷漆了一遍。
“駕駛員失去意識了。”CIC們發現屏幕上的腦波活性歸零，明駕駛員暈過去了。
“確保駕駛員的安，準備彈射。”
“沒有反應，初號機完沉默。”指令沒有用了，初號機在拒絕所有的指令。
然而眾人看到的畫面卻是初號機眼睛依舊在發光，“吼——”來自EVA靈魂的怒吼，初號機再一次啟動。
“暴走？！”暴走，是指EVA沒有接受外部指令的情況下自發活動。因為EVA是使徒的克隆，也是生物，雖然不完整但有時候也會有能的活動。比如EVA對駕駛員的選擇上，喜歡朋友，不喜歡成年人。所以EVA的適格者都是十來歲的少男少女。而既然是生物，那么都有點脾氣，EVA鬧別扭是暴走。
轟！
初號機站起來了，初號機暴走了，初號機優勢很大，初號機沖上去了，初號機撲街了。
初號機又一次撲街了，而且是在正常奔跑的時候突然來了一個前撲，巨大沉重的身軀一下子將路面砸斷，水管電路光纖部斷裂，一部分大樓的燈光熄滅。
“發生什么了？”美里以為初號機能反殺的，怎么會再一次倒地？理論上初號機的優勢真的很大。
連碇源渡也一臉懵逼，他知道初號機暴走是因為初號機里的碇唯的靈魂要保護兒子。而碇唯和初號機已經合二為一，理論上碇唯操作初號機絕對不會出現這樣丟臉的情況的。
“是超人。”終于有眼尖的人看到了燈火闌珊處抓住初號機腳踝的不是超人么？
初號機太大了，超人太了，抱住腳踝好像抱火箭一樣。不過超人的力氣還是足夠的一下把初號機給絆倒了：“伽娜塔，開飯了。”
伽娜塔已經迫不及待了，依舊是浮游炮，先要把使徒的肉質打打松：“發射！”
廣域激光的金色光芒乍現，四面八方瞄準使徒打了過去。
AT力場綻放七彩光芒將伽娜塔的光芒給擋住了。
“他們要干什么？”對于和超人一起突然出現的奇裝異服少女，大家都不認識。但她竟然在對使徒發動攻擊，難道她不知道對于使徒物理攻擊沒有用處么？
兩股力量將整座城市送回了白晝，從使徒出現到現在已經過了一天。
將使徒交給伽娜塔，肯特要和暴走的初號機大戰三百回合，用力起飛，初號機被倒吊地飛了起來。
看到初號機如玩具一樣被超人倒吊拉到天空，所有人都沉默了。這可是人類的最終決戰兵器啊，好歹給人類留點面子。
然而超人已經很給面子了，他要給初號機來一個過肩摔，將初號機朝另一邊摔去，成功地激怒了初號機。
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