每個師又下轄兩個旅，以及工兵團、炮兵團等直屬部隊，但不設偵查兵部隊。約一萬三千人編制。
每個旅下轄三個團團的編制實際是原來的營編制及偵查兵中隊，五千人編制。
每個團下轄三個營營的編制實際為原來的標編制，每個營下轄三個連。連及連以下的編制沒有做什么改變。
具體的整編如下：
以原青龍營、厚土營、青木營和隨燕無為出征的部分臺軍為骨干，吸納一部分明軍擴編為大明第一軍，又稱青龍軍，繼承青龍營軍旗，以燕無為為軍長。下轄兩個師分別為第一師和第二師。
以原朱雀營、烈火營為骨干，吸納明軍及廣寧軍、關寧軍士兵擴編為大明第二軍，又稱朱雀軍，繼承朱雀營軍旗，以為柳若非代軍長。下轄兩個師分別為第三師和第四師。
以原白虎營和銳金營為骨干，吸納明軍及廣寧軍、關寧軍士兵擴編為大明第三軍，又稱白虎軍，繼承白虎營軍旗，以吳三桂為軍長。下轄兩個師分別為第五師和第六師。
以原玄武營、寒冰營、騰蛇營為骨干，吸納明軍及廣寧軍、關寧軍士兵，擴編為第四軍，又稱玄武軍，繼承玄武營軍旗，以周通為代軍長。下轄兩個師分別為第七師和第八師。
以黔軍為骨干，吸納明軍及廣寧軍、關寧軍士兵，擴編為第五軍，又稱騰蛇軍，繼承騰蛇營軍旗，以熊兆璉為軍長。下轄兩個師分別為第九師和第十師。
按照規劃，第一軍完成對安南的征伐后，將第一師駐守福建，第二師駐守廣州，軍部設在福建，協同地方部隊主要負責東南沿海諸省及江西等地的安全防務和作戰任務。
第二軍則將駐守西北，協同地方部隊主要負責西北方向的安全防務和作戰任務。
第三軍結束遼東戰事后，將駐守遼東，協同地方部隊主要負責東北方的安全防務和作戰任務。
第四軍第七師駐守京城，第八師駐守淮南，軍部設在北京，協同地方部隊主要負責中原、京師、山東、河北、江南的安全防務和作戰任務。
第五軍在完成對東吁的討伐后，第九師將駐守貴州、第十師將駐守云南，協同地方部隊主要負責西南方向的安全防務和作戰任務。
此外，在京城、貴州、福建設三處新兵訓練基地，以后部隊的兵員將都由這三處新兵訓練基地提供。部隊不得私自招收兵員。
在此基礎上，在北京設立參謀總部，由董宣武負責，負責擬定各種戰略預案。并下設大明高級軍官學院，所有團及團以上軍官必須經過高級軍官學院培訓后才能任職。
大明高級軍官學院名義上的校長是大明皇帝，但具體事務，也是由董宣武負責。
另外，原明軍其他部隊也將以旅為單位，陸續進行整編成乙種地方部隊，徹底取消原有的衛所軍戶制，改為募兵制。不過這方面的改編涉及方方面面，不可能像五行衛那般迅速，估計要延續很長一段時間。
與此同時，董宣武還提出預備役制度。只是這一條遭到了東林黨人的強烈反對而沒有在廷議上通過。東林黨認為此舉純粹是浪費國帑念ng、窮兵黷武。
這五個軍的所需餉銀和開支，將暫時由參謀總部提供絕大部分，兵部象征性地提供少部分銀兩。
值得一提的是，五行衛整編后，五行商會中原五行衛所持有的股分將直接轉到參謀總部名下私人所持股分不變。所以，參謀總部才有支撐這五個軍的財力。
鑒于大明官場目前貪污橫行的情況，董宣武不可能一下子把五行衛所持股分交給朝廷，那樣一來，相信要不了多久，這只會下金蛋的雞就會被人吞得連渣都不剩。沒有五行商會財力上的支持，由五行衛改編來的這五個軍很快就會垮掉。這是董宣武堅決不可容忍的。所以，才會出現由參謀總部接受五行衛財產，負責這五個軍主要餉銀和開支的奇怪事情。
在這個問題上，東林黨、保皇黨大臣自覺理虧，也沒好意思多做糾纏。當然，另外一個原因是，這是董宣武的底線所在，他們不敢在這上面惹毛了董宣武。畢竟，真要惹毛了董宣武，槍桿子又在董宣武手上，董二愣子的名聲也不是吹出來的，他們也不會有好果子吃。
也就是說，五行衛通過整編，名義上國有化了，但實際上，日后在相當長的時間內，董宣武將會通過參謀總部繼續控制改編后的這五個軍。
這并非因為董宣武貪戀權勢，而是實際情況不允許。
董宣武很清楚，他在大明所做的一切其實都是以五行衛存在為基礎的。丟了五行衛，他這些年所做的努力將會化為夢幻泡影，大明也很快會變成以前的大明。
至少在目前階段，必須要有軍隊為他在大明所做的一切護航，震懾住那些反對他改革的勢力。
從長遠來看，當大明建立起合適的制度，厘清吏治，這支隊伍以及財權，遲早都會交給大明的。
除此以外，原大明南洋水師和籌備中的大明北洋水師，也會由總參謀部提供絕大部分的財力支持。其實也是控制在董宣武手中。
而浙江、福建、廣州的水師，五行衛也提供了財力支持，在一定程度上也受董宣武的影響。
也就是說大明幾乎三分二的海軍力量都為董宣武直接或間接控制。
不過這一塊，朝廷其他大臣，還沒有意識海洋的重要性，更不知道海軍的重要性，并未引起重視。
董宣武提請著手整編、擴編五行衛的奏章，很快就得到了朝廷的批準。
在接下來的三個多月的時間內，明軍基本沒有進行大的戰事。無論是駐扎在安南邊境上青龍營，還是殺入到東吁境內黔軍，以及東北的白虎營、銳金營，以及回到京城的其他五行衛部隊，都大力投入軍隊整編中去。
經過這次整編，五行衛有了一個質的飛躍，終于從一個地方武裝，上升到戰略武裝的層面上來。
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