于是明司禮監秉筆太監就讓太監們把歷代先皇、皇后的神位從桃廟和寢殿里拿出來放在享殿里面祭祀，首先由三公既太子太師、太子太傅、太子太保，這三人走在前面隨皇帝陛下一起焚香祭拜，身后的文武百官們也都手持三炷香跪拜，就連皇子與公主們也都前來祭拜。
在由明太常寺祀丞拿起了祭祖祝文念道“孝玄孫嗣皇帝皇帝名：朱由檢敢昭告于列廟皇祖考妣太皇太后節序流邁、時維孟秋、氣序若流、時當孟夏、氣序云邁、時維孟冬、謹以牲醴庶品、用薦時祫之禮，以申追慕之情伏惟尚享。”宣讀完畢時明毅宗就帶頭插香，其余人則按照等級依次走過來插香。
接著就去東配殿祭祀配享宗室的十五親王及六位親王妃，分別有皇伯考明壽春親王：朱五一、皇兄明南昌親王：朱興隆、明盱眙親王：朱興盛、明臨淮親王：朱興祖，皇兄明霍丘親王：朱重一、明下蔡親王：朱重二、明安豐親王：朱重三、明蒙城親王：朱重四、皇侄明寶應親王：朱鐵哥、明六安親王：朱轉兒、明來安親王：朱紀兒、明都梁親王：朱臊兒、明英山親王：朱潤兒、明山陽親王：朱圣保、明昭信親王：朱旺兒，明壽春親王妃：劉氏、明霍丘親王夫人：翟氏、明安豐親王夫人：趙氏、明臨淮親王夫人：劉氏、明蒙城親王妃：田氏、明盱眙親王妃：唐氏，以明皇太子：朱慈烺，為首帶領公主與皇子及公卿貴族去祭拜。
此刻皇帝陛下正在西配殿祭祀配享功臣，分別有明鄖國武閔公：廖永安、明虢國忠烈公：俞通海、明蔡國忠毅公：張德勝、明永義侯：桑世杰、明泗國武壯公：耿再成、明越國武莊公：胡大海、明梁國武桓公：趙德勝、明開平忠武郡王：常遇春、明中山武寧郡王：徐達、明岐陽武靖郡王：李文忠、明寧河武順郡王：鄧愈、明東甌襄武郡王：湯和、明黔寧昭靖郡王：沐英、明河間忠武郡王：張玉、明東平武烈郡王：朱能、明寧國效忠公：王真、明誠意文成伯：劉基、明營國威襄公：郭英。
同樣是插三炷香由明毅宗帶頭祭拜，眾臣們在后面一起跟著扣首以示誠心，就這樣祭祀典禮整整持續了一天，依舊還沒走完程序！酉時忙碌了一整天的明毅宗被宮女們攙扶到了齋宮里面用膳，剩下的事情繼續由明司禮監秉筆太監：王承恩，與明太常寺卿：吳麟征，兩人下去準備明日的祭品。
到了正月初8日辰時移駕帝王廟的明毅宗依舊身著冕服來到此處，隨行的錦衣衛校尉與親軍二十六衛在一旁護駕，進入帝王廟之后只見里面一共有五室，正室祭祀三皇既太昊伏羲氏、炎帝神農氏、黃帝軒轅氏，東一室祭祀五帝既帝少昊金天氏、帝顓頊高陽氏、帝嚳高辛氏、帝堯陶唐氏、帝舜有虞氏，西一室祭祀三王既夏禹王、商湯王、周武王，左一室祭祀帝王既漢太祖高皇帝、漢世祖光武皇帝、唐太宗文皇帝、宋太祖德皇帝，右一室祭祀歷代名臣既風后、皋陶、應龍、伯益、重黎、召公奭、召穆公虎、張良、曹參、周勃、馮異、房玄齡、李靖、李晟、潘騫、岳飛、力牧、夔摯、伯夷、伊尹、周公旦、太公望、方叔、蕭何、陳平、鄧禹、諸葛亮、杜如晦、郭子儀、曹彬、韓世忠、張浚、赤老溫。
這次還是由明太常寺奉祀拿著祝文念道“仰惟諸帝，昔皆奉天撫世，創治安民，皇祖景慕不忘，春秋致祭，著在令甲，茲朕特建殿宇，恭修恒祀，時維仲春、秋謹遣輔臣以牲帛庶品，用享列圣予惟沖昧，敬體皇祖追報之虔，惟諸帝鑒臨，來格于斯，庶副予誠之至，尚享！”祝文宣讀完畢之后交由明毅宗拿去大鼎內焚燒。
隨后開始移駕去太師廟祭祀先師圣人孔子的牌位以及從祀，分別有四配既復圣顏子、宗圣魯子、述圣思子、亞圣孟子，十哲既先賢閔子名損、先賢冉子名雍、先賢端木子名賜、先賢仲子名由、先賢卜子名商、先賢冉子名耕、先賢宰子名予、先賢冉子名求、先賢言子名偃、先賢顓孫子名師之牌位子。
同時還有東廡和西廡的從祀牌位，分別為東廡先賢澹臺滅明、先賢原憲、先賢南宮適、先賢商瞿、先賢漆雕開、先賢司馬耕、先賢有若、先賢巫馬施、先賢顏辛、先賢曹恤、先賢公孫龍、先賢秦商、先賢顏高、先賢壤駟赤、先賢石作蜀、先賢公夏首、先賢后處、先賢奚容蒧、先賢顏祖、先賢句井強、先賢秦祖、先賢縣成、先賢公祖句茲、先賢燕伋、先賢樂欬、先賢狄黑、先賢孔忠、先賢公西蒧、先賢顏之仆、先賢施之常、先賢秦非、先賢申棖、先賢顏澮、先儒谷梁赤、先儒高堂生、先儒毛萇、先儒后芬、先儒杜子春、先儒韓愈、先儒程顥、先儒邵雍、先儒司馬光、先儒胡安國、先儒楊時、先儒張栻、先儒陸九淵、先儒許衡。
而西廡先賢宓不齊、先賢公冶長、先賢公晰哀、先賢高柴、先賢樊須、先賢公西赤、先賢梁鳣、先賢冉孺、先賢伯虔、先賢冉季、先賢漆雕徒父、先賢漆雕哆、先賢上甫下皿澤、先賢任不齊、先賢公良孺、先賢公肩定、先賢鄡單、先賢罕父黑、先賢榮旗、先賢左人郢、先賢鄭國、先賢原亢、先賢廉潔、先賢叔仲會、先賢公西輿如、先賢邽巽、先賢陳亢、先賢琴張、先賢步叔乘、先儒左丘明、先儒公羊高、先儒伏勝、先儒孔安國、先儒董仲舒、先儒王通、先儒周敦頤、先儒歐陽修、先儒張載、先儒程頤、先儒胡瑗、先儒朱熹、先儒呂祖謙、先儒蔡沈、先儒真德秀、先儒薛瑄、先儒王守仁、先儒陳獻章、先儒胡居仁。
依舊是由皇帝陛下帶頭先上三炷香而文武百官們則相繼插香行跪拜禮，明太常寺奉祀繼續站出來宣讀祝文道“惟公誕生至圣，為萬世王者之師，功德顯著，茲因仲春。秋，特用遣祭，以先賢顏氏、曾氏、孔氏、孟孫氏配，尚享！”
之后就去山川壇祭祀先農了，明毅宗穿著冕服很瀟灑地走在前面，兩旁的南北鎮撫司錦衣衛校尉們持手跟隨，之后才是跟著的一班文武大臣們，此祭是大禮由明戶部尚書：侯恂，在案幾前拿起一把小麥走到三個扛著金水盆的太監面前，沾了一點水在小麥上，意預五谷豐登風調雨順的意思。
由于外城距離附近居住的百姓房屋較近，所以引來許多百姓們的圍觀，只見明太常寺奉祀緩慢走上前打開手中的祝文念道“維神肇興農事，始種嘉谷，立斯民命，萬世攸賴，茲當東作之期，躬耕耤田，惟賴神慈，默施化理，俾年谷豐茂，率土皆同，以牲帛醴齊之儀，用申祭告之誠，尚享！”宣讀完畢之后皇帝陛下很有誠意的拜了三下插上香，正當臺下眾人們還在排隊插香時，明毅宗就讓太監們幫他把平天冠摘下來，在卷起袖子親自下到田地里耕種以示親民。
此舉讓百姓們看到了大明天子為國為民真乃一介好皇帝，雖然農祭是大禮但并不是每位皇帝都肯親自下田耕種的，所以明毅宗還是贏得了許多民心。
同時身受皇帝陛下囑托的明周皇后則移鳳駕帶領皇子、公主，以及后宮嬪妃們來到了北郊準備舉行祭祀先農典禮，明戶部左侍郎：黨崇雅，就帶頭捧著六條蠶絲布衣走上來遞給明周皇后并說道“皇后娘娘，接過此布條那可就是要在宮中織布一個月的，當然您也可以派人代織！”
但明周皇后非常耿直的說“不必了！本宮可以親自動手，開始念祝文吧！”站在一旁穿著青衣祭服的明太常寺太祝：司馬瑭，就揮手讓下人把祝文拿過來打開念道“維神肇興蠶織，衣我烝民，萬世永賴、時維季春，躬行采桑禮，仰冀默垂庇佑，相茲蠶事，率土大同惟神之休，敬以牲帛醴齊之儀，用申祭告，尚享！”禮畢過后明周皇后就率領身后眾人們下跪，雙手放在前面行三拜大禮。
很快到了未時初回到文華殿內的明毅宗，即刻下令明司禮監秉筆太監傳旨讓太醫院、禮部各派一位官員去祭祀先醫與四皇既勾芒、祝融、風后、力牧，太醫院就派出明太醫院御醫：張炳良、禮部則派出明禮部祠祭清吏司主事：李安實，兩人一起前往景惠殿內，進殿后就見到案幾上面擺放著的貢品分別有羊頭一只、豕頭一只、铏二個、簠簋各二個、籩豆各八筐、帛一塊，被祭祀的醫師牌位分東廡和西廡兩處安置。
由明禮部祠祭清吏司主事設三壇先請東廡醫師十四位，既僦貸季、天師岐伯、伯高、鬼臾區、俞跗、少俞、少師、桐君、太乙雷公、馬師皇、伊尹、神應王扁鵲、倉公淳于意、張機。
接著又請西廡醫師十四位，既華陀、王叔和、皇甫謐、抱樸子葛洪、巢元方、真人孫思邈、藥王韋慈藏、啟玄子王冰、錢乙、朱肱、李杲、劉完素、張元素、朱彥修，這二十八個醫師神位請齊之后，明太常寺祀丞就走上臺宣讀祝文念道“仰惟圣神，繼天立極，開物成務，壽世福民，尤重于醫，所以贊帝生德，立法配品，惠我天民，功其博矣，時惟仲春、冬，特修常祀，尚冀默施冥化，大著神功，深資妙劑，保和朕躬，期與一世之生民，咸蠲疾疚，躋于仁壽之域，以永上帝之恩，不亦丕顯矣哉，以勾芒氏之神、祝融氏之神、風后力牧氏之神配，尚享！”就這樣完成了祭祀醫師大典。
直到正月初9日才進行到了最后一步祭祀五神大典既司戶之神、司灶之神、中溜之神、司門之神、司井之神，此刻整個紫禁城外城、內城、皇城，三處都分別響起了鞭炮聲齊射炸上天去，坐鎮在皇極殿內再次穿著冕服的明毅宗派明戶部員外郎：陶文佩，前去祭祀司戶之神在宮門外道左設香案朝南。
同時在派明光祿寺寺丞：嚴華魏，前去祭祀司灶之神于內府大庖廚前中道設香案朝南、還派明司禮監隨堂太監：沈韓馬，去祭祀中溜之神于文樓閣前設香案朝西、并派明金吾衛指揮使：呂施，去祭祀司門之神于午門前西角樓設香案朝東、明太常寺贊禮郎：魯友系，于內府大庖廚井前祭祀司井之神設香案朝南。
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