趙曙即位之初，由于生病便由曹太后來(lái)垂簾聽(tīng)政。一些宦官不斷向曹太后說(shuō)趙曙的壞話(huà)，致使兩宮嫌隙萌生，關(guān)系頗為緊張。
為了調(diào)解兩宮矛盾，韓琦和歐陽(yáng)修先對(duì)曹太后說(shuō)：“您侍候先帝仁宗這么多年，天下誰(shuí)不知道您是一個(gè)又賢德、又寬厚、又仁慈、又通達(dá)的人，為什么現(xiàn)在會(huì)和兒子過(guò)不去呢？他是個(gè)病人，您不至于和他一般見(jiàn)識(shí)吧。難道您希望別人象議論天下其他繼母那樣去議論您嗎？”他們又對(duì)趙曙說(shuō)：“自古以來(lái)，天下賢明的君主不計(jì)其數(shù)，人們?yōu)槭裁次í?dú)稱(chēng)頌舜為大孝子？難道其他人都不孝順？當(dāng)然不是。父母慈愛(ài)而子女孝順是很平常的事情。如果父母作的不好而子女依然孝敬有加，那才值得稱(chēng)道啊。過(guò)去太后是個(gè)什么樣的人難道您還不清楚？您只管盡您作人子的孝心，相信太后一定不會(huì)虧待了您。”在大家的勸解下，兩宮之間的矛盾得以逐步緩和。
公元1064年五月，趙曙病體恢復(fù)，曹太后撤簾還政。趙曙親政僅半個(gè)月，宰相韓琦等人就向他提議請(qǐng)求有關(guān)部門(mén)討論趙曙生父的名分問(wèn)題。當(dāng)時(shí)仁宗逝世已有14個(gè)月，趙曙批示，等過(guò)了仁宗大祥（中國(guó)古代漢族喪禮儀式之一，父、母喪后兩周年（即第二十五個(gè)月）舉行的祭禮）再議。
治平元年（1064年），京畿、宋、亳、陳、許、汝、蔡、唐、潁、曹、濮、濟(jì)、單、濠、泗、廬、壽、楚、杭、宣、洪、鄂、施、渝等州，光化軍、高郵軍發(fā)生大水災(zāi)，趙曙派遣使臣巡視，疏治河道，賑濟(jì)撫恤災(zāi)民，免除災(zāi)民賦稅。
同年，西蕃瞎氈的兒子瞎欺米征歸附宋朝。
治平二年（1065年）農(nóng)歷四月初九，韓琦等再次提出趙曙生父的名分問(wèn)題，于是，趙曙出詔將議案送至太常禮院，交兩制以上官員討論。由此引發(fā)了一場(chǎng)持續(xù)18個(gè)月的論戰(zhàn)，這就是北宋史上的“濮議”事件。
公元1066年，中書(shū)大臣共同議事于垂拱殿，當(dāng)時(shí)韓琦正在家中祭祀，趙曙特意將其召來(lái)商議，當(dāng)時(shí)即議定（趙曙生父）濮王稱(chēng)皇考，由歐陽(yáng)修親筆寫(xiě)了兩份詔書(shū)，交給了趙曙一份。到中午時(shí)分，太后派了一名宦官，將一份封好的文書(shū)送至中書(shū)省，韓琦、歐陽(yáng)修等人打開(kāi)文書(shū)，相視而笑。這份文書(shū)正是歐陽(yáng)修起草的詔書(shū)，多了太后的簽押。趙曙便立刻下詔停止討論。同時(shí)又將宰相與執(zhí)政們召來(lái)，商量如何平息百官的情緒，以穩(wěn)定時(shí)局。趙曙最后同意了歐陽(yáng)修等人的意見(jiàn)，將呂誨等三名御史貶出京師。
公元1066年十一月初八，趙曙再次生病，同年十二月在宰相韓琦的建議下，立長(zhǎng)子趙頊為太子。
有一天，趙曙對(duì)趙頊說(shuō)：“按照國(guó)家的舊制度，士大夫的兒子有娶皇帝女兒的，公主們都因身價(jià)高升而避開(kāi)公婆的尊長(zhǎng)地位，這于情于理都說(shuō)不過(guò)去。我總是在想這件事，醒時(shí)睡時(shí)都為此感到不安，怎么能因?yàn)楦毁F的緣故，而違背一般的人倫長(zhǎng)幼之序呢？可以下詔有關(guān)部門(mén)改掉這個(gè)規(guī)矩。”遇上患病，趙曙沒(méi)有實(shí)現(xiàn)這一愿望。
公1067年一月二十五日，趙曙因病駕崩于福寧殿，享年36歲，殯于殿西階，廟號(hào)英宗，群臣上謚憲文肅武宣孝皇帝。八月二十七日，葬趙曙于永厚陵（今河南鞏義孝義堡)。
在政治上，趙曙繼續(xù)任用仁宗時(shí)的改革派重臣韓琦、歐陽(yáng)修、富弼等人。鑒于仁宗以來(lái)的弊政，趙曙向執(zhí)政宰輔們提出了裁救積弊的問(wèn)題，征求大臣們的意見(jiàn)；還下詔將各品級(jí)官員的轉(zhuǎn)遷年限加以延長(zhǎng)，在一定程度上緩解了“冗官”現(xiàn)象給朝廷財(cái)政造成的壓力。為廣納人才、為國(guó)選賢，趙曙命宰執(zhí)大臣推薦才行之士以充館職。
在經(jīng)濟(jì)上，趙曙執(zhí)政時(shí)，封樁庫(kù)、左藏庫(kù)等國(guó)庫(kù)空虛。以公元1065年為例，這一年宋朝歲入雖達(dá)一億一千六百一十三萬(wàn)銀兩，官費(fèi)、軍費(fèi)等支出卻達(dá)一億二千零三十四萬(wàn)銀兩，入不敷出。
在文化上，趙曙還非常重視讀書(shū)和書(shū)籍的編寫(xiě)整理。公元1064年，司馬光寫(xiě)成了一部《歷年圖》進(jìn)呈給趙曙，趙曙對(duì)此大加贊賞。
公元1066年，趙曙命司馬光設(shè)局專(zhuān)修《資治通鑒》。趙曙同意司馬光選聘助手成立書(shū)局編寫(xiě)歷代君臣事跡的請(qǐng)求，批示將書(shū)局設(shè)在崇文院內(nèi)，特允許其借調(diào)龍圖閣、天章閣、昭文館、史館、集賢院、秘閣的書(shū)籍。不僅如此，趙曙還批準(zhǔn)提供皇帝專(zhuān)用的筆墨、繒帛，劃撥專(zhuān)款，供給書(shū)局人員水果、糕點(diǎn)，并調(diào)宦官進(jìn)行服務(wù)。趙曙的批示，極大地改善了司馬光編修史書(shū)的條件，使編寫(xiě)《資治通鑒》的宏偉事業(yè)自一開(kāi)始就有了堅(jiān)實(shí)的后盾。司馬光為了報(bào)答趙曙的知遇之恩，在此后漫長(zhǎng)的19年里，將全部精力都耗在《資治通鑒》這部巨著的編纂上。
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