小智他們繼續(xù)朝著圓朱市為目標，來到了一處巖石遍布的峽谷，峽谷的盡頭有一座建筑物，這里正是阿露夫遺跡
“那是什么骨頭啊？”，走進了阿露夫遺跡后，小霞指著巖壁上的一處問道
“看上去有點像化石翼龍啊”，小智看了看后說
“你這么一說，還真是呢”，小霞和小剛仔細看了一下后又說
“說起來，不知道我的化石翼龍過的怎么樣，還有其他一些沒呆在身上的寶可夢過的怎么樣呢”，小智想起了自己的化石翼龍碎碎念道
“你的化石翼龍過的很不錯呢，最近好像又實力增進了不少”，，這個時候，小智背后傳來了聲音
“大木博士?”，小智他們轉(zhuǎn)過頭，才發(fā)現(xiàn)原來是老熟人大木博士
“哦，好久不見了”，大木博士打了招呼
“好久不見，對了，博士，你到這里有什么事情嗎？”，小霞突然問
“是我的學(xué)生邀請我來，說是有很大的發(fā)現(xiàn)，你們和我一起去看一下吧”，大木博士說完后還邀請了小智他們一起去，小智剛好也有興趣而且想要知道自己其他寶可夢的近況
在一起去的路上，小智得知了大家都在用自己適合的方法進行著特訓(xùn)，而妙蛙草在小智旅行的時候，解決了研究所中的水系神奇寶貝與草系神奇寶貝的紛爭問題，所以現(xiàn)在相當于管理者，而卡咪龜則是協(xié)助妙蛙種子平等地位的協(xié)力者，相當于兩位大王吧。比雕也經(jīng)常會去操練一下真新鎮(zhèn)外面森林里的比比鳥和波波們之后，來回飛行，增強他們的執(zhí)行力之類，現(xiàn)在都已經(jīng)可以有些不錯的配合了，而快龍則在陪著其他寶可夢一起玩或者特訓(xùn)之類的
“啊，大家都很努力呢”，小智走在路上感嘆道
“大木博士，太好了，你終于來了”，此時已經(jīng)走到了峽谷盡頭的屋子中，然后看著一位刺猬頭叔叔高興的迎接著大木博士
“好久不見了啊，佐竹同學(xué)，給你們介紹一下，這是在彩虹大學(xué)選修我課程的佐竹同學(xué)”，大木博士回應(yīng)了之后又對小智他們介紹自己學(xué)生的名字
“博士，他們是？”，佐竹看著小智他們問
“他們分別是我們真新鎮(zhèn)出發(fā)的小智以及他的同伴小霞和小剛，你說有大發(fā)現(xiàn)，我就把他們都帶來了”，大木博士解說道
“大木博士，過來一下”，而佐竹則是把大木博士拉到一旁，偷偷說，看來是想要盡量保密這個大發(fā)現(xiàn)啊，“這件事如果發(fā)表出去的話，會引起顛覆學(xué)術(shù)界的大風(fēng)暴，所以我才找博士秘密商量的”
“沒事的，讓他們拓展見聞也是成為寶可夢大師重要的一步啊，而且小智曾經(jīng)也為我們這些研究者提供了一些材料啊，比如說鳳王的照片，本已滅絕的化石寶可夢化石翼龍，稀少種的龍系神奇寶貝迷你龍&哈克龍，閃光神奇寶貝的貓頭夜鷹，還有特殊的耿鬼”
“什么？化石寶可夢！好吧，這次就破例吧”，聽到了其中的化石寶可夢后，佐竹又讓小智他們參與了進來
“那是在干什么？”，小剛發(fā)現(xiàn)一位工作人員拿著一個噴水裝置沖洗骨頭
“他正在用水沖洗化石上的泥土和不純物質(zhì)，那些用刷子是刷不掉的”，佐竹解釋道，“哎，最近水源一直不穩(wěn)”，突然發(fā)現(xiàn)一起拿有一會不出水，佐竹抱怨道
“水源是哪里？”，大木博士問
“是在后面森林深處，那里有豐富的地下水”
“佐竹研究的是神奇寶貝古代史”，大家一邊參觀這個研究所，大木博士同時還擔(dān)任解說
“是的，怎么樣，這里有很多古代寶可夢的化石，我想見過古代寶可夢的你們應(yīng)該能理解吧”，佐竹在展示著這里的化石
“是的，大家都認為生命是從兩百萬年前產(chǎn)生的，根據(jù)是發(fā)現(xiàn)鐮刀盔的那個地層，不過我則是認為應(yīng)該是更早的”，佐竹此時帶著大家來到了一處鐮刀盔化石所在地
“我記得你畢業(yè)論文就是這方面的”，大木博士也說
“時的，我一直認為的海洋寶可夢起源學(xué)說一直沒變”，佐竹也說道
“海洋寶可夢起源！”，小霞聽到后激動了起來，“我最喜歡水系的神秘感了，原來所有的寶可夢都是從海洋起源的，這么說寶可夢們都和水系神奇寶貝有關(guān)了”，小霞繼續(xù)說道，不過這回因為太過激動，被小剛逆襲揪走了
“接下來，帶大家來到兩百萬年前的世界”，隨后佐竹帶著大家來到了某處房間里，就看到一處小小的棲息地，還看到一只化石翼龍正在飛著，“這里是依照古代寶可夢的只是，采用先進的電子技術(shù)紡織的兩百萬年前的世界，那只化石翼龍也是這樣制作的，我們把這里做成古代寶可夢公園，重建古代寶可夢生活的環(huán)境，因為還要調(diào)整，所以還沒有對外開放”
“那個石頭在發(fā)光”，繼續(xù)前進的途中，大家來到了水邊，小霞看著發(fā)光的石頭吃驚的說
“那個是發(fā)光青苔，太古時代的海邊也有很多這種東西，這是根據(jù)化石分析了解的”，佐竹解釋著
“啊，這是菊石獸和多刺菊石獸，不過這就是大發(fā)現(xiàn)嗎”，小霞看著出現(xiàn)的兩只菊石獸和一只多刺菊石獸說
“你們居然認識這他們！”，看到小智他們認出來之后，佐竹非常不可思議
“好像小智曾經(jīng)收服化石翼龍的時候見到過這兩只進化前的姿態(tài)，后來又一定了解也不是沒可能；他們還在橘子群島旅行過，據(jù)說橘子群島有一座完全由化石盔組成的島嶼，也許他們有所了解吧”，大木博士猜測到
“但是沒想到在這里也會有絕種的化石寶可夢啊”，大木博士蹲下去和菊石獸他們握著手打招呼
“大木博士，如果曾經(jīng)有這么多的化石神奇寶貝被發(fā)現(xiàn)，現(xiàn)在應(yīng)該早就被報道出來了才對啊”，佐竹急切的問
“關(guān)東地方的大傻谷，不過后來我發(fā)現(xiàn)如果發(fā)表出去會給那里的化是神奇寶貝們帶來困擾，所以我便開始一個人默默研究著化石翼龍”，大木博士解釋道
“原來世界上會有這么多地方有著化石寶可夢啊，雖說大家都發(fā)現(xiàn)了地點，但是得知了會引起轟動，讓化石寶可夢們感到困擾，所以才選擇沉默不語，希望它們能夠一直平安生活下去啊”，佐竹終于知道了
隨后交談完畢了之后，大家都來到監(jiān)控室那里看著菊石獸他們的一舉一動，不過，一段時間過后，他們發(fā)現(xiàn)了不對勁
“佐竹主任，不好了，設(shè)施內(nèi)所有的供水都中斷了”，就在這時一名研究人員進來對佐竹說
“去水源看一看吧，拜托你們了，陽陽瑪和貓頭夜鷹幫我查探一下”，隨后五人往水源處趕去，小智也放出了陽陽瑪出去尋找，隨后不久陽陽瑪他們回來了，然后帶著小智他們趕了過去
“火箭隊！”，來到水源處，看到兩人一貓，小霞立刻喊
“你們到底是什么人？”，佐竹下車后問
“……（火箭對臺詞），這里的水我們要拿出去賣掉當我們的資金，還有這里的菊石獸、多刺菊石獸可是多的捉不完，我是不會給你們的”，武藏說完后還做了個鬼臉
“貓頭夜鷹，催眠術(shù)，陽陽瑪，音爆、皮卡丘十萬伏特”
貓頭夜鷹的催眠術(shù)隱蔽了陽陽瑪和皮卡丘的攻擊，所以兩招打中，還沒反應(yīng)過來的火箭隊直接飛了，念出慣例臺詞
趕走了火箭隊之后，佐竹也打算不報道這里菊石獸的事情了，認為他們就這樣平平穩(wěn)穩(wěn)才是最好的選擇，而小智他們也離開了這里，繼續(xù)朝著圓朱市前進
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