在NERV僅剩的最后一塊完好無損的停機(jī)坪上空，一架黑色的軍用直升機(jī)正在緩緩降落，巨大的螺旋槳在地面上卷起一陣陣強(qiáng)有力的氣流，李曉站在停機(jī)坪的邊緣，被氣流吹的有些睜不開雙眼。
從李曉往左看去，依次站著明日香、真嗣、美里和碇司令，今天他們來到這里主要是為了接一個(gè)人。
直升機(jī)安穩(wěn)的落在停機(jī)坪上，艙門打開，一個(gè)留著辮子、一臉輕浮笑容的男人從其中走了下來，看見這個(gè)人，美里和明日香的臉上忍不住露出笑容，這個(gè)人正是許久不見的加持良治。
李曉一行人立刻迎了上去，碇司令一馬當(dāng)先的來到加持面前，他的臉上帶著微微意外的神色，對(duì)加持:“沒想到你竟然還活著。”
加持還是老樣子，笑了笑，視線看向站在后面的李曉:“多虧了吉人相助啊。”
碇司令疑惑的微微一皺眉，他轉(zhuǎn)過頭，順著加持的視線看過去，視線也落在了李曉身上，驚愕的表情在他臉上一閃而過，心:又是李曉！
李曉走上前，抬手打了個(gè)招呼:“加持先生，與政府那邊聯(lián)系上了嗎？”
“多虧了當(dāng)初在內(nèi)務(wù)府工作時(shí)建立的一點(diǎn)關(guān)系，總算是順利搭上這條線了。不過，之后的工作就得看碇司令的了。”加持扭頭看向碇司令，語氣輕松的道。“如果司令斡旋失敗，恐怕我的腦袋也保不住了吧，這還真是一份費(fèi)力不討好的工作啊。”
碇司令：“這里不是話的地方，跟我來吧。”
然后，碇司令和美里帶著加持和另一位內(nèi)務(wù)府特工離開了，李曉、明日香和真嗣沒有跟過去，李曉來就是過來看看加持先生的，談判的事情李曉沒興趣參與。
碇司令與加持談了整整一天的時(shí)間，具體談了什么李曉不得而知，也沒興趣知道，他只知道談判結(jié)束后，碇司令決定和加持一起去第二新東京市，當(dāng)面向政府澄清NERV的清白，并且揭露SEELE的陰謀。
三天后，碇司令、冬月副司令和加持開始動(dòng)身，臨行前，NERV的一干人等來到停機(jī)坪送別。
上飛機(jī)前，碇司令對(duì)美里：“接下來NERV就交給你了，如果我和冬月無法回來的話，你就是NERV的下一任司令。”
美里挺直腰桿，面色沉重的向碇司令敬了個(gè)軍禮，鏗鏘的回答道：“明白！”
李曉和真嗣站在美里身后，真嗣看著自己的父親，臉上帶著擔(dān)憂的神色，幾次張開嘴但卻欲言又止。盡管真嗣與碇源堂的父子關(guān)系不太好，但畢竟血濃于水，這種時(shí)候真嗣還是非常擔(dān)心自己父親的。
李曉見狀無奈的嘆了一聲，在后面悄悄地推了真嗣一把。真嗣被推著向前邁了兩步，來到了碇司令身前。
碇司令看向真嗣，感受到父親嚴(yán)厲的目光，真嗣立馬害怕的低下頭。可是這一次，碇司令卻主動(dòng)開口了。他對(duì)真嗣：“真嗣，我不在的日子里，你要保護(hù)好大家。”
聽到父親的話，真嗣驚訝的猛地抬起頭，他從沒想到父親會(huì)對(duì)他出這樣的話，人生中第一次，真嗣感覺自己終于得到了父親的認(rèn)同。他的心中立刻燃起勇氣，用力的一點(diǎn)頭：“恩，我會(huì)的。還有……父親，你一路保重，我等你回來。”
碇司令最后深深地看了真嗣一眼：“再見。”
然后，碇司令與冬月副司令登上直升機(jī)，直升機(jī)在螺旋槳的帶動(dòng)下緩緩升起，向著遠(yuǎn)方迅速飛去，漸漸消失在遠(yuǎn)處的天際線上。
回去的路上，真嗣的臉上一直帶著難以掩飾的喜悅笑容，他忍不住對(duì)李曉：“父親讓我保護(hù)好大家，這是不是代表父親認(rèn)同我了呢？”
李曉同樣為真嗣感到高興：“我想應(yīng)該就是這樣吧。”
雖然碇司令不在，但是NERV的工作依舊沒有停下來，在美里的統(tǒng)籌運(yùn)作下，NERV的重建工作進(jìn)行的有條不紊。但是盡管如此，李曉還是可以清晰的感覺到，在忙碌的工作之外，整個(gè)NERV都籠罩在一片迷茫和擔(dān)憂的氣氛之下，人們心中都在擔(dān)心同一個(gè)問題“如果碇司令與政府談判失敗了怎么辦？”即使是美里，李曉也有好幾次看見她露出茫然失措的表情，碇司令離開NERV后就音信無，美里每天都在擔(dān)心政府會(huì)再一次突然打過來，她承受著巨大的壓力。
這樣提心吊膽的日子一共過了四天，到了第五天的早晨，碇司令終于回來了，而且他還帶回來一個(gè)天大的好消息——NERV終于澄清了自己的清白。
這條消息公布后，整個(gè)NERV都松了一口氣，人們?nèi)滩蛔g呼雀躍：“戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束了！”
其實(shí)這也算是意料之中的結(jié)果，畢竟碇司令身就是SEELE的一員，加持先生也曾長(zhǎng)期為SEELE工作，他們兩人的手上都掌握著SEELE大量的機(jī)密情報(bào)。
接下來的事情就不需要NERV再出什么力了，雖然SEELE是一個(gè)甚至可以操控聯(lián)合國(guó)的無比龐大的秘密組織，但是企圖引發(fā)第三次沖擊便已經(jīng)是人類的公敵了，現(xiàn)在他們的陰謀已經(jīng)敗露，等待他們的只有審判和死亡。
接下來的日子忽然變得平靜起來，NERV再次得到政府的支持，大量的資金涌入進(jìn)來，重建工作進(jìn)行的如火如荼，人們因?yàn)椴挥脫?dān)心政府會(huì)再次打過來，所以開始身心的投入到工作中，整個(gè)NERV都籠罩在一片積極向上的氛圍當(dāng)中。
但其實(shí)在這片平靜的外表之下，整個(gè)世界卻是暗流涌動(dòng)，世界上的主要強(qiáng)國(guó)都開始心照不宣的清除自己國(guó)內(nèi)的SEELE勢(shì)力，失去了SEELE的支持，NERV也無法再次獨(dú)立于政府之外，中國(guó)、美國(guó)、德國(guó)、英國(guó)……各個(gè)國(guó)家的NERV分部紛紛被政府控制，世界的權(quán)力格局開始悄然的發(fā)生改變。
外面的事情李曉偶爾會(huì)聽美里講到幾句，不過其實(shí)他也不怎么關(guān)心這些，這里畢竟是動(dòng)漫世界，世界格局變成什么樣李曉都不在乎。現(xiàn)在，李曉的“HAPPYEND補(bǔ)完計(jì)劃”已經(jīng)算是圓滿成功了，EVA的主要人物一個(gè)不落的部幸存下來，真嗣、明日香、美里、麗，不能他們已經(jīng)獲得了幸福，但是至少他們都還活著，未來擁有無限的可能，他們終究有一天會(huì)獲得幸福的。
雖然“劇”已經(jīng)結(jié)束，但是李曉還不打算就這么急急忙忙的離開EVA世界，他希望可以為自己這次“異界之旅”畫上一個(gè)完美的句號(hào)，有一些愿望他還沒有了結(jié)。
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這一日，李曉正在收拾房間，房門外卻忽然傳來門鈴的聲音。李曉立馬停下手中的活計(jì)，來到房門前，嗤的一聲打開自動(dòng)門后，看到站在外面的來客，李曉不禁微微吃了一驚：“碇司令！”
碇司令站在門外，他那張滄桑的臉上帶著隱隱的期待與激動(dòng)的神色，直接開門見山的對(duì)李曉：“李曉，人類補(bǔ)完計(jì)劃，是時(shí)候帶唯回來了。”
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