因為水間月在群馬呆了三個月的關系，柯南這邊的主線有了突飛猛進的發展，現在給大家貼一段這三個月被折紙直接跳過的主線劇情……當然全都是網上復制粘貼的……

    柯南發現電視臺女主播水無憐奈是黑衣組織成員，并且有一個弟弟。水無憐奈在行動中受傷昏迷，被fbi送入杯戶中央醫院控制了起來。vermouth通過事后調查得知了水無昏迷住院的消息。同時，一位和水無長得很像的男生本堂瑛祐調入蘭的中學，一些行為與水無憐奈相似，引起柯南注意。

    在中，水無憐奈和本堂瑛祐的身份揭曉。水無憐奈是cia在組織中的臥底，本堂瑛祐是她的弟弟。柯南在杯戶中央醫院發現了假裝患者住院的黑衣組織成員楠田陸道。不幸因fbi打草驚蛇，楠田陸道自殺身亡，等人也因此推測出了水無住院的地點。在水無憐奈的住院地點暴露給組織之后，柯南、赤井和已經醒來的水無進行合作，讓fbi探員安德烈卡邁爾開車運送水無出醫院，水無假裝襲擊卡邁爾，回到組織，以進一步取得組織信任。

    另外，我們也得知赤井秀一過去是宮野明美的男友，潛入組織后表現出色，可惜因為fbi探員卡邁爾的失誤，導致赤井秀一身份暴露，宮野明美被組織殺害。

    水無回到組織后，組織頭目命令她殺害赤井秀一。水無成功槍殺了赤井，并引爆其尸體。尸體燒剩下的右指紋通過與柯南上留下的指紋對比，證實死者是赤井秀一。

    對決之后，本堂瑛祐拒絕了fbi的證人保護計劃，推理出了柯南的真實身份，并且打算加入cia與組織斗爭。同時，柯南仿佛對赤井秀一“殉職”的消息并不感到驚慌。

    水無憐奈提供了新情報——一個代號bourbon的黑衣組織成員已經出動，其目標很有可能是灰原。之后，三位身份可疑的人物相繼出場——沖矢昴、世良真純和安室透。

    而時隔三個月，現在的主線劇情已經是是世良真純的剛出場了幾集，安室透還沒有出場的位置。

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