得知努爾哈赤被捕，建州乃至遼東諸部皆大為震驚。建州中好戰(zhàn)派主張聯(lián)合蒙古諸部攻打鐵嶺等明朝邊城，虜掠漢民，制造混亂，逼迫朝廷放人。但更多還是看得清形勢，認為當前群龍無首，冒然出兵無異于以卵擊石，當務(wù)之急是先選出新的首領(lǐng)，避免部眾分裂。
對此，大部分重臣認為元妃兩子皆被扣押，當擁立繼妃之子莽古爾泰暫執(zhí)國政，少部分大臣主張擁立六子黃臺吉，兩派爭吵不休，內(nèi)部分裂之勢已見端倪。就在此時，努爾哈赤胞弟舒爾哈齊也來插上一腳，他以明朝去年已封其為建州右衛(wèi)指揮使為由，要求接管建州女真。
他的要求直接遭到兩派的明確反對，重臣何和禮、扈爾漢、揚古利等搶先擁立莽古爾泰，支持黃臺吉的大臣一度計劃發(fā)動政變，但被黃臺吉制止，后者最終決定率部出走，建州內(nèi)部一時間士氣低落、人心惶惶。
事情并未就此結(jié)束。舒爾哈齊得次子阿敏接應(yīng)，聯(lián)合海西女真烏拉部、葉赫部，野人女真虎爾哈部、瓦爾喀部、窩集部，對莽古爾泰發(fā)起進攻，何和禮等重臣戰(zhàn)死，莽古爾泰逃往舊都虎攔哈達。
不久后，舒爾哈齊再次發(fā)起進攻，扈爾漢戰(zhàn)死，莽古爾泰率殘部向明廷請求內(nèi)附，但此時李成梁已被袁可立替換，后者出于進一步造成女真內(nèi)訌的目的，拒絕接納。
莽古爾泰走投無路，于萬歷三十七年被舒爾哈齊俘獲后押送回赫圖阿拉斬首，揚古利等投奔黃臺吉，后者倒也不計前嫌予以接納。
按照約定，舒爾哈齊向海西女真、野人女真歸還大片領(lǐng)地。同年七月，明廷為努爾哈赤擬定僭越稱制、屠殺漢民、擅自開礦等八大罪，將其與次子代善、一眾隨行人員一并斬首于順天。
但萬歷皇帝卻對褚英法外開恩，不僅赦免其罪，還封其為建州左衛(wèi)指揮使、都督僉事，令其回建州收拾部眾為朝廷所用。這樣做，一方面是因為褚英頗為忠誠，對努爾哈赤早前多有勸諫，父子也因此關(guān)系不睦另一方面，當然是繼續(xù)挑撥建州內(nèi)訌。
十一月，褚英抵達毛憐衛(wèi)，收集部眾萬余，意圖聯(lián)合黃臺吉攻打舒爾哈赤，但揚古利等努爾哈赤舊臣本就與褚英有隙，唆使黃臺吉拒絕，并嘗試與明廷聯(lián)系坐收漁利。
萬歷三十八年三月，舒爾哈齊重兵圍剿毛憐衛(wèi)，褚英奮力抵抗但最終被殺，建州反抗勢力僅剩黃臺吉。
四月，明廷封黃臺吉為建州衛(wèi)都指揮使，以舒爾哈齊擅殺褚英為由，號令黃臺吉部，海西、野人女真，內(nèi)喀爾喀五部，日本、朝鮮出兵圍剿，史稱“萬歷犁庭”。
舒爾哈齊雖有幾次小勝，但因內(nèi)亂猛將損失殆盡，最終寡不敵眾，先敗于薩爾滸，再敗于赫圖阿拉，逃亡途中被聯(lián)軍追上并斬殺。聯(lián)軍將其麾下諸城付之一炬，其地劃歸撫順管轄。
黃臺吉因助剿有功，被封為建州左衛(wèi)指揮使、右都督，但被要求將部眾遷往鐵嶺邊墻北側(cè)一處平原居住并收繳武器，便于明廷監(jiān)控。不少重臣、部眾因不甘臣服而四散，其手下部眾僅剩千余人，已無法對明朝造成威脅。
此后十數(shù)年，明廷在遼東逐步推行府縣制代替衛(wèi)所制，先后設(shè)置遼陽、沈陽、廣寧、鐵嶺、撫順、通化、建州、黃龍、敦化、福山等府縣。
奪取遼河河套后，于遼東設(shè)立遼寧承宣布政使司，布政使司衙門駐沈陽府
于海西、野人女真，內(nèi)喀爾喀五部設(shè)開元承宣布政使司，布政使司衙門駐黃龍府
于北山女真、苦兀、乞列迷等族聚集地重設(shè)奴兒干都司，泰昌年間改設(shè)黑水承宣布政使司，布政使司衙門駐永寧府。
州縣制的基礎(chǔ)是大量的人口，為此，明廷任命左光斗負責(zé)屯田事務(wù)，鼓勵軍民屯墾，將南方良種水稻引入北方，招募南方農(nóng)民到北方傳授水稻種植技術(shù)，大大促進了關(guān)外農(nóng)業(yè)發(fā)展。山西、陜西、山東等地的農(nóng)民先后遷往東北，提高了人口比例，帶動了當?shù)夭孔甯淖兩a(chǎn)方式，由傳統(tǒng)的漁獵轉(zhuǎn)向農(nóng)耕，維護了社會穩(wěn)定。
當然，對于東北復(fù)雜的形勢，明廷并未強制推進府縣制“一刀切”，而是對女真、蒙古中強勢諸部實行土官制代替衛(wèi)所制，在滿足其獨立性的同時，逐漸減少其軍事性和戰(zhàn)斗力。
如勢力較強的葉赫、窩集、烏濟葉特部首領(lǐng)，分別被授予坊州、東寧、泰寧土知府，劃歸開元承宣布政使司管轄黃臺吉被授予建州宣慰使，歸遼寧承宣布政使司管轄。
其他部族也根據(jù)勢力大小授予土同知、土通判、土知縣等職務(wù)，這些土官的勢力范圍與各直屬府縣犬牙交錯，并設(shè)榷場于其間，互相牽制又相互依存，從制度上穩(wěn)定了東北的局勢。
對于察哈爾、土默特、科爾沁等獨立性較強的勢力，明廷則先是殺雞儆猴，對早先與努爾哈赤結(jié)盟的科爾沁部發(fā)動攻擊，其殘余親明朝勢力首領(lǐng)被授予崇義公、遼西宣慰使。對于土默特部，仍冊封其首領(lǐng)為順義王，準設(shè)馬市。
萬歷四十三年，號稱蒙古嫡系的察哈爾部，在其首領(lǐng)呼圖克圖汗率領(lǐng)下劫掠土默特部，明廷令其退兵不得，遂組織聯(lián)軍左右夾擊察哈爾部。
經(jīng)過連年激戰(zhàn)，最終于萬歷四十七年攻破其王城察罕浩特，呼圖克圖汗本想出逃漠北，卻為科爾沁部所阻，無奈投降，自去汗號，獻出傳國玉璽。
明廷冊封其為歸義王，位居順義王之下，廢察罕浩特，令其遷居廣寧，部眾被編為二衛(wèi)八所，納入大寧都司管轄，名義上仍屬歸義王麾下，實則由明廷任命親明部族首領(lǐng)擔(dān)任指揮使。次年七月，為土默特部仇家刺殺于廣寧歸義王府外，年僅二十八歲，無嗣，順義王爵位廢除。
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