隨著順義王遇刺，蒙古各部進一步分裂對立，明廷趁機加大對蒙古的管理和融合。
通過整編、聯姻、會盟、封賞、賑濟、朝覲、重教等政策，加強對蒙古諸部上層人物及部民的籠絡與轄治，并最終將外喀爾喀諸部納入管理，在此基礎上設立嶺北都司，保障了地區二百余年的穩定。
萬歷五十年，蒙古諸部為萬歷帝上尊號“騰格里汗”，但是被他以“普天之下，莫非王土，朕乃天下萬民之主，無需另上尊號”為由拒絕，自此，天下部族皆以皇帝稱之。
此后，明廷還推行“以夷制夷”的周邊政策，征召烏斯藏、嶺北、朔方和大寧等都司參與征討吐魯番等以收復西域故地、阻擊沙俄哥薩克東進。對西南推行“改土歸流”，趁內亂先后討伐緬甸、暹羅，重設交趾布政使司。
此外，還組織遠征船隊從永寧出發，經流鬼半島發現了泰昌海峽，經安東群島抵達海東。雖大部分目標得以實現，但多年征伐也導致民力不支，至十八世紀中后期，除了繼續開拓移民海東外，其他征討都逐漸停止。
后面這些事情，秀保自然是看不到了，更不能左右，不過他自認已經盡力，后續如何，聽從天命。
返回日本后，明廷賞賜絡繹不絕，勘合貿易更是全面放寬，日本的經濟社會加速恢復發展，秀保的威望也與日俱增，這在豐臣宗家看來，似乎不是什么好事。
慶長十八年正月中，池田輝政病逝，為開年蒙上了一層陰影，這位秀保甚為倚重的豐臣舊臣，臨終前將春日山藩四十一萬石交給了嫡子池田利隆，秀保雖然同意，可心中難免擔憂，這樣的大大名今后在日本扮演什么樣的角色，很難做出準確判斷。
這年，秀賴年滿二十歲，而他的官職卻始終停留在右大臣。反而是秀保的幾個兒子，嫡子晉位權大納言，長子晉位中納言，這讓宗家和秀保之間的關系頗為微妙，甚至是有些緊張。
秀保之所以如此，也是秀賴咎由自取。多年來，他的性情沒有多少改變，暴戾之氣也未有收斂，這時候適當敲打敲打，秀保自以為能讓他有所警醒。
但秀賴卻并未體會到這點，反而因為傳聞“菊亭晴季即將擔任關白”而更加憎恨秀保，進而暗中聯絡石田三成和增田長盛，意圖于豐臣秀吉忌日行刺秀保。
三成大驚，立即寫信阻止，增田長盛也命次子回信秀賴，讓其切莫聽信風言風語，繼續忍耐。
然而次子擔心惹禍上身，竟然將書信交于長崎奉行后藤基次，基次得信后立即派人告知秀保。
秀保雖然憤怒，但還是要顧及宗家的顏面，他拒絕了家臣提出的讓秀賴親自前往伏見說明情況的提議。
“叫了這么多年的少主，現在讓他來伏見向我謝罪，總覺得有些不妥。”秀保心中有所顧慮。
“主公開幕已有十年，您的堅持，除了削弱幕府的威信，現在已沒有其他意義。”藤堂高虎謹慎地提醒道，“當年費盡心思改換門庭、開幕立府不就是為了避免再被大坂的名分桎梏么，現在，是時候改變了�！�
“你的意思我明白，”秀保點了點頭，解釋道：“可是僅憑一封信，就直接把人喊來伏見，似乎有些小題大做，會讓人覺得是借題發揮有意為之。那些豐臣氏舊臣還在盯著呢，這時候還是要有個態度，不能落人口實。這樣一來，后面的事情才能名正言順、順理成章�！�
“臣明白了，主公是想讓那些家伙先坐不住，爭取大義名分？”藤堂高虎似有所悟。
“沒錯，我想看看，到底有哪些家伙躲在角落里盯著我們，這次，要讓他們自己跳出來見見太陽。”秀保眼中閃過一絲寒光。
于是乎，五月十四日，秀保親自前往大阪，當著淀姬和片桐且元的面與秀賴對質。
但事情的發展超出了秀保的想象，證據面前，秀賴竟然惱羞成怒，拔刀亂砍，淀姬見狀立即沖上前去勸阻，卻被秀賴砍中要害。
秀保盛怒之下，立即命人將秀賴軟禁在寢室，片桐且元等人本想勸阻，卻被秀保親衛一并扣押。
眾醫師雖全力搶救，終因失血過多、無力回天。當天深夜，面色煞白的淀姬緊緊依偎在秀保懷中，有氣無力地撫摸著秀保的臉頰。
彌留之際，秀保含淚親吻了她的額頭，并輕聲念了一聲“茶茶”，聽罷，這位大坂城的女主人流下了兩行熱淚，微笑著離開了這個讓她又愛又恨的時代。
淀姬的離世，切斷了秀保對秀賴的最后幾絲隱忍和幻想，隨即決定廢黜秀賴豐臣棟梁之位。
次日清晨，秀保著長子豐臣秀賢、三木藩主福島高吉率兵兩萬進入大阪，強行替換城內守軍，切斷豐臣秀賴與外界聯系。
兩天后，秀保奏請天皇下旨，以秀賴嗜殺弒母、殘暴跋扈為由廢除其豐臣棟梁之位，由其子國松暫代豐臣宗家事務。
得此消息，秀吉舊臣果然反應激烈。安曇藩主速水守久、松任藩主松浦秀任、小松藩主郡宗保整頓兵馬，意欲有所行動水戶藩主石田三成、黑木藩主增田長盛動身上洛，名為請罪實則對秀保施壓宇喜多秀家、福島正則、加藤嘉明等實力派也上書秀保，希望秀保能三思而行。
經歷多日的內心煎熬和思想斗爭，七月十五日，秀賴終究還是在石田三成、增田長盛陪同下進入伏見向秀保請罪，幕府終于以這種方式明確了與豐臣宗家的地位和差距。
盡管仍為淀姬的離世哀痛，對秀賴的不爭氣感到忿恨，但念及眾人反對，加之初步目的已達到，秀保于是決定妥協，應允仍以豐臣秀賴為豐臣棟梁，但剝奪其山城及堺港的封地，僅保留河內、攝津、部分和泉，石高從一百二萬石削減至七十萬石。
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