幕府軍攻克尼崎城后抵達大坂外圍，蜂須賀家政、生駒一正、脅坂安治等四國大名也奉命率軍抵達大坂城下，截至二十二日傍晚，大坂外圍已聚集幕府聯軍十二萬，城內大坂軍不過三萬兩千人，兵力懸殊，結局已能預料。大坂軍雖趁夜色發動數次突襲，但收效甚微，大坂之圍固若金湯。
可就在這天深夜，秀保召集軍議之時，石田三成卻出現在了本陣外。秀保命人將其引入賬內，開門見山道：“治部若是來勸我退兵，還是請回吧。”
石田三成神情疲憊，眉頭緊鎖，氣喘吁吁地回答道：“請殿下給我點時間，我定能勸說少主開城，屆時我定帶他前來請罪。”
“三年前給過他機會了，我現在什么都不想聽他說。”秀保生氣道：“之前怎么胡鬧，我都當他是個孩子，淀夫人的死難道還不能讓他成熟么，非要做到今天這個地步？這些年來我的良苦用心都被狗吃了？”
“殿下息怒，他畢竟是太閣的獨子，豐臣棟梁啊，您是他的后見，這么做，怎么對得起太閣在天之靈？”石田三成苦苦哀求道。
“你說怎么樣才算對得起太閣？！”秀保聞之大怒：“難道都這樣了我還要慣著他，讓他繼續鬧，最后再給個關白做做？”
聽到這，石田三成驚詫不已：“殿下您是打算違背當初的誓言么，關白之位不是”
“想什么呢，都這樣了還能做關白？”島清興在一旁諷刺道：“難不成當上關白，讓天皇陛下宣布主公為朝敵？別說關白了，就是這大坂城，幾次三番發生變故，實在也不能留。”
“這話太失禮了！”石田三成怒吼道：“關白、大坂還有這天下都是太閣留下的，你們有什么資格從少主手中奪走，況且如今大坂城中尚有精兵四萬，完全可以一戰，等戰事焦灼，人心不穩，到時候”
“到時候勝負未嘗可知？”秀保嗤之一笑道：“你信不信，我一聲令下，明早便能在大坂天守閣用膳？！從大坂騷動到毛利軍進駐大坂，再到治部你在慶長五年的所作所為，短短兩年大坂便經歷了三次戰亂，你覺得如今還是太閣在世時固若精湯的不落之城么？！”
“不論如何，還請將軍殿下開恩，給臣個機會，給右府一個機會！”面對秀保這般的強硬，石田三成終于屈服了，他跪拜在地，深深地向秀保表示臣服，換取秀保的開恩。
雖然這種臣服在秀保看來十分廉價，但念及石田三成在豐臣政權中的地位，以及周邊大名，特別是加藤嘉明、福島正則這些秀吉舊臣的感情，秀保最終還是力排眾議，準予石田三成進城勸降。不過提出了三個條件：
一、秀賴必須親自來郡山請罪，接受幕府頒布的判物
二、秀賴正室千姬與嫡子鶴松至郡山為質
三、秀賴減封改封至紀伊國，知行三十二萬石，居城遷往和歌山城。
知行宛行狀，指的是確認大名對某塊土地擁有“知行權”的正式文書，自從太閣檢地以來，知行宛行狀就一直作為豐臣政權下大名手中類似的“地契”存在，是大名領地合法性的象征。
會津之戰后，豐臣宗家的藏入地多被拿來獎賞有功大名，藏入地制度名存實亡。但知行決策權，即明確大名知行權的權力和知行宛行狀的授予名義上仍掌握在豐臣宗家的手中，只不過由秀保代為執行。
即便郡山幕府成立，知行宛行狀的授予仍是豐臣宗家做主，幕府頒發的知行宛行狀只限于“御領”知行的下賜，外樣大名主要還是認可被秀吉父子授予的知行宛行狀。也就是說，雖然藏入地沒有了，但其頂層制度仍然存在，并對幕府的合法性構成挑戰。
秀保讓秀賴接受幕府的知行宛行狀，就意味著權力的最終交接以及大坂的徹底臣服，豐臣政權就此徹底走下歷史舞臺，幕府的權威和正統地位得到進一步鞏固。
至于轉封紀伊國，則是讓秀賴離開近畿，進一步削弱其實力和權威，而且紀伊尚有巖室、田邊、新宮等軍港和數個大和豐臣氏舊臣的封地，也便于對秀賴進行監控。
秀保也料想這般嚴苛的條件秀賴可能不會答應，但他也并未真的打算置他于死地，逼他與大坂共存亡，因此也告訴石田三成，若他不愿去和歌山城，可將家督之位讓于子嗣，另選他處居住。
同時，給出三個選項：近江長濱城、伏見或者京都。
石田三成別無選擇，只能照此條件進城勸降。秀賴其實也知道如果繼續負隅頑抗會是什么結果，加之三成和且元的全力勸說，望著尚在襁褓中的鶴松，最終接受了秀保開出的條件開城投降，并親至秀保本陣謝罪，但他拒絕歸隱，寧可遷居和歌山。
至此，“大坂之陣”結束，數天后，秀賴攜家臣離開大坂前往和歌山，紀伊和歌山藩正式成立，此后豐臣宗家的稱呼則多以“紀伊豐臣氏”取代，不過對秀賴的稱呼仍是“右府殿下”。
秀保則宣布由幕府撥款為其興建新居城，并在不久后將千姬母子從郡山接到伏見居住，也算是對秀賴的一點安慰。
但是宇喜多秀家則遭受改易并流放朝鮮郁陵島，加賀三藩及安曇藩被廢除，所有領地納入御領。
一個月后，奉秀保之命，以心崇傳和藤堂高虎擬定的武家諸法度以及禁中并公家諸法度正式出臺，這兩份約束大名和公卿的制度，特別是其中的“參勤交代”，被后世認為是強化幕府權力的一項重要舉措。
十二月十九日，帶著無盡的失望和悲憤，德川家康病逝于高野山。秀保命結城忠直接回家康靈柩，忠直則以本家已繼承結城氏為由奏請將其葬在三河岡崎城松平氏墓地，“德川”這一苗字就此終結。
秀保準之，并命史官為其立傳，由于感慨當年爭霸天下的群雄大多逝去，天下已定，秀保奏請朝廷，明年改年號為“永寧”，以祈求天下安寧。
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