也許是上天庇佑，恰如后花山天皇所料，經(jīng)過后續(xù)治療，病情竟稍有好轉(zhuǎn)。于是他于開源十年1632年正月，命秀保為攝政，適時尋覓宗室過繼為嗣。
這是自藤原良房貞觀八年866年正式稱攝政后，時隔近八百年再一次由皇室宗親擔任攝政，名義上與擔任關白的豐臣秀賴一并主持朝局，排擠以攝關家為首的公卿，公卿僅存的權力和地位也受到擠壓。
自攝關家以下，包括清華家、大臣家、羽林家、名家、半家，由以上各家組成的門第被稱為公家，各家的當主也按照門第給予相應的官職。
其實自會津之戰(zhàn)后，秀保就開始延續(xù)秀吉時代的做法，給予譜代和強力外樣大名“清華成”即“武家清華家”的家格，等同公家的“清華家”家格，完善武家與公家的對等體系。
且慶長十八年1613年菊亭晴季以清華家家格擔任關白開始，秀保就在有意打亂公家內(nèi)部的等級秩序，進而削弱公家的勢力和地位。
幕府成立后，更是通過拉攏、威壓、聯(lián)姻等手段強化與公卿的聯(lián)系，將公家與幕府捆綁。
特別是“大坂之陣”結束后，秀保更是將武家大名強行提拔入公卿的行列，雖然還停留在較低級的“名家”“半家”，但趨勢已經(jīng)不可避免。
三月中，藤氏長者、右大臣近衛(wèi)信尋后陽成天皇四子、后花山天皇之侄，近衛(wèi)信尹養(yǎng)子，大納言一條兼遐后陽成天皇六子、后花山天皇之侄，一條內(nèi)基養(yǎng)子，九條家當主九條忠榮等不堪伏見宮及幕府威壓，意圖擁立后陽成天皇七子、后花山天皇子之侄高松宮好仁親王為皇太子，并爭取了部分公家支持。
但好仁親王本就只想做個太平王爺，暗中也與滿仁、秀賴等交好，加之畏懼伏見宮威勢，因此，表面上對于公卿們的擁立表示贊賞，暗地里卻密報伏見宮，秀保遂與諸子及重臣商議行動。
四月初六，好仁親王以商談要務為由將一干公卿召至高松殿，隨即賢仁、清仁親王率領親衛(wèi)趕到，以密謀弒君、擅決廢立等罪名進行逮捕。
這些公卿哪曾見過這種陣勢，慌忙四散，近衛(wèi)信尋甚至倉惶躲進內(nèi)殿，也被賢仁親王帶領兵士進去捉拿有少許嘗試反抗者，則被清仁親王就地格殺，一時間高松殿內(nèi)刀光劍影、哀嚎遍野。
好仁親王見此情景，既慶幸又害怕，不用他人言語，他次日便宣布于仁和寺出家，也就是后來的明覺法親王。
秀保則奏請后花山天皇，特賜法院號，稱常德院。同時，責令后陽成天皇另一子政仁親王于南禪寺出家，是為憲良法親王。自此，后陽成一脈再無踐祚可能。
五日后的六條河原上，近衛(wèi)信尋、九條忠榮等十八名公家貴胄被斬首，一條兼遐等九十余人被流放各地。這場變故因發(fā)生在四月別稱“卯月”，被稱為“卯月之變”。
至此，公家根基被徹底摧毀，秀保也以攝政的名義對公家進行改革，史稱“公家整治”。
在此之前，經(jīng)過近千年的發(fā)展，藤原氏通過聯(lián)姻、過繼等手段，借助“二神約諾神話”，即天孫降臨之時，藤原氏祖神天兒屋根命受天照大神之命隨邇邇藝尊下國時，天照大神與天兒屋根命定下諾言，以后者為太神宮輔佐第一神之事，近乎壟斷了公家。
在六大公家家格中，尤以壟斷太政大臣和關白的攝關家和清華家為尊。
攝關家包括近衛(wèi)、九條、鷹司、二條、一條五家，皆是藤原北家御堂流，其中鷹司是近衛(wèi)分支，二條、一條是九條分支，因此以近衛(wèi)、九條為尊。
清華家包括三條、西園寺、德大寺、久我、花山院、大炊御門、今出川七家，其中三條、西園寺、德大寺是藤原北家閑院流，花山院、大炊御門是藤原北家?guī)煂嵙饔昧鞣种В梦沂谴迳显词希嫔显磶煼渴翘僭瓗熗B(yǎng)子，與藤原北家御堂流關系緊密今出川是西園寺分支，因此排在末位。
所謂二神約諾神話，實際上是十一世紀中期，因由攝關家輔弼皇室之現(xiàn)實而誕生的，藤原氏借助神話的再構建，對自身的通知合法性進行強調(diào)。秀保此番改革，重點就是削弱上述兩大家格公家的正統(tǒng)性，進而將這個寄生在皇室之上的權門徹底剝離出去。
首先便是例數(shù)歷代藤原氏對皇權的蔑視和架空，指責其違背祖神之承諾緊接著便以參與此次謀反為由，將朱器臺盤藤氏長者的信物、藤氏長者印、渡莊券文攝關家所領之地券等器物和攝關家的正邸東三條殿從近衛(wèi)家接管過來。
不僅如此，還直接將近衛(wèi)、九條、二條、一條貶為民籍，但對未參與謀反的鷹司氏網(wǎng)開一面，仍準予保留攝關家格，并且貶為民籍的公家成員中來自鷹司氏的也可以復歸，但位次上只能排在末位
隨后，令近衛(wèi)經(jīng)季復歸今出川氏，仍為太政大臣，提拔今出川氏為攝關家格，并由今出川經(jīng)季接任藤氏長者，位在鷹司氏之前。
同年，出于控制地方的考慮，秀保與菊姬之三子孝仁親王、與菊亭持子之子晴仁親王臣籍降下。
前者改回原名豐臣秀孝，封地降至北大和新莊十五萬石，晉位中納言，承襲大和豐臣氏
后者改回原名豐臣秀晴，封地降至和泉岸和田十二萬石，晉位權大納言，并賜予攝關家格，成為秀保一族在公家的代言人。
此外，紀伊豐臣氏、尾張豐臣氏豐臣秀房接受豐臣本姓，但婉拒更改苗字，仍使用其祖父三好苗字也被納入攝關家。排名來看，依次是紀伊豐臣氏、大和豐臣氏、尾張豐臣氏、今出川菊亭氏、鷹司氏。
至于清華家，出自御堂流的花山院、大炊御門都受到牽連，劃入重新設置的名臣家舊大臣家、羽林家、名家、半家打亂后重現(xiàn)設置大臣家和名臣家
久我氏代表的村上源氏，在戰(zhàn)國時期曾一度把握源氏長者的稱號，對秀保奪取之事多有不滿，因秀保代表的河內(nèi)清和源氏自視正統(tǒng)，便索性將其貶為民籍
三條、西園寺、德大寺三家，經(jīng)今出川一族求情，除了三條以外，西園寺也得以保留家格但位居末位，德大寺則貶為大臣家。
增補的清華家包括如下五家：
毛利氏，秀保之孫，原為大江朝臣，豐臣朝臣賜下
蒲生氏，秀保親家，原為藤原朝臣，豐臣朝臣賜下
前田氏，地方強藩，菅原朝臣
結城氏，秀保親家，原為藤原朝臣，豐臣朝臣賜下
京極氏，秀賴親家，中宮京極常子之娘家，原為宇多源氏，豐臣朝臣賜下。
其實，皇籍奉還后，秀保便開始將秀吉時期濫賜的豐臣姓和羽柴氏全部收回，僅賜予少數(shù)確有血緣或姻親關系的大名。
因此，將毛利、京極三家納入清華家并下賜豐臣氏，算是對其地位的重新確認。而給予前田、蒲生、結城三家與力大名清華家格，多是考慮其對幕府頒布的教令比較順從，特別是對“永寧雙令”的執(zhí)行較為徹底。
經(jīng)此“公家整治”，伏見宮確立了對公家的主導權，公武合體也進一步加深，可以說，秀保已然站上了權力的頂峰，就連當年“此世即吾世，如月滿無缺”的藤原道長也難望其項背，且這一切都是源于自己無可比擬的勢力，而非憑借所謂外戚，更是讓人無法置喙。
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