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nerv本部，地底大空洞，金字塔型指揮總部內，有一間處于頂層的秘密會議室。這是nerv司令官專用的辦公室。
而此時一位戴著墨鏡，穿著黑色西裝的男性正坐在辦公桌面前，他就是nerv本部的最高司令官碇源渡。
“碇，那個突然出現的年輕人，你真的讓他坐在三號機上”
在碇源渡的身邊，是一位頭發花白的中年人，只見他有些疑惑的看著碇源渡說道，似乎對這位新來的適格者和eva三號機頗為懷疑。
“冬月，一切都還是按計劃執行，我們不需要驚動seele，而且按照我的情報顯示，三號機本身就有問題，所以才會送到我們這里來。那些老頭子們是想試探我們的底細！就讓那個身份不明的適格者作為犧牲品好了。”碇源渡將兩手交叉在身前，冷冷的笑著說道。
“一個無辜的犧牲者，不知道這樣的犧牲者還需要多少個，才能完成我們的計劃！”這位被稱為冬月的中年人有些不忍的說道。
“冬月，很快，我們的計劃一定會成功。相信我！”
。。。
同一時間，在松代的三號機啟動實驗場地，大量的指揮車正部署在一座環形山外部，而即將啟動的三號機則被部署在環形山內部，這是為了避免可能的危險性。
環形山周圍厚實的山體可以有效的遮蔽爆炸沖擊波，這樣即使發生了eva暴走事件，也可以將自爆的危險限制在一個極為狹小的范圍內。
在指揮車上，一位身穿紅色制服的黑發麗人正在緊緊的盯著屏幕上的數據，只見她皺著眉頭看著駕駛艙中的那個黑發少年，似乎非常不放心的樣子。
“怎么了，我們的葛城美里少校有什么擔憂嗎”
一位身穿白大褂的中年女性打趣的說道。這位女性留著一頭黃色的中長發，看起來相當精明干練。不過她似乎和這位黑色長發的麗人是好友，在她面前說起話來，相當放松。
“律子，你不覺得奇怪嗎，一名magi電腦毫無記錄的駕駛員，一名nerv第二支部唯一的幸存者，這一切看起來似乎也太巧合了。更奇怪的是，他并不是最佳的駕駛員候選者，但是碇司令卻同意讓這位少年進行啟動實驗，這可是s2機關搭載實驗，萬一再次發生暴走，那該怎么辦難道他們忘了nerv第二支部的前車之鑒嗎”
“美里，你應該明白，碇司令不會無緣無故的制定這位少年駕駛三號機的，相信他的判斷吧！”
“哼，你還是跟以前一樣，只會相信那個男人，說的好像世界上其他人都不可信一樣！”美里聽到律子的話，立刻不爽的反駁道。
對于自己好友的反駁，律子只能笑一笑，不再言語。畢竟有很多事情，即使是自己的閨蜜也無從知曉，作為知道碇源渡真正計劃的知情人之一，她只能暗中幫助這個他仰慕的男人，并無條件的相信他。這是律子的悲哀，也是她的母親的悲哀。
有時候，律子都會不禁嘲笑自己，她和她的母親居然都鐘情于這個看似冷酷無情的中年大叔，這是一種詛咒嗎
就在律子陷入沉思時，三號機啟動倒計時開始了。
“電源接駁正常！”
“三號機同步率處于正常狀態！”
“所有神經信號連接正常！”
“三號機s2機關搭載實驗開始啟動！”
“倒計時十秒，準備切斷外部電源，激活s2機關！”
“十九八七。。三二一！s2機關啟動！”
就在操作人員按下啟動按鈕后，一道巨大的光芒沖天而起！
恐怖的沖擊波橫掃了整個環形山，將布置在周圍的探測器全部摧毀。
方圓一公里內所有物體都被這恐怖的沖擊波橫掃一空。
看到顯示屏上的藍色信號，美里下意識的喊道：“藍色波紋，這不可能，三號機是使徒！”
轟！
可惜還沒等美里反應過來，巨大的沖擊波就掠過了指揮車，而她也眼前一黑，失去了知覺！
而此時在nerv本部內，中央電腦magi發出了刺耳的警報聲。
“警報，偵測到藍色波紋，是使徒，有使徒侵入了第三新東京市范圍！”
“立刻調用周圍的攝像頭，顯示在主屏幕上！”
滴！
隨著屏幕上一陣閃爍，三號機的形象就出現其上。
“哦！天哪！”
這些坐鎮nerv指揮部的操作人員看到使徒居然是三號機時，紛紛驚呆了！
在他們的印象中，使徒就是人類的敵人，而eva是人類制造出來抵抗使徒的武器。兩者應該是水與火的關系，但是現在人類制造的eva居然成為了使徒，這使得所有工作人員深深的開始懷疑，eva到底是什么！
而另外一邊，監控人員通過三號機體內的顯示圖像，發現大量藍色的特殊物質正在快速侵入三號機內部，隨著這些藍色物質侵入，三號機體內的信號監控裝置正在逐一失效，這表明三號機正在快速向使徒化發展。
這是nerv從未見過的侵蝕型使徒，對方居然附身在eva三號機身上，并以極快的速度寄生并掌控了eva三號機，將其變為了使徒傀儡，徒留eva的外殼罷了！
“偵測到駕駛艙處于深度污染區，監控裝置已經離線，無法監控到駕駛艙內部狀況！”
聽到下屬的報告，坐在指揮席上的碇源渡冷酷的說道：“對方已經不是eva三號機了，現在將其定義為使徒，準備發射零號機，初號機和二號機，將其殲滅！”
聽到碇源渡的命令，在場所有的人員心中都有一絲不太舒服。
人類制造的武器變成了人類的敵人，現在還要派出eva來消滅eva，他們到底在和什么東西在作戰！
很快，做好戰斗準備的三架eva機體就嚴陣以待的出現在對方必需經過的豁口！
而等到三位坐在eva的駕駛員看到對方使徒的樣子時，一位少年的驚呼聲傳了過來。
“父親，那是eva，那不是使徒！”
“不，對方已經被使徒侵襲，現在magi中央電腦將其判定為使徒，你們的任務就是消滅它！”碇源渡冷冷的回答道！
“可是，可是，上面還有一位駕駛員呢！他是人類啊！”這位名為碇真嗣的少年依然不愿意執行任務。
如果說為了人類的生存，讓他去駕駛eva消滅使徒，他可以說服自己的內心。但是要他親手殺死一個人類，還是和他年紀相仿的少年時，這位心理脆弱的駕駛員根本就下不去手。
“哼！窩囊廢，你就待在一旁吧！讓本小姐來解決對方，無論是使徒還是eva，只要是本小姐的敵人，統統消滅！”
“不要，明日香！對方機體上還有一位駕駛員！”聽到明日香的話，碇真嗣立刻想要阻止對方。
可惜性格天生懦弱的他如何能夠阻擋一位天生強勢的少女。
eva和eva之間的戰斗一觸即發！
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