下一步就要開始抽查士兵識字的情況了，王體乾趕緊跪下說道：“圣上，奴婢犯了欺君之罪，請圣上處罰�！�
朱由校很奇怪，問道：“什么事，起來好好說。”
王體乾不敢站起來，叩頭說道：“上次圣上問三個月每個兵卒認一百個字有沒有難度，奴婢說沒有，而現在奴婢已經用了五天，還有很多人兩個字都認不了�！�
“一天認一個字，五天也能認五個字，怎么可能兩個字都認不了呢？”
“奴婢是讓他們每天認一個字，可是第二天他們就把前面認的字忘記了，很多人都只能認得當天學的那個字，所以五天也只能認一個字，奴婢想如果是十天半月，只怕也只能認一個字�！�
“起來吧，你想錯了，越到后面，他們認字就會越容易，三個月沒到，你怎么能斷定他們不能認一百個字呢？再說，他們認不到一百個字，也不能算你欺君的，你是按照你自己的來估計他們的水平，又不是故意欺騙于朕，有心欺朕才是欺君�！�
“圣明無過圣上，奴婢謝主隆恩！”王體乾又叩了幾個頭才站起來，抺去了頭上的冷汗。然后叫來幾個學得比較好的給皇帝檢查。
王體乾拿了幾張大紙，一張上面一個字，然后給那幾個士兵看，士兵們讀：“一”，“切”，“為”，“了”，“皇”，“上”，“大”，“明”。這家伙倒是會拍馬屁，首先讓士兵認的字是“一切為了皇上，一切為了大明”。這馬屁拍得朱由校是龍顏大悅，魏忠賢偷偷對著王體乾豎起了大拇指。
朱由校表揚了王體乾，然后對楊光夔道：“你們一起合議一下軍制，如果有統一意見，就報給朕，如果有不同意見，各自一一寫明再報給朕，這是一個新兵種，要結合這種武器的特點來制定軍制。等士兵基本訓練完成后，根據他們的訓練成績和文化成績來選各級軍官�！�
第三天楊光夔將奏折呈了上來。這次倒是只有一種意見：一隊十一人，設隊長一名，伙夫一名，三隊為一旗，設旗總一名，三旗為一司，設百總一名，并有炮兵二十名，帶虎蹲炮六門，滅虜炮兩門。三司為一局，設把總一名，三局為一營，設千總一名，軍法官一名，并有炮兵十五人，帶重型佛郎機炮三門。一營共一千一百二十六人。
基本上是參照戚繼光的編制來的，朱由校不想要這樣的編制，于是找來楊光夔幾個，重新提要求，最后就成了這個樣子：一隊十一人，設隊長一名，三隊為一旗，設旗長一人，副旗長一人，三旗為一司，設司長一名，副司長一名，軍法官三名，并設一伙夫隊共十人，醫官一名。三司為一局，設局長一名，副局長一名，三局為一營，設營長一名，副營長一名，信號員三名，一營共一千一百人。
至于炮兵，則是建專門的炮兵營，一隊十三人，帶三十斤虎蹲炮六門，設隊長一名，三隊為一旗，設旗長一名，并加百斤滅虜炮六門（二十四人），三旗為一司，設司長一名，副司長一名，教官一名，并加重型佛郎機炮六門（三十六人），三司為一局，設局長一名，三局為一營，設營長一名，副營長一名，軍法官一名。一營共二千零八十五人。
至于騎兵，也是按照步兵的編制組建騎兵營。
然后就是輜重營，這個以前是沒有的，但朱由校覺得這個很重要，所以將京營青壯挑選后，體質稍差的轉為輜重兵，編制很簡單，十人一隊，設隊長一名，三隊為一旗，設旗長一名，軍法官兩名，三旗為一司，設司長一名，三司為一局，設局長一名，三局為一營，設營長一名，副營長一名，一營共九百零五人。輜重營有的是分配在炮兵和騎兵中的，一個炮兵司分配一個輜重司，一個騎兵局分配一個輜重司。也有的輜重營是單獨成營，負責彈藥糧食的運輸。
無論哪一個兵種，全體兵卒都必須練習短槍刺法和火槍用法，炮兵和輜重兵也不例外。
各個部隊中的醫官，由京營選人，要求是識字靈活，集中到京營中由太醫院抽調年輕太醫來教授簡單的醫護方法。王承恩作為皇帝的代表充任了教授，主要教授醫官如何根據血流顏色急緩來止血，如何包扎傷口，特別叮囑，一定要用煮沸后再曬干的布條進行包扎。然后兵卒要多洗澡，駐地必須修好茅房，醫官要負責制訂好衛生條例。朱由校至少還是知道動脈出血和靜脈出血的區別的，也知道感染害死的人應該比直接死在戰場上少不了多少，傳染病害人那比戰場厲害多了。他所傳授的這一些小常識，醫官掌握了，再教給士兵，在戰場上那就能救活很多人。
朱由校是一個唯制度論者，前世有人說制度重要，但執行制度的人更重要。他倒不這樣看，他認為，好的制度，應該是保證其能持續執行的制度，但現在制訂之初，那就只能靠自己來保證執行了。最后他對各位將領做了一個總結發言：“朕想要讓兵卒做夢都要按條例來，這樣的軍隊，才是真正的能戰的軍隊。朕相信，各位跟隨朕要建立的就是這樣一支雄師�！�
大家一起用翻手禮向他敬禮，大聲叫道：“一切為了大明，一切為了皇上。”朱由�；囟Y：“一切為了大明�！�
朱由校倒是說到做到，一有時間，他就會來京營看操練。士兵們一直都在練短槍，一個月里，少數人已經能做到喊哪刺哪了，大部分還不能做到。他命令做到了的士兵都賞一枚刺殺一級勛章，勛章用鐵做成，一個小小的圓形，中間是一把刺刀的樣子，下面有一個阿拉伯數字1.
他又讓獲得勛章的士兵給其他的士兵講述，自己是如何做到的，并且幫助他們提高，這樣做效果很好，更多的士兵掌握了刺殺技巧。兩個月后，所有的正兵都獲得了刺殺一級勛章。
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