六月一日，熊廷弼從家鄉被召回，皇帝加了他兵部右侍郎銜。他回朝后首先要求停止貶謫攻擊過他的言官，朱由校沒有理他。然后他獻上了著名的三方布置策：在山海關布置重兵，并在登萊，天津增兵，在廣寧出兵牽制，并于海上出兵直搗建奴后方。
朱由校看了以后，又單獨召見了熊廷弼，直接問他道：“熊卿的策略朕看了以后有些疑問，最主要的問題是，我們到底是側重于防守還是進攻？”
熊廷弼汗立刻就冒了出來，他的策略，雖然說得含糊，但皇帝卻直接看出了他的打算，他一咬牙道：“啟稟陛下，臣準備先重防守，再等適當機會再進攻。”他的想法是不容于大臣們的，因為大臣想的是收復故地，而他卻是想先守著，不思進攻，就和以前言官攻擊他的一樣。他在布置策中說要在山海關布置重兵，又在天津登萊增兵，其實就是想先固守再圖發展的烏龜殼戰術，雖然在奏折中他先說的是“廣寧用騎步對壘于河上，以形勢格之而綴其全力”，那不過是想掩飾一下罷了。
“朕不懂戰事，然熊卿欲重兵于山海關及關內，則關外必然兵少，建奴來攻，如何應付？”
見皇帝竟然沒有斥責他的意思，熊廷弼的心安定了下來：“臣有罪，臣思之，若敵來攻，則可相機而動，敵多而猛，則可先撤其兵，等敵退則又據之，敵若少，則可攻之，等其援兵來，則又撤之。”說完跪在地上，不停地叩頭。
朱由校想，如果是別的皇帝，當然不會同意他這么做，大臣也不會同意，因為這是**裸的畏敵呀。但是他知道，在野戰中，明軍想打贏建奴很難。既然如此，那當然就應當避其鋒芒，他是知道游擊戰的，用游擊戰的方法來對付建奴，應該是個好辦法。
“朕聽說過一句話，存地失人，人地皆失;存人失地，人地皆存。熊卿看來也很明白這個道理，那朕就放心了。不過朝廷已經從澳門購買大量紅夷大炮，實為守城之無上利器，等大炮運來之后，卿可擇一堅城，安置大量紅夷大炮，以做固守。”
“陛下圣明，臣謝過陛下隆恩。”熊廷弼明白，皇帝是想用這個方法來堵住群臣的嘴。
“朕升卿為兵部尚書，經略遼東，卿當為朕守住廣寧這一條線，廣寧絕不可失，其余天津，登萊朕自有安排。卿欲用何人，盡可報來，朕賜你尚方劍，有專事之權，望卿毋讓朕失望。”
熊廷弼請為監軍道臣高出、胡嘉棟，督餉郎中傅國昭雪，恢復官職，讓他們理事。建議啟用遼人原贊畫主事劉國縉為登萊招練副使，夔州同知佟卜年為登萊監軍僉事，原臨洮推官洪敷教為職方主事，軍前贊畫，用以收攏遼人的心，朱由校都同意了，并下旨升熊廷弼為兵部尚書兼都察院右副都御史，駐于山海關經略遼東等處軍務。
又下旨右僉都御史畢自嚴巡撫天津，升登州道按察使陶朗先為都察院右僉都御史，巡撫登萊等處地方。沈有容升為總兵、都督僉事，主持登萊海防事宜。
天啟元年七月初三，是熊廷弼啟程的日子，朱由校賜給他一身麒麟服，四枚彩幣，設宴于郊外，派文武大臣為他陪酒、餞行，并派楊光皋周遇吉帶兩個步兵營，一個騎兵營，一個炮兵營護送他赴任。
和熊廷弼交待好后，朱由校又喚過楊光皋道：“前日和你們說好的事要記住，你們給朕仔細看看，遼東各地之兵到底如何，可否和建奴一戰。這次野營拉練，盡可能接近實戰，主要是讓士兵適應遼東氣候地形，檢驗指揮，行軍，兵種配合各方面的問題，盡量接近前線，但不要過河和建奴作戰。”楊光皋興高采烈，連連點頭。
八月初五，秦良玉只帶著兩個女侍衛和她受傷的兒子馬祥麟從山海關回到京師，朱由校又召見了她，再一次賞賜給她許多金銀布帛，并賞馬祥麟彩幣若干。皇后和純妃良妃都贈送給她一些禮物，朱由校命魯欽帶領兩個步兵營一個騎兵營護送她回西南。
魯欽除了帶有三個營的正兵外，還帶有一個輜重營，朱由校命令他每到一地，都要按士兵人數在當地衙門領取糧草，恐怕各地官員不會配合，朱由校賜給魯欽尚方劍，并要他領取糧草后要出具收條，將來收條可以用來當繳稅證據。這個方法是他和徐光啟商量后制定的，先來試一下，看效果如何，再來決定是否推行全國。
熊廷弼剛出發，王化貞奏折來了，他部署將領，沿遼河設立六所軍營，每營設置參將一人，守備一人，各自畫地分守。西平、鎮武、柳河、盤山等要害地分別設立防哨。奏折登在邸報上，熊廷弼看后不以為然，上書說：“河面狹窄不可靠，城堡太小難容駐兵，現在只應牢牢地守住廣寧。如果分兵在河上駐守，部隊分散力量就弱小了。敵人用輕騎兵偷偷渡過河來，專攻一所營房，我軍力量必然不支。一營潰敗，其他各營就都會敗，西平等地的防哨也不能守住。河邊只適于設立游擊隊，輪番出入，使敵人莫知淺深，不該屯聚一處，給敵人乘隙襲擊的機會。”
朱由校肯定了熊廷弼的意見，但也下旨給王化貞，升王化貞為遼東巡撫，命令遼東原有主客軍專力防守廣寧。
七月十二，熊廷弼到達山海關，楊光皋等人拜別了經略大人，開始向廣寧進軍。按皇帝的要求，每日強行軍三十里，結果第一天只走了十五里就天黑了。
晚上京營召集司級以上的軍官開會，幾十個人將大帳擠得滿滿的，大家打招呼行禮搞得熱鬧非凡，楊光皋拍了一下桌子，頓時鴉雀無聲。
“諸位兄弟，皇上看重京營，大家都是知道的，今日是第一次野營拉練，皇上說是一日三十里，那樣我們就可以在十天內到達廣寧，現在一天只走十五里，那可是打了對折，為何會出現這種情況，諸位有什么想法可以加快速度的，都一一說來。”
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