王恭廠位于皇城西南隅，原來因為有火藥局在這里，環境不是很好，現在火藥局造到城外，這地方立即成為宜居之地。朱由校自己親自做規劃，按照后世的樣子，先劃出主路，然后在主路旁邊劃出住宅區，教學區，配套小商業區，綠化區。其它的具體問題他就無能為力了，只是強調路必須用水泥，然后樓房統一建成三層。
主管的人是魏忠賢的好兄弟魏朝，此人當年是王安手下，一直和魏忠賢關系極好，魏忠賢對朱由校說：“魏朝這人其他的不好說，但是人不貪心，如果圣上用他的話，王恭廠的賬目奴婢倒是可以保證清清楚楚�！�
魏朝一上位，首先就給了朱由校一個驚喜。他在外面轉了一圈后，向皇帝提出，磚瓦沙石什么的其實可以不用錢的，外面大把的商人想免費供應，只需要能讓他們在周報上打廣告就行，朱由校想不到這個時代的人廣告意識竟然如此之強，于是交代他與王承恩接洽。
于是周報上就出現了皇家專用磚廠，瓦廠，沙石廠的廣告，而魏朝則只用了原價的十分之一取得了大量的原材料，這還是朱由校反復強調不能白用的結果，按商人的意思本來是不要錢的。
而至于人工，魏朝在登萊招募了大量的遼民，在內宮監工匠的指導下，開始進行王恭廠的建設。朱由校吩咐要給工錢，然后飯要讓人吃飽，不要苛待遼人。
有錢有人，那么基礎建設就很容易了。王恭廠的清理進行得很順利，一個多月后，朱由校看到的是一大片平整的空地，以及空地中間橫平豎直的水泥大道，大為滿意，狠狠地表揚了魏朝一番，并允諾如果王恭廠能按質按量地完成建設過程，就會準許他從宗族中過繼一子以承香火，把個魏朝激動得干勁沖天，發誓一定要把王恭廠的學校和住宅區建設得比皇上要求的更完美。
在朱由校的提示下，魏朝與孫元化合作，制造出了以滑輪組為主要部件的吊裝工具龍門吊，使得建設時的效率大大提高。而魏朝又招收了大量的泥瓦匠，木匠，石匠組成了一個皇家建筑隊。
皇家建筑隊里安排了識字的太監，由他們負責進行調配，進行統籌安排，力求讓每個人都能發揮最大的作用。并讓大家熟悉龍門吊的使用方法，熟悉水泥的性能和混凝土的制作方法。
這樣等到皇家建筑隊進入王恭廠建設場地后，很快就以其速度震驚了各個行會的老工匠。工地上的每一個人都能找到自己的位置，明了自己的責任，根本沒有窩工的現象出現，而水泥的出現，使得很多以前根本不可能出現的建筑樣式也成為可能。
當第一幢使用了水泥的三層樓建成后，朱由校前來視查，首先看到整幢房子是磚墻結構，而樓板用的是厚木板，朱由校其實覺得最好是用混凝土樓板，但現在不可能把寶貴的鋼鐵用在這里，再說木樓板也有它的優點，所以也覺得挺好的。
朱由校對學校建筑提的要求就是結實好用，而對住宅區提的要求是精致。在他的設想中，大學城里是有學生宿舍的，所以外面的住宅區是要賣給京師里的有錢人的，當然是怎么豪華怎么來。
魏朝聽了后，小聲地說道：“圣上，如果是賣給有錢人居住的，那可不可心在外面搞一個小院子呢？圍起來和旁邊隔開可能會顯得更高貴些。”
朱由校想了一下，后世的高級住宅區是有一個獨立的空間呀，確實可以。于是說道：“要有院子，然后住宅只要建兩層樓就行了，樣子還是按朕畫給你們的結構來做，特別是玻璃窗戶一定要大，然后壁爐要修好，朕要一個中西合璧的新式樣，一定可以吸引很多人的。
朱由校發現這個年代比后世似乎要冷一些，而暖氣好象比較麻煩，而用爐子又擔心有安全問題，所以他決定引入壁爐，相信這種房子應該會有人想買。
這種樣式至少西方的傳教士們是會有興趣的。金尼閣還是沒有能說服龍華民修改傳教策略，他只好把兩人之間的分歧寫信回教廷，請求修改部分在大明國傳教的規章，特別是不準祭祖的問題，還沒有得到答復。
而翻譯局的翻譯工作進行得很順利，金尼閣的《西儒耳目資》雖然還沒有完成，但已經寫出來的部分完全可以用來對翻譯人員進行培訓，所以七千部書中的部分作品，與實學有關的數學、建筑學、天文學、機械物理學、礦冶、醫學、航海術等書籍已經翻譯了一部分，朱由校特別強調了數學和機械物理學及礦冶這三方面的書籍是最為優先的翻譯書目，他準備在大學里首先要推行的就是這三門，因為這三門知識是最容易提高大明的科技水平的，后世不是有一句話嗎，學好數理化，走遍天下都不怕。
當然，不可能讓學生捧著翻譯出來的書籍來直接學習，還要讓他們一步步地從最簡單的東西學起，所以必須先要有教材。這是一個很復雜的事，如果朱由校把自己高中所學的知識全部拿來，給學生去學，那是完全不可能的，因為朱由校只是知道一些基本的知識，而對整個科學體系并不了解。比如你在教材上說，重力是如何如何的，那學生如果問，為什么是這樣的呢？你根本不知道，那事情就很有意思了。
所以，編教材還是只能讓傳教士來做，朱由校派遣翰林院的翰林們和傳教士合作，盡量編寫出通俗易懂的教材，當然里面都是很簡單的，象數學都是從四則運算，列豎式什么的學起，最高深的也不過是面積和體積的計算，至于物理，則主要是講的機械知識，基本上是關于力的一些簡單現象，牛頓三定律是不可能講的，礦冶方面當然不可能講到元素周期表，都是什么和什么可以變成什么，鐵的冶煉呀這樣的一些表面的東西，這讓朱由校很著急，但是沒有辦法，他這才發現，自己學的一些東西當時覺得很簡單，但真的想把它們搞透弄明白原理，其實是很復雜的一件事。
當然，為了讓傳教士能夠盡心盡力，朱由校答應金尼閣，如果解決了祭祖祭孔的問題，可以在大學城里給他們建一個教會學校。這個許諾讓金尼閣激動不已，不停地向龍華民施加壓力，而龍華民也有些意動。
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