洪承疇來到永寧后，他先拜見了巡撫朱燮元，宣了皇帝密旨，然后與秦良玉和魯欽交換了意見，借了部分白桿兵和近衛軍后，就開始干活了。
他先將關押著的土司及頭目們進行甄別，大家相互檢舉揭發，然后把被迫加入叛亂的集中在一起，明確告訴他們，如果想回家，就要讓家中出錢來贖罪。當然，根據加入叛軍時間長短和造孽的多少，出的贖金數目當然也是不同的。
至于主動投誠或者與官軍暗通款曲的土司或頭目，則給予嘉獎，也是根據投誠的時間來論功行賞。最后的那些死硬分子，則宣布于明日午時，一起斬首示眾，并要求所有土司及頭目必須要在現場觀看。
這一天在永寧最寬大的街道上，搭起了一個大臺子，臺子周圍站立著幾十個近衛軍步兵，火銃都上好了子彈，而臺子旁邊的房間里和街道兩頭更是布滿了步兵，以防有人借機生事。
午時三刻到，洪承疇先宣讀圣旨：“皇帝詔曰：永寧宣撫司奢賊崇明，不思皇恩，妄殺天朝官吏，攻占重慶，對抗天兵。爾等助紂為虐，辱我邊民，殺我邊兵。普天之下，莫非王土，特諭各地軍民，凡有參與奢賊造反者，皆斬其首，夷其三族，抄其家產。欽此。”
殺氣騰騰的圣旨宣完后，洪承疇下令開斬，每一次提上臺二十個人，劊子手手起刀落，一顆顆頭顱飛上天空，然后落在木板上，滾了幾下后，終于靜止不動，那張開到極致的雙目，似乎在言說自己的悔恨或者不甘。
二十人殺完再換二十個人上來。一千多人一共殺了快兩個時辰，換了幾茬劊子手才殺完。濃烈的血腥味充斥在街道上，臺子旁邊觀禮的土司們看得面色慘白，有些人屎尿齊流，更有人被嚇得暈了過去。連一直主張殺人的魯欽都不忍再看下去，只有洪承疇面色如常，還有滋有味地品著當地的香茗。等人殺完后，他陰沉著臉看著眾土司道：“爾等當引以為戒。”說完轉身離去。
幾天后，洪承疇查明了大明官吏們盤剝土司土兵情況，他多年在刑部任職，這種事對他來說不要太簡單，然后根據官吏行為的程度，分別給予斬首，下獄，抄家等不同的懲罰。依舊是在前幾天的大臺子上，殺了一批官吏，那些陪殺的官吏表現得比土司更為不堪，幾乎是個個失禁。而那些旁觀的土民則是大聲叫好。
然后由朱燮元宣旨：廢除永寧宣撫司，永寧地方設立道府治理，任命洪承疇為永寧知府。這兩場殺戮，第一場將土人嚇住，第二場則出了土人心中的一口氣，使得永寧的人心迅速地安定了下來，朱燮元再派出流官的過程就很順利了。相信在洪承疇的血腥手段下，流官們應該也是不大敢再激怒土民的了，而大量土司及頭目被殺，不但使土民組織不起來，也使得當地人談知府色變，一動也不敢亂動。
魯欽在給皇帝的奏折中，大大將洪承疇贊揚了一番，其中有一句話是這樣寫的：“臣以為論到殺伐果斷，唯有孫傳庭可與之相比。”朱由校看了后，將這句話念給近衛軍眾將聽，并嗤笑道：“不就是說他們兩個是屠夫嗎！魯欽說得自己好象很仁慈似的，他殺的人比孫洪兩人加起來都要多得多，戰場上殺人和刑場上殺人其實沒有區別，殺人只是手段，達到了目的就可以了，你們在戰場上以后要記住這一點，不要把手段當成了目的。”眾將都點頭稱是。
這時貴州的局勢急轉直下，貴州宣慰司同知安邦彥，水東土司宋萬化聯合貴州各地土司，帶兵十萬，于二月圍住了貴陽。
朱由校得到消息后，下旨讓貴州巡撫王三善前去解圍，并命秦良玉和魯欽周遇吉一起救援貴州。
秦良玉帶領六千白桿兵，加上近衛軍七千多人（連上輜重營），浩浩蕩蕩地開往貴州。
不一日，大軍行至赤水衛，而這時候王三善還在沅州調集兵馬，向鎮遠而來。赤水衛的白撒所這時還被奢軍殘兵占據，眾人商議之后，決定先拔掉這個釘子再往貴陽去，先把自己的后路清理干凈。
白撒所位于一座山峰上，三面全是懸崖，只有當面有一條小路通往峰頂，硬攻上去顯然很難，重要的是大炮拖不上去，死傷會很多，所以周遇吉先帶幾個懂夷話的白桿兵去勸降，不料白桿兵才開口，上面一陣箭雨就射了下來，幸虧周遇吉他們的甲好，所以只聽到箭射到甲上的聲音，倒是沒有人受傷。
奢軍見箭射不倒他們，就開始用石頭砸，幾個人狼狽不堪地退了回來。周遇吉恨聲道：”沒用，換第二套方案吧。“
周遇吉點了一個司的步兵向上走去，到了石頭可以砸到的地方停了下來，排成兩排，開始用燧發火銃對著墻頭射擊，先倒是打倒了幾個奢兵，后來奢兵學乖了，都躲在城墻后面，抽冷子射幾箭，當然一般都射不到步兵身上。
于是兩邊就開始了無聊的射擊游戲，周遇吉不停地換人上來，看樣子是想用火銃將此地攻下，城墻內不斷地響起嘲笑聲。
兩方僵持快一個小時后，峰頂突然冒出大量濃煙，步兵們齊聲歡呼，而奢兵不明所以，往后看才知道后院起火了，想往上趕吧，這里又不敢放棄，不往上趕吧，家人又在上面，不過很快他們的猶豫就沒有必要的，因為大量的白桿兵從上面開始往下沖。周遇吉這次來皇帝讓他帶了鐵鱗甲三千具，賞給了白桿兵，白桿兵穿上了鐵鱗甲，那可真的是如虎添翼，又是從上往下殺，所以很快將奢兵殺得四處逃散。
一起只有這么大的地方，又能逃到哪里去呢？所以大量的奢軍只好跪地請降，很快白桿兵殺到城墻，將門打開，近衛軍進去后，已經看不到抵抗的奢軍了。
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